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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3l0s | ||||||
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タイトル | Crystal structures of Zinc, Cobalt and Iron containing Adenylate kinase from Gram-negative bacteria Desulfovibrio gigas | ||||||
要素 | Adenylate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Adenylate kinase / Gram-negative (グラム陰性菌) / Cobalt (コバルト) / ATP-binding / Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / リン酸化 / ATP binding ...CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / リン酸化 / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Desulfovibrio gigas (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Mukhopadhyay, A. / Trincao, J. / Romao, M.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2011 タイトル: Crystal structure of the zinc-, cobalt-, and iron-containing adenylate kinase from Desulfovibrio gigas: a novel metal-containing adenylate kinase from Gram-negative bacteria 著者: Mukhopadhyay, A. / Kladova, A.V. / Bursakov, S.A. / Gavel, O.Y. / Calvete, J.J. / Shnyrov, V.L. / Moura, I. / Moura, J.J.G. / Romao, M.J. / Trincao, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3l0s.cif.gz | 187.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3l0s.ent.gz | 150.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3l0s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/3l0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/3l0s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24544.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Desulfovibrio gigas (バクテリア) プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7U112, adenylate kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.66 % / Mosaicity: 0.874 ° |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M tartrate Na/K, 0.1 M MES (pH 6.5) and 20% PEG 2K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.6064 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月22日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.6064 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→88.891 Å / Num. all: 30472 / Num. obs: 30472 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.105 / Rsym value: 0.076 / Net I/av σ(I): 7.365 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 105651 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 35.92
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Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 30458 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→44.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / WRfactor Rfree: 0.245 / WRfactor Rwork: 0.179 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.826 / SU B: 10.928 / SU ML: 0.137 / SU R Cruickshank DPI: 0.201 / SU Rfree: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 43.91 Å2 / Biso mean: 25.163 Å2 / Biso min: 2.32 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→44.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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