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万見
- PDB-3kzf: Structure of Giardia Carbamate Kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kzf
タイトルStructure of Giardia Carbamate Kinase
要素Carbamate kinase
キーワードTRANSFERASE / Carbamate kinase / arginine dihydrolase pathway / Giardia lamblia / drug target / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


carbamate kinase activity / L-arginine deiminase pathway / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbamate kinase / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Galkin, A. / Herzberg, O.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: X-ray structure and characterization of carbamate kinase from the human parasite Giardia lamblia.
著者: Galkin, A. / Kulakova, L. / Wu, R. / Nash, T.E. / Dunaway-Mariano, D. / Herzberg, O.
履歴
登録2009年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbamate kinase
B: Carbamate kinase
C: Carbamate kinase
D: Carbamate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,2698
ポリマ－135,9014
非ポリマー3684
水00
1
A: Carbamate kinase
B: Carbamate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1354
ポリマ－67,9502
非ポリマー1842
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area23530 Å2
手法PISA
2
C: Carbamate kinase
ヘテロ分子

D: Carbamate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1354
ポリマ－67,9502
非ポリマー1842
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,y-1/2,-z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area22780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.77, 85.41, 102.10
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Carbamate kinase


分子量: 33975.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: WB / 遺伝子: CK, GL50803_16453 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: A8BB85, carbamate kinase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350 and 0.2 M ammonium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. all: 23098 / Num. obs: 20419 / % possible obs: 88.4 % / Rmerge(I) obs: 0.095
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.193 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1e19

1e19


解像度: 3→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.611 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28305 998 5 %RANDOM
Rwork0.22672 ---
obs-18918 88.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8701 0 24 0 8725
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0180.0228828
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d2.11.98211921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg51148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.78327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg151603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg1535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.21420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.026384
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.24900
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.25977
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.25
LS精密化 シェル解像度: 3→3.071 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 70 -
Rwork0.239 1293 -
obs--87.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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