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- PDB-3kwd: Inactive truncation of the beta-carboxysomal gamma-Carbonic Anhyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kwd
タイトルInactive truncation of the beta-carboxysomal gamma-Carbonic Anhydrase, CcmM, form 1
要素Carbon dioxide concentrating mechanism protein
キーワードLYASE (リアーゼ) / PROTEIN BINDING (タンパク質) / PHOTOSYNTHESIS (光合成) / left-handed beta helix / gamma carbonic anhydrase / disulfide bond dependent activity / carboxysome (カルボキシソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of carboxysome shell / カルボキシソーム / 炭素固定 / 光合成 / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carboxysome assembly protein CcmM / : / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily ...Carboxysome assembly protein CcmM / : / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxysome assembly protein CcmM
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Pena, K.L. / Kimber, M.S. / Castel, S.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural basis of the oxidative activation of the carboxysomal {gamma}-carbonic anhydrase, CcmM.
著者: Pena, K.L. / Castel, S.E. / de Araujo, C. / Espie, G.S. / Kimber, M.S.
履歴
登録2009年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2184
ポリマ－23,0821
非ポリマー1363
水3,873215
1
A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein
ヘテロ分子

A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein
ヘテロ分子

A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,65512
ポリマ－69,2463
非ポリマー4099
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area18760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.006, 103.006, 44.953
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-195-

CL

21A-201-

HOH

31A-228-

HOH

41A-271-

HOH

51A-340-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Carbon dioxide concentrating mechanism protein


分子量: 23081.900 Da / 分子数: 1
断片: N-terminal, gamma-carbonic anhydrase domain of CcmM, inactive truncation construct delta193 (UNP residues 1-193)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: ccmM, tll0944 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q8DKB5, 炭酸脱水酵素
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 14 mg/ml protein, 1.0 M ammonium sulphate, 0.1 M Bis-Tris, 1% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→40 Å / Num. all: 70535 / Num. obs: 70535 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.25 % / Biso Wilson estimate: 8.4 Å2 / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.66 / Num. unique all: 2779 / Rsym value: 0.233 / % possible all: 77.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QRE

