PDB-3l15: Human Tead2 transcriptional factor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l15

タイトル

Human Tead2 transcriptional factor

要素

Transcriptional enhancer factor TEF-4

キーワード

TRANSCRIPTION / Activator / DNA-binding / Nucleus / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / Formation of axial mesoderm / regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Tomchick, D.R. / Luo, X. / Tian, W.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural and functional analysis of the YAP-binding domain of human TEAD2.
著者: Tian, W. / Yu, J. / Tomchick, D.R. / Pan, D. / Luo, X.

履歴

登録	2009年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3l15.ent.gz	211.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

類似構造データ	5dq8-1 4tjw-2 6cdy-1 6tkm-2 4p58-d 6y73-2 6s66-1 7cmm-2 4tk5-3 4km6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

53.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.144, 61.567, 80.472
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.27, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-154- HOH
2	1	B-158- HOH

#1: タンパク質	Transcriptional enhancer factor TEF-4 / TEA domain family member 2 / TEAD-2 分子量: 26488.354 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal residues 217-447 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD2, TEF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15562
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 0.1 M Tris, 2.5 M Sodium Formate, 100 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP, 5% (w/v) Glycerol;, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9798 Å

検出器

タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月19日 / 詳細: monochromator

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9798 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. all: 34385 / Num. obs: 34385 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	% possible all
2-2.03	3.8	0.711	70.9
2.03-2.07	3.9	0.748	78.8
2.07-2.11	4	0.716	93.4
2.11-2.15	4.4	0.677	97.8
2.15-2.2	4.9	0.556	98.2
2.2-2.25	5	0.537	98.1
2.25-2.31	5.1	0.5	98.3
2.31-2.37	5.2	0.425	98.5
2.37-2.44	5.2	0.429	98.4
2.44-2.52	5.2	0.343	98.6
2.52-2.61	5.2	0.281	98.7
2.61-2.71	5.2	0.23	98.8
2.71-2.84	5.2	0.194	99
2.84-2.99	5.2	0.147	98.9
2.99-3.17	5.2	0.114	99.2
3.17-3.42	5.1	0.081	99.2
3.42-3.76	5.1	0.066	99.3
3.76-4.31	5.1	0.058	99.5
4.31-5.43	5	0.052	99.6
5.43-50	4.8	0.064	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→33.738 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 1.75 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC AND TLS / σ(F): 0.19 / 位相誤差: 27.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2445	1878	5.79 %
R_work	0.1885	-	-
obs	0.1918	32458	90.62 %
all	-	32458	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.647 Å² / k_sol: 0.441 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.545 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	11.024 Å²	-0 Å²	11.577 Å²
2-	-	-0.416 Å²	0 Å²
3-	-	-	-10.608 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→33.738 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3277	0	18	160	3455

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6605
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.056	11866
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.93	1650
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.102	490
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	986

