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- PDB-3kul: Kinase domain of human ephrin type-A receptor 8 (EPHA8) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kul
タイトルKinase domain of human ephrin type-A receptor 8 (EPHA8)
要素(Ephrin type-A receptor ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / ATP-binding / kinase / nucleotide-binding / receptor / phosphorylation / transmembrane / tyrosine-protein kinase / Structural Genomics Consortium / SGC / Glycoprotein / Membrane / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


substrate-dependent cell migration / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / ephrin receptor activity / regulation of cell adhesion mediated by integrin / EPH-Ephrin signaling / EPHA-mediated growth cone collapse / neuron remodeling / growth factor binding ...substrate-dependent cell migration / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / ephrin receptor activity / regulation of cell adhesion mediated by integrin / EPH-Ephrin signaling / EPHA-mediated growth cone collapse / neuron remodeling / growth factor binding / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor signaling pathway / regulation of cell adhesion / axon guidance / receptor protein-tyrosine kinase / neuron projection development / early endosome membrane / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / neuron projection / dendrite / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ephrin cysteine rich domain / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. / Receptor tyrosine kinase class V signature 2. ...Ephrin cysteine rich domain / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. / Receptor tyrosine kinase class V signature 2. / Eph receptor ligand-binding domain profile. / Ephrin receptor ligand binding domain / Putative ephrin-receptor like / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 2. / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Ephrin type-A receptor 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Walker, J.R. / Yermekbayeva, L. / Kania, J. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Kinase Domain of Human Ephrin Type-A Receptor 8 (Epha8)
著者: Walker, J.R. / Yermekbayeva, L. / Kania, J. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2009年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ephrin type-A receptor 8
B: Ephrin type-A receptor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9187
ポリマ－73,4772
非ポリマー4405
水4,612256
1
A: Ephrin type-A receptor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0615
ポリマ－36,6991
非ポリマー3624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ephrin type-A receptor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8572
ポリマ－36,7791
非ポリマー781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.140, 41.879, 145.815
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Ephrin type-A receptor ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ephrin type-A receptor 8 / Tyrosine-protein kinase receptor EEK / EPH- and ELK-related kinase / HEK3


分子量: 36698.637 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain (UNP residues 602-909) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TYR at position 793 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EEK, EPHA8, HEK3, KIAA1459 / プラスミド: PET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29322, receptor protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質 Ephrin type-A receptor 8 / Tyrosine-protein kinase receptor EEK / EPH- and ELK-related kinase / HEK3


分子量: 36778.617 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain (UNP residues 602-909) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PTR at position 793 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EEK, EPHA8, HEK3, KIAA1459 / プラスミド: PET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29322, receptor protein-tyrosine kinase

-
非ポリマー , 4種, 261分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: WELL SOLUTION: 20% PEG 8000, 0.2 M NH4 SULPHATE, 0.1 M HEPES PH 7.5. PROTEIN SOLUTION: 20 MG/ML, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97948 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月19日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 29557 / Num. obs: 29557 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.15 / Num. unique all: 1505 / Rsym value: 0.56 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2REI