1qre


解像度: 1.1→26.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 0.52 / SU ML: 0.014 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic + TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / σ(I): -3 / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14769 3561 5 %RANDOM
Rwork0.13267 ---
all0.13344 66970 --
obs0.13344 66970 97.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.059 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.025 Å0.024 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→26.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1266 0 3 215 1484
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221374
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.02906
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3831.9331885
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86332229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6475182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.1424.09166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.00215225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.409159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.2988
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.2698
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.2726
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0990.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2190.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2910.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2110.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5771.51118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1221.5349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.72421402
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.33584
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8954.5474
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 209 -
Rwork0.204 4079 -
obs-4288 80.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.7554-2.09030.32559.55661.74331.56370.1018-0.31080.4110.20180.24220.1772-0.4286-0.3401-0.3440.0908-0.00470.0380.126-0.02190.0457-17.4945-10.68231.3558
213.5033-10.57621.0859.9631-0.18730.34850.0824-0.132-0.08870.0516-0.10020.06440.0655-0.27080.01790.0433-0.0067-0.00370.01980.013-0.0386-11.9024-16.7779-0.3898
312.7083-5.5571-4.13924.73431.48713.8713-0.0294-0.2652-0.15640.1396-0.0432-0.01410.12530.09550.07270.0316-0.0089-0.0186-0.04550.0319-0.0054-5.7014-24.03250.3113
40.42382.21690.059917.45733.87272.17010.1506-0.2229-0.15560.3239-0.0397-0.39920.03580.1521-0.11090.0331-0.0284-0.0286-0.00490.0256-0.0057-0.7523-16.9764-1.5429
59.97980.7995-1.25917.0590.61145.3251-0.0738-0.60840.48520.3547-0.028-0.1652-0.26670.39750.10180.049-0.0372-0.02470.0434-0.0130.00851.3869-8.36680.5018
614.12855.5877-0.14784.26850.6973.72080.1304-0.2826-0.1323-0.0612-0.0293-0.1278-0.06020.0157-0.10110.0189-0.0246-0.0039-0.01590.003-0.038-6.1247-7.7627-2.4229
711.53335.92584.04377.013.6713.12670.0815-0.26120.39820.2201-0.11450.2389-0.0554-0.13920.0331-0.0092-0.01980.0111-0.011-0.0158-0.0047-14.7502-9.9929-2.8378
85.8116-3.9643-0.53484.99760.68250.63090.01310.0103-0.12310.1018-0.06360.08470.0906-0.10240.0505-0.019-0.0207-0.0028-0.02650.0078-0.0312-13.6369-17.1513-5.4444
95.2265-2.4665-0.63972.2908-1.51473.972-0.05630.011-0.1993-0.05180.02950.00520.2222-0.04760.02680.0137-0.0167-0.0127-0.0580.01980.0053-5.7988-24.5912-5.7902
