PDB-3lwh: Crystal structure of Cren7-dsDNA complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lwh

タイトル

Crystal structure of Cren7-dsDNA complex

要素

Chromatin protein Cren7
DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*C)-3')

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA complex / beta-sheet / DNA-binding / Methylation / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

chromosome / double-stranded DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zhang, Z.F. / Gong, Y. / Guo, L. / Jiang, T. / Huang, L.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2010
タイトル: Structural insights into the interaction of the crenarchaeal chromatin protein Cren7 with DNA
著者: Zhang, Z.F. / Gong, Y. / Guo, L. / Jiang, T. / Huang, L.

履歴

登録	2010年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2014年3月5日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lwh.cif.gz	36.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lwh.ent.gz	22.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lwh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lwh_validation.pdf.gz	409.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lwh_full_validation.pdf.gz	409.3 KB	表示
XML形式データ	3lwh_validation.xml.gz	3.5 KB	表示
CIF形式データ	3lwh_validation.cif.gz	4.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/3lwh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/3lwh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lwiC 2jtmS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5wwc-2 5k17-2 3lwi-2 5k17-1 5wvz-2 3kxt-d 5wvw-1 5wvz-1 5kzy-1 5wvy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chromatin protein Cren7

B: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*C)-3')

C: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*C)-3')

11.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.693, 52.354, 88.617
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Chromatin protein Cren7 分子量: 6677.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: creN7, SSO6901 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) plysS / 参照: UniProt: Q97ZE3
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(GPTPAPAPTPTPAPC)-3') 分子量: 2425.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8 詳細: 30% PEG1500, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97947 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 9660 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.05 / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 44
反射シェル	解像度: 1.9→1.98 Å / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JTM

2jtm

解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 6.771 / SU ML: 0.115 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2464	452	4.8 %	RANDOM
R_work	0.21634	-	-	-
all	0.21774	8918	-	-
obs	0.21774	8918	99.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.672 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	463	322	0	78	863

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	836
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.386	2.476	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.418	5	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.01	23.333	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.992	15	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.284	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	510
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.171	0.2	313
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	506
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.191	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.172	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.637	1.5	298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.174	2	479
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.534	3	696
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.928	4.5	713
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	39	-
R_work	0.274	634	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4061	-0.1472	0.2153	5.5509	2.9198	8.4773	-0.0939	-0.0355	0.174	-0.0038	-0.0626	-0.0504	-0.5475	-0.1441	0.1564	-0.2248	0.0319	-0.038	-0.2369	-0.0045	-0.2139	16.591	7.145	4.189
2	6.8116	-4.2619	-1.089	7.8429	4.4265	10.2294	-0.2595	-0.1539	-0.0067	0.1094	0.1135	0.1572	-0.1788	-0.2856	0.146	-0.3289	0.064	-0.0017	-0.3013	0.0093	-0.2447	16.274	5.764	8.495
3	0.3448	-1.1661	-1.3636	7.3604	1.5474	8.1398	-0.0618	-0.1195	-0.0418	0.6323	-0.4556	0.3214	-0.2944	-0.5307	0.5173	-0.1065	0.0701	0.0342	-0.0334	-0.0423	-0.0615	9.068	8.37	18.186

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	36 - 43
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	47 - 53
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	101 - 108
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	109 - 116

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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