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- PDB-3kxo: An orally active inhibitor bound at the active site of HPGDS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kxo
タイトルAn orally active inhibitor bound at the active site of HPGDS
要素Glutathione-requiring prostaglandin D synthase
キーワードISOMERASE / H-PGDS / PGDS / HPGDS / Fatty acid biosynthesis / Lipid synthesis / Prostaglandin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Glutathione conjugation / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / locomotory behavior ...prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Glutathione conjugation / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / locomotory behavior / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / magnesium ion binding / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Chem-KXO / Hematopoietic prostaglandin D synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kiefer, J.R. / Day, J.E. / Thorarensen, A.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Discovery of an oral potent selective inhibitor of hematopoietic prostaglandin D synthase
著者: Carron, C.P. / Trujillo, J.I. / Olson, K.L. / Huang, W. / Hamper, B.C. / Dice, T. / Neal, B.E. / Pelc, M.J. / Day, J. / Rohrer, D.C. / Kiefer, J.R. / Moon, J.B. / Schweitzer, B.A. / Blake, T. ...著者: Carron, C.P. / Trujillo, J.I. / Olson, K.L. / Huang, W. / Hamper, B.C. / Dice, T. / Neal, B.E. / Pelc, M.J. / Day, J. / Rohrer, D.C. / Kiefer, J.R. / Moon, J.B. / Schweitzer, B.A. / Blake, T.D. / Turner, S.R. / Woerndle, R. / Case, B.L. / Bono, C.P. / Dilworth, V.M. / Funckes-Shippy, C.L. / Hood, B.L. / Jerome, G.M. / Kornmeier, C.M. / Radabaugh, M.R. / Williams, M.L. / Davies, M.S. / Wegner, C.D. / Welsch, D.J. / Abraham, W.M. / Warren, C.J. / Dowty, M.E. / Hua, F. / Zutshi, A. / Yang, J.Z. / Thorarensen, A.
履歴
登録2009年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione-requiring prostaglandin D synthase
B: Glutathione-requiring prostaglandin D synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7087
ポリマ－47,3062
非ポリマー1,4025
水7,080393
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.799, 78.364, 52.455
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Glutathione-requiring prostaglandin D synthase / Glutathione-dependent PGD synthetase / Prostaglandin-H2 D-isomerase / Hematopoietic prostaglandin D ...Glutathione-dependent PGD synthetase / Prostaglandin-H2 D-isomerase / Hematopoietic prostaglandin D synthase / H-PGDS


分子量: 23653.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGDS2, PGDS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60760, prostaglandin-D synthase
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-KXO / 6-(3-fluorophenyl)-N-[1-(2,2,2-trifluoroethyl)piperidin-4-yl]pyridine-3-carboxamide


分子量: 381.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19F4N3O
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris, pH 8.5, 5mM glutathione, 28-34% PEG 3350, 20-200mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Osmic Purple Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 23087 / Num. obs: 22810 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): -500 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.85 / Num. unique all: 2267 / Rsym value: 0.19 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.1→19.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 4.982 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22166 1104 4.8 %RANDOM
Rwork0.16364 ---
obs0.16645 21689 98.59 %-
all-21689 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.321 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20 Å20.15 Å2
2---0.51 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3276 0 95 393 3764
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223458
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0571.9794702
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86935612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4155394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.7124.217166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.6515584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7631520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023804
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02688
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2736
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.22398
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.21702
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.21597
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1150.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0390.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.120.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2220.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1230.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5981.52052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0881.5790
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.98523230
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.17731630
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8854.51472
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 92 -
Rwork0.175 1553 -
obs--98.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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