PDB-3kxt: Crystal structure of Sulfolobus Cren7-dsDNA complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kxt

タイトル

Crystal structure of Sulfolobus Cren7-dsDNA complex

要素

5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3'
Chromatin protein Cren7

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / CRENARCHAEA CHROMATIN PROTEIN / MINOR-GROOVE BINDING / METHYLATION / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

chromosome / double-stranded DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.602 Å

データ登録者

Feng, Y. / Wang, J.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the crenarchaeal conserved chromatin protein Cren7 and double-stranded DNA complex
著者: Feng, Y. / Yao, H. / Wang, J.

履歴

登録	2009年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kxt.cif.gz	80.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kxt.ent.gz	57.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kxt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kxt_validation.pdf.gz	425.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kxt_full_validation.pdf.gz	425.7 KB	表示
XML形式データ	3kxt_validation.xml.gz	6.7 KB	表示
CIF形式データ	3kxt_validation.cif.gz	8.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kxt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kxt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1azpS 2jtmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5k17-1 3lwi-2 3lwh-d 5wvw-2 5k17-2 5wvz-2 5wvy-2 1haj-d 5wvw-1 5yiv-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chromatin protein Cren7

B: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3'

C: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3'

11.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.190, 53.115, 90.753
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Chromatin protein Cren7 分子量: 6317.527 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 6-60 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: SSO6901 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97ZE3
#2: DNA鎖	5'-D(GPCPGPAPTPCPGPC)-3' 分子量: 2427.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.45 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1.0mM complex, 0.1M tri-sodium citrate dihydrate pH 5.6, 20% (v/v) iso-propanol, 20% (w/v) polyethylene glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→18.06 Å / Num. obs: 16134 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 9.6 % / R_sym value: 0.077 / Net I/σ(I): 37.262
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / R_sym value: 0.35 / % possible all: 83.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES; 2JTM, 1AZP

2jtm

1azp

解像度: 1.602→16.732 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.846 / SU ML: 0.14 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 21.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.217	765	5.09 %
R_work	0.1759	14277	-
obs	0.178	15042	90.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 58.385 Å² / k_sol: 0.434 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.87 Å² / B_iso mean: 41.316 Å² / B_iso min: 17.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.455 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	7.355 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.602→16.732 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	445	322	0	135	902

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	818
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.613	1168
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	126
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	93
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.35	334

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6018-1.7253	0.2398	114	0.2024	2421	X-RAY DIFFRACTION	79
1.7253-1.8987	0.2234	142	0.1896	2777	X-RAY DIFFRACTION	88
1.8987-2.173	0.231	158	0.1819	3027	X-RAY DIFFRACTION	97
2.173-2.7358	0.2281	180	0.1832	3030	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7358-16.7334	0.2044	171	0.1656	3022	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6056	0.4209	1.1041	5.5998	2.4116	1.2261	-0.166	-1.0626	0.279	0.2359	0.3047	-0.0982	-0.2086	0.0172	-0.131	0.2958	-0.0132	0.0037	0.4204	-0.0526	0.2394	7.6747	18.7517	22.4542
2	7.5969	5.7163	5.494	6.1871	7.4633	9.8402	-0.4417	-0.8954	0.9169	-0.1268	0.3072	0.5279	-1.3667	0.5957	0.0396	0.3557	-0.0438	-0.0117	0.2237	-0.1094	0.2879	5.8959	24.9436	20.4358
3	1.8566	0.0237	0.4907	0.3376	0.1223	1.0666	-0.0489	-0.187	-0.2021	0.2109	0.0474	-0.0668	0.3032	0.1608	-0.02	0.2755	0.0686	-0.0021	0.2105	0.0052	0.2371	9.9156	10.8747	13.6388
4	2.0066	-0.7117	0.668	2.3187	0.7515	2.3982	-0.2075	-0.007	0.0657	-0.1704	-0.0023	-0.0973	-0.3041	-0.1544	0.1854	0.2663	0.0789	-0.0152	0.2599	-0.0155	0.2022	4.4209	20.2541	14.0456
5	4.6489	-1.2697	0.0842	1.7777	-1.4479	4.4328	-0.1452	-0.8916	-0.0284	0.0576	0.0824	-0.3779	0.5768	0.8834	0.2158	0.3957	0.1639	-0.0486	0.5246	0.0681	0.3032	12.9773	9.2357	22.2502
6	3.4306	-1.2323	-0.4271	4.9795	1.6502	0.5894	-0.1547	0.4093	-0.4591	-0.4867	0.0885	-0.3415	0.402	0.275	0.1003	0.323	0.0664	0.0476	0.3224	-0.0299	0.2747	15.5291	7.3667	2.8963
7	4.7953	-1.7537	-0.0756	1.0286	0.8998	1.9244	-0.0371	0.3506	-0.3895	0.0225	-0.139	0.3553	0.0275	-0.1911	0.1431	0.2815	0.0178	-0.034	0.2407	-0.0192	0.2425	0.7179	12.202	6.1358
8	2.9373	0.9947	2.2566	2.4387	3.0505	4.1938	-0.0138	1.2401	-0.0484	-0.4963	0.118	-0.3576	-0.7171	0.8446	-0.1111	0.3699	-0.0043	-0.063	0.4792	-0.0284	0.2732	5.5326	15.2645	-0.9116
9	7.0734	-3.1032	-3.7646	2.2001	3.1881	5.2609	-0.2178	-0.4714	0.7545	-0.0759	0.4185	-0.3416	-0.026	0.9249	-0.2446	0.2568	0.0387	0.0365	0.3761	-0.026	0.2816	18.5023	15.0393	8.7419

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 5:12)	A	5 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 13:21)	A	13 - 21
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 22:44)	A	22 - 44
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 45:54)	A	45 - 54
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 55:60)	A	55 - 60
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 101:104)	B	101 - 104
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 105:108)	B	105 - 108
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain C and resid 109:112)	C	109 - 112
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 113:116)	C	113 - 116

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)