+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kz7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | C-terminal domain of Murine FKBP25 rapamycin complex | ||||||
![]() | FK506-binding protein 3 | ||||||
![]() | ISOMERASE/INHIBITOR / FKPB PPiase RAPAMYCIN / Isomerase / Nucleus / Phosphoprotein / Rotamase / ISOMERASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stura, E.A. / Galat, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Diversified targets of FKBP25 and its complex with rapamycin. 著者: Galat, A. / Thai, R. / Stura, E.A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 44.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 29.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 905.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 909 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1pbkS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13284.337 Da / 分子数: 1 / 断片: FK506-like binding domain (UNP residues 106-224) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-RAP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.44 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 2.4M ammonium sulfate, 120mM Na citrate, pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月29日 / 詳細: Horizontally bent Ge(220) |
放射 | モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.68→68 Å / Num. all: 23057 / Num. obs: 23011 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 5.26 / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.88 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Mean I/σ(I) obs: 12.8 / Rsym value: 0.12 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1PBK 解像度: 1.95→38.303 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.93 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.656 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→38.303 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
|