PDB-3kx8: Structural basis of the activity and substrate specificity of the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kx8

タイトル

Structural basis of the activity and substrate specificity of the fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK

要素

fluoroacetyl-CoA thioesterase

キーワード

HYDROLASE / fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK / thioesterase / hot-dog folding

機能・相同性

機能・相同性情報

fluoroacetyl-CoA thioesterase / acyl-CoA hydrolase activity / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces cattleya (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Chirgadze, D.Y. / Dias, M.V.B. / Huang, F. / Tosin, M. / Spiteller, D. / Valentine, E.F. / Leadlay, P.F. / Spencer, J.B. / Blundell, T.L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the activity and substrate specificity of fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK.
著者: Dias, M.V. / Huang, F. / Chirgadze, D.Y. / Tosin, M. / Spiteller, D. / Dry, E.F. / Leadlay, P.F. / Spencer, J.B. / Blundell, T.L.

履歴

登録	2009年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kx8.cif.gz	213.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kx8.ent.gz	175.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kx8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kx8_validation.pdf.gz	484.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kx8_full_validation.pdf.gz	506.4 KB	表示
XML形式データ	3kx8_validation.xml.gz	42.2 KB	表示
CIF形式データ	3kx8_validation.cif.gz	58.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kx8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kuvC 3kuwC 3kv7C 3kv8C 3kviC 3kvuC 3kvzC 3kw1C 3kx7C 1hnnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3p3i-1 3kvz-1 3kw1-2 3kv8-d 3ha7-d 3p3f-2 3kvz-3 3kuw-d 3kvz-4 3p2r-d 5vqk-d 3p3i-3 3p2s-d 3kvi-d 3kw1-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: fluoroacetyl-CoA thioesterase

B: fluoroacetyl-CoA thioesterase

C: fluoroacetyl-CoA thioesterase

D: fluoroacetyl-CoA thioesterase

E: fluoroacetyl-CoA thioesterase

F: fluoroacetyl-CoA thioesterase

G: fluoroacetyl-CoA thioesterase

H: fluoroacetyl-CoA thioesterase

124 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: fluoroacetyl-CoA thioesterase

B: fluoroacetyl-CoA thioesterase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: fluoroacetyl-CoA thioesterase

D: fluoroacetyl-CoA thioesterase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 2 ポリマー
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3

E: fluoroacetyl-CoA thioesterase

F: fluoroacetyl-CoA thioesterase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 2 ポリマー
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4

G: fluoroacetyl-CoA thioesterase

H: fluoroacetyl-CoA thioesterase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.910, 71.079, 104.351
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.62, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	fluoroacetyl-CoA thioesterase 分子量: 15513.912 Da / 分子数: 8 / 断片: FlK / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces cattleya (バクテリア) 遺伝子: flK, fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1EMV2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Tris HCl PEG 2000mme, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: single crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 47256 / Num. obs: 47256 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.35→2.45 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

開始モデル: PDB entry 1HNN

1hnn

解像度: 2.35→49.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 6.456 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.411 / ESU R Free: 0.254
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24255	2000	4.4 %	RANDOM
R_work	0.1899	-	-	-
all	0.2	47256	-	-
obs	0.19223	43339	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.435 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.35 Å²	0 Å²	1.42 Å²
2-	-	-1.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→49.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8132	0	0	275	8407

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	8335
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.568	1.94	11370
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.349	5	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.35	21.982	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.69	15	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.666	15	61
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.156	0.2	1281
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6384
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	3400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	5509
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	347
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.17	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.079	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.607	5	5440
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.429	5	8580
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.997	5	3254
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.801	7.5	2790
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.353→2.414 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	119	-
R_work	0.185	2574	-
obs	-	-	100 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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