102.69475.2037-0.17415.54714.59644.43610.0355-0.1062-0.13640.06120.0193-0.27950.11530.146-0.0548-0.0149-0.0132-0.0204-0.04840.0238-0.0205-1.0132-16.8108-6.2481
111.071-0.82311.68297.5137-4.52054.92610.0328-0.08080.04380.0793-0.0643-0.2201-0.01310.07240.0315-0.0428-0.023-0.0145-0.02230.0096-0.02492.1337-8.5165-5.1911
1211.84251.3829-2.8961.6971-1.78163.2026-0.00380.0549-0.01770.02730.01210.06070.0311-0.0474-0.0083-0.0441-0.0045-0.0101-0.0447-0.0062-0.0473-5.5839-7.3743-7.2204
134.7042-1.9707-0.3441.31320.92475.33510.1869-0.03720.10330.1991-0.1253-0.037-0.2817-0.1111-0.0615-0.0223-0.01650.0225-0.0334-0.00340.0126-13.4738-4.65-5.77
141.7196-0.52451.99739.64931.55262.81240.00280.00590.2191-0.0263-0.00370.2457-0.192-0.12170.0009-0.0374-0.00090.0109-0.0062-0.00920.0234-18.7592-6.137-9.2289
152.3302-0.1508-0.09233.08971.43912.13190.0613-0.0431-0.03190.0575-0.04220.12310.0899-0.1022-0.0191-0.038-0.024-0.0083-0.03890-0.0252-15.1165-14.7674-9.75
166.4998-5.399-0.11739.45381.85073.44440.0078-0.1063-0.1111-0.0090.04620.02310.1576-0.0494-0.0541-0.02-0.0168-0.0133-0.05610.0075-0.0173-7.8108-20.6069-10.0718
172.61083.7869-2.147313.25041.19564.1745-0.0814-0.1447-0.40470.1969-0.1083-0.62140.32250.19570.18970.00390.0107-0.0083-0.03850.01530.0231-1.5712-22.2987-10.7122
183.72341.46320.56885.34610.42440.09540.0855-0.043-0.04920.1319-0.0518-0.12060.11120.0506-0.0337-0.0331-0.0113-0.0138-0.04420.0048-0.04191.1256-11.0078-10.7879
1912.7585-0.06310.05862.46950.05450.0896-0.0479-0.05380.18280.02710.0666-0.0513-0.049-0.0176-0.0187-0.0497-0.0006-0.0094-0.0434-0.0011-0.0567-2.9031-5.8252-11.9786
207.6297-3.0704-1.11993.7170.39871.7180.06960.1281-0.08020.0811-0.03290.18-0.08520.0693-0.0368-0.0523-0.0167-0.0049-0.0291-0.0017-0.044-11.7073-6.2186-11.7815
2114.888-0.885-2.087411.23820.61255.6861-0.0254-0.08910.12020.0624-0.0450.6385-0.1585-0.32460.0705-0.04090.017-0.00920.0117-0.00860.0599-22.088-4.3154-14.1084
222.7988-5.0011-2.38214.08873.21474.3942-0.01730.06720.0821-0.01880.06230.32830.0126-0.2372-0.045-0.0504-0.0197-0.02180.0055-0.01110.0211-21.4835-11.6017-15.863
234.115-5.36271.01678.2502-2.27793.34540.04980.1412-0.3162-0.04990.01260.01060.1514-0.1031-0.0623-0.0257-0.0401-0.0249-0.0156-0.02590.0269-18.8771-21.3883-16.9658
243.8652-1.3602-2.21134.52371.61672.642-0.0289-0.1833-0.3520.2901-0.01760.02990.1564-0.14570.0465-0.0098-0.0456-0.02260.0042-0.00330.0336-21.4864-22.4839-12.5443
253.49320.4347-0.55141.76891.71221.9364-0.02040.0225-0.0063-0.0799-0.05050.09410.0449-0.16150.0709-0.0469-0.029-0.0223-0.015-0.0119-0.0018-20.0353-15.2576-13.1038
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342.39690.77470.59633.83811.78931.85720.02630.0183-0.1194-0.1280.0165-0.17930.1009-0.0056-0.0428-0.0155-0.0056-0.0039-0.0359-0.0215-0.0367-1.0933-16.0698-20.9954
353.39542.34460.67584.38140.59170.7908-0.03940.0365-0.0441-0.19040.064-0.04590.00290.0677-0.0247-0.0387-0.00470.0046-0.0347-0.0131-0.0583.0593-6.3173-20.0272
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3810.4833-3.069-1.05577.7332.18640.6220.11950.3253-0.4351-0.1957-0.14850.38210.0154-0.13730.0290.0274-0.0173-0.03260.0101-0.0258-0.0282-13.0909-17.4245-23.996
398.01634.1673-3.68846.6333-5.60147.2549-0.01720.0889-0.3689-0.2177-0.087-0.00320.1920.02650.10430.0445-0.0146-0.0056-0.019-0.0468-0.0131-5.6171-21.065-24.8094
404.62524.1498-1.39111.77332.53642.1974-0.01640.1863-0.1143-0.08290.1339-0.35750.2051-0.0112-0.11750.02040.0004-0.0036-0.007-0.0323-0.03610.3146-14.2446-26.1611
