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- PDB-3l40: Crystal Structure of S. pombe Brc1 BRCT5-BRCT6 domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l40
タイトルCrystal Structure of S. pombe Brc1 BRCT5-BRCT6 domains
要素BRCT-containing protein 1
キーワードCELL CYCLE / Brc1 / BRCT domain / Tandem BRCT repeat / phosphoserine binding domain / DNA repair / Cell Division / Mitosis
機能・相同性
機能・相同性情報


Cul8-RING ubiquitin ligase complex / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / chromosome, subtelomeric region / rDNA heterochromatin / chromatin-protein adaptor activity / chromosome, centromeric region / double-strand break repair / site of double-strand break / DNA repair / nucleolus / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Regulator of Ty1 transposition protein 107 BRCT domain / twin BRCT domain / BRCT domain / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily ...: / Regulator of Ty1 transposition protein 107 BRCT domain / twin BRCT domain / BRCT domain / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BRCT-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Williams, R.S. / Williams, J.S. / Guenther, G. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: gammaH2A binds Brc1 to maintain genome integrity during S-phase.
著者: Williams, J.S. / Williams, R.S. / Dovey, C.L. / Guenther, G. / Tainer, J.A. / Russell, P.
履歴
登録2009年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BRCT-containing protein 1
B: BRCT-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6512
ポリマ－49,6512
非ポリマー00
水7,188399
1
A: BRCT-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8251
ポリマ－24,8251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BRCT-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8251
ポリマ－24,8251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.472, 83.425, 87.246
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BRCT-containing protein 1


分子量: 24825.396 Da / 分子数: 2 / 断片: BRCT5-BRCT6 domains / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: brc1, SPBC582.05c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q10337
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化温度: 295 K / pH: 5
詳細: 20-22% w/v PEG 3350, 100 mM NaCl, 100 mM K2HPO4/KH2PO4 pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.111, 0.9796, 0.9797, 1.0087
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月12日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.1111
20.97961
30.97971
41.00871
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 61324 / Num. obs: 61324 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 38.6
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.502 / % possible all: 67

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.55→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.539 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 3109 5.1 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.181 58154 94.7 %-
all-58154 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.91 Å20 Å20 Å2
2---1.32 Å20 Å2
3----0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3368 0 0 399 3767
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0223432
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7851.9674676
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1255428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.89625.374147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.98315597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9011514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2557
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.21672
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.22407
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9731.52215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.75823516
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.02431381
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7154.51160
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.90133596
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.5583407
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.38633368
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 146 -
Rwork0.195 2861 -
obs--63.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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