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- PDB-3l2c: Crystal Structure of the DNA Binding Domain of FOXO4 Bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l2c
タイトルCrystal Structure of the DNA Binding Domain of FOXO4 Bound to DNA
要素
  • FOXO consensus binding sequence, minus strand
  • FOXO consensus binding sequence, plus strand
  • Forkhead box protein O4
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / forkhead / forkhead box / winged helix / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of smooth muscle cell differentiation / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / response to water-immersion restraint stress / negative regulation of G0 to G1 transition / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / Cardiogenesis / muscle organ development / positive regulation of smooth muscle cell migration / FOXO-mediated transcription of cell death genes ...negative regulation of smooth muscle cell differentiation / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / response to water-immersion restraint stress / negative regulation of G0 to G1 transition / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / Cardiogenesis / muscle organ development / positive regulation of smooth muscle cell migration / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Regulation of localization of FOXO transcription factors / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of angiogenesis / stem cell differentiation / promoter-specific chromatin binding / response to nutrient levels / beta-catenin binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / insulin receptor signaling pathway / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Ub-specific processing proteases / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...: / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Forkhead box protein O4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.868 Å
データ登録者Boura, E. / Silhan, J. / Sulc, M. / Brynda, J. / Obsilova, V. / Obsil, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Structure of the human FOXO4-DBD-DNA complex at 1.9 A resolution reveals new details of FOXO binding to the DNA
著者: Boura, E. / Rezabkova, L. / Brynda, J. / Obsilova, V. / Obsil, T.
履歴
登録2009年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2009年12月29日ID: 3BPY
改定 1.02009年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: FOXO consensus binding sequence, plus strand
C: FOXO consensus binding sequence, minus strand
A: Forkhead box protein O4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2665
ポリマ－20,2173
非ポリマー492
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area8650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.810, 71.700, 131.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: DNA鎖 FOXO consensus binding sequence, plus strand


分子量: 3943.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA
#2: DNA鎖 FOXO consensus binding sequence, minus strand


分子量: 3996.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA
#3: タンパク質 Forkhead box protein O4 / Forkhead transcription factor FOXO4 / Fork head domain transcription factor AFX1


分子量: 12276.740 Da / 分子数: 1 / Fragment: DNA binding domain, UNP residues 86-187 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AFX, AFX1, FOXO4, MLLT7 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P98177
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.44 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: HEPES, MgCl2, PEG MME, pH 7.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 292K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1HEPES11
2MgCl211
3PEG MME11
4HEPES12
5MgCl212
6PEG MME12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月5日
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.868→65.938 Å / Num. all: 16689 / Num. obs: 16135 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.868→1.96 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.251 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. measured all: 12693 / Num. unique all: 1953 / Rsym value: 0.251 / % possible all: 81.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.04 Å35.47 Å
Translation2.04 Å35.47 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2UZK

2uzk


解像度: 1.868→19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.524 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 807 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 16083 97.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.875 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.868→19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数697 527 2 163 1389
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9242.4311874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.592584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg22.78423.42935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg6.8715126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.219155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02807
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.2478
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.2820
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0390.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2341.5437
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8742675
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.00931164
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8294.51199
LS精密化 シェル解像度: 1.868→1.916 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 45 -
Rwork0.235 997 -
all-1042 -
obs--89.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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