419.83070.5032.1261.60780.9671.9361-0.02730.0522-0.0551-0.19380.0539-0.0780.01390.0625-0.0266-0.0175-0.00920.0082-0.0213-0.0136-0.06481.685-6.4237-25.0121
428.31273.86120.06382.7822-1.09032.7658-0.02790.17960.1585-0.15890.03660.2007-0.1607-0.2127-0.0087-0.0014-0.0009-0.02480.0025-0.0131-0.0473-9.1087-6.1802-26.3801
434.5315-5.9093-0.32826.9728-0.86366.194-0.08770.2391-0.0284-0.32250.18580.65590.1654-0.092-0.09810.0046-0.0137-0.0520.05-0.0097-0.0299-15.0598-11.3664-28.4014
447.4174-8.9932-3.945313.84142.21154.35020.38660.6744-0.6012-0.6036-0.46440.2493-0.0198-0.43340.07780.0960.0027-0.04880.0952-0.06260.0165-10.3195-19.1897-29.4082
456.61383.0846-2.32067.7854-0.08872.3252-0.10080.1894-0.1017-0.36630.0469-0.03930.0550.02430.05390.1014-0.0088-0.0030.0516-0.043-0.0037-3.0834-18.503-31.0757
468.17637.74891.12889.53720.82690.3703-0.09450.2214-0.1206-0.4850.1227-0.12280.12430.0054-0.02820.0604-0.0120.01360.0315-0.0342-0.04380.6988-11.0011-30.7446
4724.4004-2.26365.76514.0593-5.89418.82360.06770.42020.2251-0.37610.03090.03440.09270.0134-0.09870.0497-0.0111-0.00520.0373-0.0125-0.0463-2.5804-5.8033-31.2687
4815.088-0.35854.21463.63942.8233.5649-0.03220.00370.192-0.30280.02680.1482-0.1315-0.03560.00540.0509-0.0171-0.03210.05180.0117-0.0238-10.6379-6.6809-32.1194
498.82171.8207-0.01753.18611.04165.3252-0.12990.42020.2057-0.45170.10150.2094-0.1312-0.20790.02830.0993-0.0167-0.04270.0749-0.0048-0.0152-12.9936-10.02-36.1485
501.062-1.2764-1.78898.8684-0.11345.462-0.07620.25830.1979-0.3536-0.0307-0.26380.26680.09020.10690.0824-0.0368-0.01790.0984-0.0192-0.0345-9.2359-13.4607-38.4685
516.8356-6.06412.679113.6887-4.94982.0164-0.10370.5173-0.0467-0.3295-0.0075-0.09170.14370.00750.11120.1115-0.01260.01050.077-0.0505-0.0208-2.9801-18.6629-34.1062
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A17 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2A20 - 22
3X-RAY DIFFRACTION3A23 - 25
4X-RAY DIFFRACTION4A26 - 28
5X-RAY DIFFRACTION5A29 - 31
6X-RAY DIFFRACTION6A32 - 34
7X-RAY DIFFRACTION7A35 - 37
8X-RAY DIFFRACTION8A38 - 40
9X-RAY DIFFRACTION9A41 - 43
10X-RAY DIFFRACTION10A44 - 46
11X-RAY DIFFRACTION11A47 - 49
12X-RAY DIFFRACTION12A50 - 52
13X-RAY DIFFRACTION13A53 - 55
14X-RAY DIFFRACTION14A56 - 58
15X-RAY DIFFRACTION15A59 - 61
16X-RAY DIFFRACTION16A62 - 64
17X-RAY DIFFRACTION17A65 - 67
18X-RAY DIFFRACTION18A68 - 70
19X-RAY DIFFRACTION19A71 - 73
20X-RAY DIFFRACTION20A74 - 76
21X-RAY DIFFRACTION21A77 - 79
22X-RAY DIFFRACTION22A80 - 82
23X-RAY DIFFRACTION23A83 - 85
24X-RAY DIFFRACTION24A86 - 88
25X-RAY DIFFRACTION25A89 - 91
26X-RAY DIFFRACTION26A92 - 94
27X-RAY DIFFRACTION27A95 - 97
28X-RAY DIFFRACTION28A98 - 100
29X-RAY DIFFRACTION29A101 - 103
30X-RAY DIFFRACTION30A104 - 106
31X-RAY DIFFRACTION31A107 - 109
32X-RAY DIFFRACTION32A110 - 112
33X-RAY DIFFRACTION33A113 - 115
34X-RAY DIFFRACTION34A116 - 118
35X-RAY DIFFRACTION35A119 - 121
36X-RAY DIFFRACTION36A122 - 124
37X-RAY DIFFRACTION37A125 - 127
38X-RAY DIFFRACTION38A128 - 130
39X-RAY DIFFRACTION39A131 - 133
40X-RAY DIFFRACTION40A134 - 136
41X-RAY DIFFRACTION41A137 - 139
42X-RAY DIFFRACTION42A140 - 142
43X-RAY DIFFRACTION43A143 - 145
44X-RAY DIFFRACTION44A146 - 148
45X-RAY DIFFRACTION45A149 - 151
46X-RAY DIFFRACTION46A152 - 154
47X-RAY DIFFRACTION47A155 - 157
48X-RAY DIFFRACTION48A158 - 160
49X-RAY DIFFRACTION49A161 - 163
50X-RAY DIFFRACTION50A164 - 166
51X-RAY DIFFRACTION51A167 - 170

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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