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- PDB-3l3p: Crystal structure of the C-terminal domain of Shigella type III e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l3p
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of Shigella type III effector IpaH9.8, with a novel domain swap
要素IpaH9.8
キーワードLIGASE / E3 ligase / Domain swap / CXD motif
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host inflammatory response / symbiont-mediated suppression of host defenses / protein K27-linked ubiquitination / host cell cytosol / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process ...symbiont-mediated suppression of host inflammatory response / symbiont-mediated suppression of host defenses / protein K27-linked ubiquitination / host cell cytosol / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell nucleus / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Shigella T3SS effector IpaH domain / Shigella T3SS effector IpaH defines / Novel E3 ligase (NEL) domain profile. / Novel E3 ligase domain / C-terminal novel E3 ligase, LRR-interacting / LRR-containing bacterial E3 ligase, N-terminal / Type III secretion system leucine rich repeat protein / : / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 ...Shigella T3SS effector IpaH domain / Shigella T3SS effector IpaH defines / Novel E3 ligase (NEL) domain profile. / Novel E3 ligase domain / C-terminal novel E3 ligase, LRR-interacting / LRR-containing bacterial E3 ligase, N-terminal / Type III secretion system leucine rich repeat protein / : / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Leucine-rich repeats, bacterial type / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Leucine-rich repeat domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase ipaH9.8 / E3 ubiquitin-protein ligase ipaH9.8
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Seyedarabi, A. / Sullivan, J.A. / Sasakawa, C. / Pickersgill, R.W.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2010
タイトル: A disulfide driven domain swap switches off the activity of Shigella IpaH9.8 E3 ligase
著者: Seyedarabi, A. / Sullivan, J.A. / Sasakawa, C. / Pickersgill, R.W.
履歴
登録2009年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IpaH9.8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4601
ポリマ－33,4601
非ポリマー00
水00
1
A: IpaH9.8

A: IpaH9.8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9202
ポリマ－66,9202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area29730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.659, 92.659, 135.612
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 IpaH9.8


分子量: 33460.027 Da / 分子数: 1
断片: C-terminal domain (domain swapped), residues 254-545
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
株: YSH6000 / 遺伝子: ipaH9.8 / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O85159, UniProt: Q8VSC3*PLUS, ubiquitin-protein ligase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M sodium acetate trihydrate, 0.1M Tris pH 8.5, 30% polyethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.04496 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04496 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→38.46 Å / Num. all: 6131 / Num. obs: 5984 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 75.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 785 / Rsym value: 0.53 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ckd; chain A

3ckd


解像度: 3.2→34.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 35.258 / SU ML: 0.562 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.62 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.311 268 4.5 %RANDOM
Rwork0.289 ---
all0.29 5841 --
obs0.29 5689 97.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 85.882 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→34.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2109 0 0 0 2109
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0212145
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8481.9322901
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1485259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.81624.407118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.87115369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2481519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021650
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2091.51306
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.38622079
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.2423839
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.4454.5822
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 16 -
Rwork0.345 385 -
obs-385 90.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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