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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3l21 | |||||||||
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タイトル | The crystal structure of a dimeric mutant of dihydrodipicolinate synthase (DAPA, RV2753C) from Mycobacterium Tuberculosis - DHDPS-A204R | |||||||||
要素 | Dihydrodipicolinate synthase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / dihydrodipicolinate synthase / DHDPS / dapA / dimer / RV2753C / Mycobacterium tuberculosis / lysine biosynthesis / Amino-acid biosynthesis / Diaminopimelate biosynthesis / Lyase / Schiff base | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 (R,S)-4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / glyoxylate catabolic process / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Evans, G.L. / Schuldt, L. / Jamerson, G.B. / Devenish, S.R. / Weiss, M.S. / Gerrard, J.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: A dimeric mutant of DHDPS from Mycobacterium tuberculosis 著者: Evans, G.L. / Schuldt, L. / Griffin, M.D. / Perugini, M.A. / Jamerson, G.B. / Devenish, S.R. / Weiss, M.S. / Gerrard, J.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3l21.cif.gz | 591.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3l21.ent.gz | 473.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3l21.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3l21_validation.pdf.gz | 548.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3l21_full_validation.pdf.gz | 566.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3l21_validation.xml.gz | 83.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3l21_validation.cif.gz | 119.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/3l21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/3l21 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1xxxS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 6 - 300 / Label seq-ID: 10 - 304
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 31417.824 Da / 分子数: 6 / 変異: A204R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: dapA, MT2823, MTV002.18c, Rv2753c / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pGroESL 参照: UniProt: P63945, UniProt: P9WP25*PLUS, dihydrodipicolinate synthase |
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-非ポリマー , 7種, 1654分子
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 化合物 | ChemComp-BME / | #6: 化合物 | ChemComp-PYR / | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.12 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 2.0M ammonium sulfate, 100mM sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月13日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator, Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→99 Å / Num. all: 157209 / Num. obs: 155951 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.589 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Wild-type M. tuberculosis DHDPS, PDB ENTRY 1XXX 解像度: 2.1→28.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 8.677 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. TYR117 IS PART OF A HIGHLY CONSERVED LOOP THAT IN OTHER DHDPS STRUCTURES ALSO HAS UNFAVOURABLE RAMACHANDRAN VALUES.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.177 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.51 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2035 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.213 Å / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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