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- PDB-3kwo: Crystal Structure of Putative Bacterioferritin from Campylobacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kwo
タイトルCrystal Structure of Putative Bacterioferritin from Campylobacter jejuni
要素Putative bacterioferritin
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / alpha-helix (Αヘリックス) / bacterial ferritin fold / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Cytoplasm (細胞質) / Iron (鉄) / Iron storage / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / DNA protection / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸 / 1,4-ブタンジオール / DNA protection during starvation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.985 Å
データ登録者Kim, Y. / Gu, M. / Papazisi, L. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Putative Bacterioferritin from Campylobacter jejuni
著者: Kim, Y. / Gu, M. / Papazisi, L. / Anderson, W. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative bacterioferritin
B: Putative bacterioferritin
C: Putative bacterioferritin
D: Putative bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,71859
ポリマ－71,1224
非ポリマー3,59655
水10,323573
1
A: Putative bacterioferritin
B: Putative bacterioferritin
C: Putative bacterioferritin
D: Putative bacterioferritin
ヘテロ分子

A: Putative bacterioferritin
B: Putative bacterioferritin
C: Putative bacterioferritin
D: Putative bacterioferritin
ヘテロ分子

A: Putative bacterioferritin
B: Putative bacterioferritin
C: Putative bacterioferritin
D: Putative bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,154177
ポリマ－213,36512
非ポリマー10,789165
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area48240 Å2
ΔGint-2846 kcal/mol
Surface area66340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.715, 91.715, 202.288
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-170-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Putative bacterioferritin /


分子量: 17780.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
生物種: subsp. jejuni NCTC 11168 / 株: NCTC 11168 / プラスミド: Magic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q0P891

-
非ポリマー , 5種, 628分子

#2: 化合物...
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル / 1,4-ブタンジオール


分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 573 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.42 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M Zinc acetate, 0.1 M Imidazole pH 8.0, 20% (v/v) 1,4-bdiolutaiediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→28.78 Å / Num. all: 43678 / Num. obs: 43678 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 9.54
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.51 / Rsym value: 0.854 / % possible all: 76.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
RESOLVEモデル構築
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.985→28.78 Å / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: mixed / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 18.53 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1965 2172 5.03 %
Rwork0.1436 --
obs0.1462 43169 98.37 %
all-43169 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.044 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1165 Å20 Å2-0 Å2
2--3.1165 Å20 Å2
3----6.233 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.985→28.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4825 0 152 573 5550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135028
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3756750
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9451801
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091727
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006868
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9845-2.05540.22952160.17563970X-RAY DIFFRACTION96
2.0554-2.13770.24232240.16634089X-RAY DIFFRACTION98
2.1377-2.2350.20642120.15044073X-RAY DIFFRACTION98
2.235-2.35270.21642290.14594047X-RAY DIFFRACTION98
2.3527-2.50010.21372190.14364119X-RAY DIFFRACTION98
2.5001-2.6930.20272190.13984096X-RAY DIFFRACTION99
2.693-2.96370.18932080.13554161X-RAY DIFFRACTION99
2.9637-3.3920.19262070.13844143X-RAY DIFFRACTION99
3.392-4.27130.15622010.12734172X-RAY DIFFRACTION100
4.2713-28.78280.19432370.14384127X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined0.7979-0.3674-0.25550.51030.17370.45560.01050.02160.0163-0.04010.0132-0.0032-0.0879-0.0077-0.02140.1078-0.01590.00110.05690.03050.041322.70963.9932170.2
20.52760.050.09890.2105-0.22630.71490.0216-0.00880.07690.0153-0.00120.0058-0.1173-0.0147-0.01410.1532-0.00020.0080.0747-0.02130.1137
30.4123-0.2688-0.04580.69780.01980.64730.03720.01660.0356-0.0433-0.0115-0.0274-0.07810.1269-0.02050.0836-0.04240.00960.10990.00750.0936
40.43180.0581-0.21050.41110.10450.4688-0.0026-0.0671-0.04070.0653-0.0089-0.03160.01370.07140.00230.0921-0.0037-0.03480.1089-0.00690.0745
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA-1 - 168
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 167
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC1 - 166
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD0 - 166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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