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- PDB-3l1p: POU protein:DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l1p
タイトルPOU protein:DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*CP*CP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*GP*GP*A)-3')
  • POU domain, class 5, transcription factor 1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / POU / transcription factor DNA complex / PORE / stem cells / embryonic / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ectodermal cell fate commitment / response to benzoic acid / mesodermal cell fate commitment / HMG box domain binding / trophectodermal cell fate commitment / blastocyst growth / regulation of asymmetric cell division / endodermal cell fate specification / endodermal cell fate commitment / germ-line stem cell population maintenance ...ectodermal cell fate commitment / response to benzoic acid / mesodermal cell fate commitment / HMG box domain binding / trophectodermal cell fate commitment / blastocyst growth / regulation of asymmetric cell division / endodermal cell fate specification / endodermal cell fate commitment / germ-line stem cell population maintenance / POU domain binding / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / trophectodermal cell differentiation / female germ cell nucleus / germ cell nucleus / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / stem cell population maintenance / cytokine binding / somatic stem cell population maintenance / blastocyst development / negative regulation of cell differentiation / cell fate commitment / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to retinoic acid / transcription repressor complex / male germ cell nucleus / cellular response to leukemia inhibitory factor / stem cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / chromatin DNA binding / gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / : / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. ...POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / : / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / lambda repressor-like DNA-binding domains / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / POU domain, class 5, transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Vahokoski, J. / Groves, M.R. / Pogenberg, V. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: Nat.Cell Biol. / 年: 2013
タイトル: A unique Oct4 interface is crucial for reprogramming to pluripotency
著者: Esch, D. / Vahokoski, J. / Groves, M.R. / Pogenberg, V. / Cojocaru, V. / Vom Bruch, H. / Han, D. / Drexler, H.C.A. / Arauzo-Bravo, M.J. / Ng, C.K.L. / Jauch, R. / Wilmanns, M. / Scholer, H.R.
履歴
登録2009年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月5日Group: Database references
改定 1.32018年2月7日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POU domain, class 5, transcription factor 1
B: POU domain, class 5, transcription factor 1
N: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*GP*GP*A)-3')
M: DNA (5'-D(*AP*TP*CP*CP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0454
ポリマ－50,0454
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8630 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area20860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.250, 49.250, 265.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPGLUGLUAA1 - 824 - 85
21LYSLYSGLUGLUBB3 - 826 - 85
12THRTHRARGARGAA98 - 150101 - 153
22THRTHRSERSERBB98 - 151101 - 154

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要素

#1: タンパク質 POU domain, class 5, transcription factor 1 / Octamer-binding transcription factor 3 / Oct-3 / Oct-4 / NF-A3


分子量: 17962.875 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 131-282 / 変異: C48S, C61S, C84S, C115S, C142S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: PO5F1 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: P20263
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*GP*GP*A)-3')


分子量: 7097.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: purchased from Metabion, Germany
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*CP*CP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*G)-3')


分子量: 7021.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: purchased from Metabion, Germany

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.76
11-H, K, -L20.24
反射解像度: 2.8→48.43 Å / Num. all: 15486 / Num. obs: 15237 / % possible obs: 98.4 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 10.08
反射 シェル解像度: 2.8→2.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / Rsym value: 0.597 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PBD ENTRY 1HF0

1hf0


解像度: 2.8→48.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.819 / SU B: 24.011 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25713 794 5.2 %RANDOM
Rwork0.22434 ---
obs0.22618 14444 98.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.955 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å20 Å20 Å2
2---0.58 Å20 Å2
3---1.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2126 937 0 0 3063
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0213204
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4232.3274544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.235288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.59423.7580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.74715334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7111515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022074
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4171.51450
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.76822277
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.24331754
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0944.52267
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
532medium positional0.270.5
423loose positional0.425
532medium thermal0.212
423loose thermal0.3710
LS精密化 シェル解像度: 2.799→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 2 -
Rwork0.383 1110 -
obs--97.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2992-1.1226-1.33152.68761.81813.810.03330.0381-0.14760.39690.10750.22990.07270.0161-0.14080.41020.01390.01030.1388-0.00180.071610.313311.342743.9749
22.87-1.5683-0.64761.09291.91213.4160.14710.359-0.0714-0.04560.05550.20140.01540.0181-0.20260.0425-0.0123-0.01740.42110.03830.129812.01629.401120.9124
30.9378-0.5724-1.8531.18092.03166.30150.18810.15370.06540.14580.1002-0.0059-0.13470.0377-0.28830.20890.00240.02010.18480.00720.128713.608315.157134.5767
41.3386-0.4946-2.42731.00612.27987.55720.11870.07570.09540.09510.15910.074-0.16360.2416-0.27780.15270.01420.04340.225-0.00030.136415.000213.912733.0009
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 151
3X-RAY DIFFRACTION3N1 - 23
4X-RAY DIFFRACTION4M1 - 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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