PDB-3kxq: Crystal structure of triosephosphate isomerase from bartonella he...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kxq

タイトル

Crystal structure of triosephosphate isomerase from bartonella henselae at 1.6A resolution

要素

Triosephosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE / Gluconeogenesis / Glycolysis / Pentose shunt / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glycerol catabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bartonella henselae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of triosephosphate isomerase from bartonella henselae at 1.6A resolution
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Staker, B.

履歴

登録	2009年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kxq.cif.gz	118.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kxq.ent.gz	89 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kxq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kxq_validation.pdf.gz	457.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kxq_full_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示
XML形式データ	3kxq_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	3kxq_validation.cif.gz	38.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kxq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1b9bS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6jox-d 4wje-2 6nlh-1 1r2r-1 4y96-1 1tpu-d 6c2g-1 3th6-d 1su5-d 4o54-1 6nee-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BaheA.01246.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Triosephosphate isomerase

B: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

59.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.900, 141.050, 44.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.68, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Triosephosphate isomerase / TIM / Triose-phosphate isomerase 分子量: 29485.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bartonella henselae (バクテリア) 株: HOUSTON-1 / 遺伝子: tpiA, BH05680 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8L1Z5, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.85 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: JCSG+ SCREEN #12: 20% PEG 3350, 200MM NA NITRATE, BAHEA.01246.A AT 21.8MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.979464 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月17日詳細: Vertical focusing mirror; single crystal (Si111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979464 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 69218 / Num. obs: 67886 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 20.94 Å² / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 24.93
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 5061 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0104	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1b9b modified with CCP4 program CHAINSAW

1b9b

解像度: 1.6→42.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 2.976 / SU ML: 0.048 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.186	3432	5.1 %	RANDOM
R_work	0.155	-	-	-
all	0.156	69218	-	-
obs	0.156	67842	98.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.36 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	-0 Å²	0.9 Å²
2-	-	0.24 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3525	0	24	591	4140

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	3710
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2456
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.519	1.952	5039
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.934	3	5993
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.366	5	499
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.029	23.442	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.706	15	593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.104	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	578
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4220
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	770
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.999	1.5	2382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.295	1.5	998
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.63	2	3778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.373	3	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.826	4.5	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	254	-
R_work	0.175	4337	-
obs	-	-	90.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9475	0.2737	0.0502	0.5003	0.1152	0.2527	-0.0102	0.058	-0.1516	-0.0067	0.0194	-0.0197	-0.0032	-0.0148	-0.0092	0.0066	-0.004	0.0121	0.0178	-0.0282	0.0613	8.92	23.363	36.806
2	0.3707	0.0339	-0.246	0.5124	0.1954	0.9262	0.0342	-0.0137	0.0093	-0.0061	0.0201	0.0034	-0.1223	0.0182	-0.0543	0.0318	-0.0091	0.0221	0.0072	-0.0052	0.0201	17.999	51.887	50.58

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 253
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	300 - 310
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	255 - 590
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 253
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	301 - 310
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	255 - 592

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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