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- PDB-3kz3: A structure of a lambda repressor fragment mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kz3
タイトルA structure of a lambda repressor fragment mutant
要素Repressor protein CI
キーワードTRANSCRIPTION / Five helix bundle / DNA-binding / Repressor / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of viral latency / latency-replication decision / positive regulation of viral transcription / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / core promoter sequence-specific DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
LexA-like / Peptidase S24/S26A/S26B/S26C / Peptidase S24-like / LexA/Signal peptidase-like superfamily / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) ...LexA-like / Peptidase S24/S26A/S26B/S26C / Peptidase S24-like / LexA/Signal peptidase-like superfamily / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Repressor protein cI
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Gruebele, M. / Liu, F. / Gao, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: A survey of lambda repressor fragments from two-state to downhill folding.
著者: Liu, F. / Gao, Y.G. / Gruebele, M.
履歴
登録2009年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Repressor protein CI
B: Repressor protein CI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6422
ポリマ－17,6422
非ポリマー00
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Repressor protein CI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8211
ポリマ－8,8211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Repressor protein CI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8211
ポリマ－8,8211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.630, 58.710, 42.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Repressor protein CI


分子量: 8821.122 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 8-85 / 変異: Y22W, Q33Y, G46A, G48A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
遺伝子: CI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / 参照: UniProt: P03034
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細ACCORDING TO THE AUTHORS, THE PROTEIN WAS DERIVED FROM OAS TG'S LAMBDA REPRESSOR PROTEIN EXPRESSION ...ACCORDING TO THE AUTHORS, THE PROTEIN WAS DERIVED FROM OAS TG'S LAMBDA REPRESSOR PROTEIN EXPRESSION VECTOR WHICH CARRIES THE CHANGE OF THE FIRST N-TERM AND THE LAST C-TERM RESIDUES. THESE TWO CHANGES CAME FROM THE PREPARATION OF THE EXPRESSION SYSTEM, POSSIBLY THE RESTRICTION ENZYME DIGESTION SITE DESIGN WHEN THE DNA SEQUENCE WAS CUT FROM THE WILD-TYPE PROTEIN AND INSERTED INTO THE VECTOR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-3 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→30 Å / Num. obs: 19544 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 23.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル解像度: 1.64→1.7 Å / 冗長度: 6.6 % / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.64→10 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.1879 ---
obs0.1889 17329 93.8 %-
all-18248 --
Rfree---RANDOM
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1236 0 0 282 1518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d1.957
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.043
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.07
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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