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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kx8 | ||||||
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タイトル | Structural basis of the activity and substrate specificity of the fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK | ||||||
要素 | fluoroacetyl-CoA thioesterase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK / thioesterase / hot-dog folding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fluoroacetyl-CoA thioesterase / acyl-CoA hydrolase activity / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces cattleya (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Chirgadze, D.Y. / Dias, M.V.B. / Huang, F. / Tosin, M. / Spiteller, D. / Valentine, E.F. / Leadlay, P.F. / Spencer, J.B. / Blundell, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: Structural basis for the activity and substrate specificity of fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK. 著者: Dias, M.V. / Huang, F. / Chirgadze, D.Y. / Tosin, M. / Spiteller, D. / Dry, E.F. / Leadlay, P.F. / Spencer, J.B. / Blundell, T.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3kx8.cif.gz | 213.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3kx8.ent.gz | 175.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3kx8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3kx8_validation.pdf.gz | 484.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3kx8_full_validation.pdf.gz | 506.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3kx8_validation.xml.gz | 42.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3kx8_validation.cif.gz | 58.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kx8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15513.912 Da / 分子数: 8 / 断片: FlK / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces cattleya (バクテリア) 遺伝子: flK, fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1EMV2 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Tris HCl PEG 2000mme, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: single crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 47256 / Num. obs: 47256 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.45 Å / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB entry 1HNN 解像度: 2.35→49.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 6.456 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.411 / ESU R Free: 0.254 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.435 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→49.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.353→2.414 Å / Total num. of bins used: 20
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