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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3lwh | ||||||
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Title | Crystal structure of Cren7-dsDNA complex | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA complex / beta-sheet / DNA-binding / Methylation / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, Z.F. / Gong, Y. / Guo, L. / Jiang, T. / Huang, L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural insights into the interaction of the crenarchaeal chromatin protein Cren7 with DNA Authors: Zhang, Z.F. / Gong, Y. / Guo, L. / Jiang, T. / Huang, L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 22.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 409.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 409.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 3.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 4.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3lwiC ![]() 2jtmS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 6677.914 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: DNA chain | Mass: 2425.629 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.79 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.8 Details: 30% PEG1500, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 28, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97947 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→30 Å / Num. obs: 9660 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 44 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.98 Å / Redundancy: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2JTM Resolution: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 6.771 / SU ML: 0.115 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.148 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.672 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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