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0532	0.3576	88	0.2953	1571	X-RAY DIFFRACTION	60
2.0532-2.1136	0.3516	114	0.2825	2023	X-RAY DIFFRACTION	78
2.1136-2.1818	0.3077	142	0.2505	2234	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1818-2.2597	0.3139	148	0.2196	2346	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2597-2.3502	0.2989	148	0.2018	2355	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3502-2.4571	0.2416	148	0.2014	2387	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4571-2.5866	0.2816	148	0.1941	2403	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5866-2.7486	0.268	148	0.187	2439	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7486-2.9607	0.2488	154	0.1869	2489	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9607-3.2585	0.2388	158	0.1768	2557	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2585-3.7294	0.2067	159	0.1595	2542	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7294-4.6967	0.1835	160	0.1366	2590	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6967-33.7426	0.2386	163	0.2056	2644	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0612	-0.118	0.0831	-0.0486	-0.1917	0.2992	0.041	-0.3405	0.0514	0.2549	0.1141	0.3199	-0.5942	0.5519	0.0014	0.2384	-0.0164	0.0319	0.5252	0.0154	0.2737	41.3757	51.2459	-7.1594
2	0.0857	-0.139	0.0487	0.1057	-0.0589	-0.0498	0.1724	0.151	0.1715	-0.184	-0.0942	0.7786	-0.0134	0.3283	0.0032	0.3227	-0.1156	0.1413	0.6889	-0.096	0.2511	53.5998	54.186	-11.4989
3	0.3829	0.0788	-0.0891	0.0752	-0.2669	0.1414	-0.2207	0.3187	-0.043	0.2133	0.4801	0.1885	0.1164	-0.1091	-0	0.5438	-0.0002	-0.0082	0.5109	0.0801	0.3466	32.0404	50.0132	-22.5143
4	0.1588	-0.1482	-0.0025	0.3447	0.1304	0.2184	-0.0686	-0.0812	-0.3575	-0.1483	0.1934	-0.0075	-0.2626	-0.3306	0.0001	0.2809	0.0396	0.0078	0.3076	0.0652	0.4237	28.5668	46.2572	-18.219
5	-0.0712	0.0313	-0.4321	-0.21	-0.0915	0.0447	0.1349	-0.3393	-0.173	0.1246	0.223	0.222	-0.4575	0.6928	-0.0002	0.3091	-0.0006	0.0438	0.4894	-0.0673	0.3281	49.7401	50.5427	-12.5193
6	0.3528	0.2766	0.0973	-0.0403	0.4022	0.1188	-0.2037	0.149	-0.1554	0.1165	0.0278	-0.0415	0.6619	-0.7056	-0.0014	0.3813	0.0636	-0.0002	0.2731	0.0333	0.3055	37.514	40.319	-11.804
7	-0.0976	-0.0241	-0.0235	0.0039	0.1328	0.0635	0.1787	-0.7607	0.0623	-0.3872	-0.1013	0.0007	0.286	0.6301	-0.0002	0.2962	0.0563	0.0198	0.4858	-0.0566	0.2454	38.1946	46.8838	4.8446
8	0.1447	-0.0559	-0.0023	-0.293	0.1922	0.0951	0.0095	-0.5447	-0.0818	0.1421	-0.115	0.0472	0.2431	0.5946	0	0.4098	0.0861	0.0429	0.4884	0.0766	0.3052	52.9311	43.2822	-17.8985
9	0.9586	-0.4252	0.7756	0.2485	0.4678	0.8029	-0.084	-0.02	0.2139	-0.1568	0.2123	0.1502	-0.0218	-0.0416	-0.0002	0.2749	0.0862	0.038	0.1169	0.0184	0.2733	41.0644	47.6084	-20.1469
10	-0.0323	-0.1179	0.0209	0.1687	-0.1102	0.2498	-0.3606	0.3836	0.3788	-0.1526	0.4009	0.2166	-0.8105	-0.2232	-0.0012	0.512	-0.0095	0.0627	0.1894	0.0318	0.3202	39.4255	59.0972	-19.8723
11	0.0365	-0.1338	-0.0978	0.001	0.1675	0.0757	0.5419	-0.3928	-0.1709	0.1004	-0.2868	-0.1069	0.1816	-0.2297	-0.0002	0.25	0.01	-0.155	0.4461	0.0161	0.2959	51.4124	16.9051	-4.5206
12	0.2279	-0.1558	-0.1505	0.2583	0.1848	0.3649	-0.0859	0.3285	0.2263	0.1917	0.1073	0.0553	0.8604	-0.3229	-0.008	0.2049	-0.1042	-0.049	0.374	-0.0442	0.2567	30.6267	13.7866	-16.357
13	0.2583	0.342	0.5155	0.0971	0.3097	0.1732	-0.0735	0.2845	-0.0662	-0.3089	0.384	0.1092	0.126	0.5766	-0.0001	0.3367	-0.0235	0.0445	0.5399	-0.0478	0.3805	59.3794	16.8597	-17.2437
14	0.5139	-0.1078	-0.1646	1.2195	-0.1213	0.3767	-0.2401	-0.2504	-0.1438	-0.7154	0.0682	-0.3854	0.0667	0.4923	-0.0016	0.259	0.0367	-0.0031	0.3633	0.0221	0.2936	59.6802	25.4509	-14.9036
15	0.1185	0.1228	-0.0717	0.3361	-0.4518	-0.0553	0.1284	-0.1355	0.0641	-0.0337	-0.0846	0.0751	0.3449	-0.1596	0.0001	0.3722	-0.0502	-0.0207	0.2507	-0.0313	0.2572	39.5525	16.5546	-15.707
16	0.267	0.6522	0.3792	0.7757	-0.0066	0.5442	0.2276	-0.1598	-0.0089	-0.2244	0.0948	-0.0237	-0.6424	0.7149	0.0147	0.3307	0.0438	0.0005	0.2626	-0.029	0.2196	48.2263	29.1359	-13.2525
17	0.1966	0.1379	-0.01	0.1277	-0.2129	0.1264	-0.1272	-0.5286	-0.067	0.0219	-0.146	-0.0093	-0.3102	-0.744	-0.0001	0.2803	-0.0629	0.0349	0.5436	-0.0278	0.2763	41.3397	23.1966	1.0725
18	0.0048	-0.1632	0.05	-0.0464	-0.0413	0.0712	0.0855	0.1068	0.0054	0.2863	-0.33	0.072	-0.1536	-0.1569	-0.0001	0.3637	0.0028	0.0271	0.3217	-0.0209	0.271	37.3068	22.0987	-26.9183
19	0.9241	0.2447	-0.3132	0.2091	-0.6766	0.3935	0.0125	-0.0886	-0.0386	-0.2348	0.0042	-0.1664	-0.0824	-0.0618	0.0001	0.2283	0.0532	-0.0114	0.2174	0.0037	0.2872	50.0559	22.0977	-20.028
20	0.0329	0.0553	-0.3628	-0.0019	-0.2213	0.5989	-0.301	0.0581	-0.0913	-0.3572	0.2089	-0.0342	0.456	0.1404	-0.0001	0.364	0.0322	0.0117	0.1879	0.0031	0.3442	51.3454	11.4788	-19.8413

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 222:239)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 247:253)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 254:281)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 282:302)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 303:334)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 335:359)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 360:373)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 374:392)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 393:431)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 432:446)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 221:233)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 234:253)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 254:279)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 280:302)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 303:335)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 336:359)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 360:376)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 377:393)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 394:424)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 425:446)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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