2rei


解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 12.385 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24389 1497 5.1 %RANDOM
Rwork0.1869 ---
obs0.18985 27960 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.662 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20.62 Å2
2--0.84 Å20 Å2
3----0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4221 0 24 256 4501
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0214364
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3251.9575907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5715540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.24822.132197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.95715727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4751547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2649
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213307
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5591.52687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05124328
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.99631677
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.064.51579
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 104 -
Rwork0.209 2103 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.93561.0271.95992.25850.78324.4693-0.03030.07550.1593-0.0343-0.0043-0.026-0.04010.03370.03460.06510.02360.01960.0279-0.01460.0736-16.580113.08271.8475
26.92686.6629-1.412410.1406-1.69883.20360.0014-0.031-0.2188-0.14840.0065-0.22630.09740.0145-0.0080.01740.01470.01260.1119-0.02990.0507-14.97548.407272.3695
32.80120.02080.32391.02070.12722.46780.02570.1720.3838-0.25590.03460.0231-0.43080.1394-0.06030.1894-0.00470.03980.13630.00320.1517-15.718318.830360.1982
42.2737-1.3519-0.46781.26040.04130.2127-0.073-0.14030.01220.0360.07560.0464-0.02150.0165-0.00260.08210.0138-0.00560.0836-0.01980.0676-8.09357.996864.2997
53.4854-1.19551.97213.2292-1.75383.06170.11040.0575-0.0253-0.2201-0.0690.19880.151-0.1091-0.04140.05520.00760.01730.0444-0.01570.0341-0.47473.131452.8367
64.583-1.83051.09116.1795-3.82115.38980.08380.2270.3-0.10220.07840.1768-0.3201-0.3026-0.16220.05790.03190.02320.0825-0.00120.0799-5.09588.399656.2113
78.92-13.6840.902317.14058.111534.04431.37370.9336-0.6407-0.1335-1.47651.94852.30290.18860.10281.1020.13280.14420.8499-0.01931.4003-7.312617.41238.8483
88.5699-1.27734.09781.304-2.56286.7336-0.2060.01870.44520.20110.1446-0.1455-0.6946-0.21380.06140.1860.03680.01870.04020.01470.13444.646520.734746.7253
91.6776-0.7130.72942.4943-1.7233.21830.0131-0.02040.10180.0336-0.1055-0.1853-0.0881-0.01290.09240.02730.01450.00810.01920.00050.03387.93610.278252.1107
102.75691.3450.79454.17672.06523.6179-0.03770.11540.0835-0.1491-0.085-0.2611-0.19070.15490.12270.04450.03320.01910.11450.04130.0816.250911.2748.3825
114.50841.70372.20644.02471.34748.289-0.16710.50180.0672-0.36470.00140.1443-0.41380.08590.16570.10810.0450.01230.11050.00750.0276.39589.658438.5869
122.9813-6.0727-0.369618.3291-5.13686.1780.10730.037-0.1215-0.191-0.2716-0.20960.64640.48290.16440.29470.0843-0.06970.1313-0.08220.10524.6248-5.644245.9643
136.4516-1.4178-4.5032.8881-0.401710.21480.02340.2237-0.11310.0278-0.01060.0623-0.0808-0.6176-0.01280.0838-0.0114-0.00330.1422-0.05910.1048-17.8092-9.0081.2809
147.97-2.0056-1.226113.55040.70394.7158-0.129-0.462-0.66570.8776-0.0621-0.64790.38260.51030.19110.12090.00120.0010.2299-0.01760.1578-4.9298-15.28392.014
157.6129-5.52422.296211.0144-4.50517.21810.18550.1804-0.0969-0.1423-0.11610.1452-0.0451-0.0127-0.06950.0311-0.01730.03030.1889-0.08380.0572-13.6302-7.03361.7266
164.7061.95730.4113.9340.95862.97640.13290.0132-0.65020.2696-0.09940.34460.7527-0.5136-0.03360.2473-0.0858-0.0010.21130.00350.258-12.6446-12.744116.6874
1718.806510.68549.954611.91536.805911.5241-0.1482-0.08180.3635-0.52430.0225-0.0882-0.4984-0.41310.12570.05020.02220.01910.1289-0.04450.077-13.5176-5.89629.9489
185.5842.39380.77562.4705-0.23061.23930.03070.2572-0.1857-0.0208-0.0744-0.0620.036-0.02120.04370.0940.01880.02020.1521-0.0380.01990.4854-4.92097.4717
193.40450.23220.18371.0513-0.87252.79090.00570.0047-0.07950.08020.0210.10550.0776-0.2418-0.02660.04820.00140.01860.0368-0.00960.0335-0.2314-2.783318.5096
208.77813.8668-0.84142.8337-3.19332.7032-0.1286-0.2361-0.22410.05860.0205-0.10760.0625-0.19930.10810.4496-0.05920.02160.4205-0.01160.359-4.1647-14.740130.5121
213.85060.8091-0.96551.3942-0.09212.64580.0261-0.1658-0.40890.1262-0.0291-0.14240.2343-0.0130.0030.0452-0.0098-0.00920.00870.0190.07888.5147-10.471924.7433
222.9034-3.10465.84999.2437-5.412711.43060.48320.5638-0.2536-0.4277-0.0646-0.15290.77451.1254-0.41860.23930.0605-0.03630.3365-0.12450.279118.6881-12.241416.5907
234.0054-0.4430.53145.95080.53632.45540.0686-0.1043-0.60390.0603-0.0476-0.29880.31180.2499-0.02090.0970.0239-0.01770.1570.04320.215719.3234-12.195325.1377
243.5998-0.49670.95364.9401-1.44284.5813-0.0972-0.2910.28570.0858-0.1148-0.2338-0.40680.08780.2120.0982-0.0283-0.02980.092-0.02220.035510.00050.726630.154
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A627 - 644
2X-RAY DIFFRACTION2A645 - 662
3X-RAY DIFFRACTION3A663 - 691
4X-RAY DIFFRACTION4A692 - 729
5X-RAY DIFFRACTION5A730 - 763
6X-RAY DIFFRACTION6A764 - 786
7X-RAY DIFFRACTION7A791 - 796
8X-RAY DIFFRACTION8A800 - 814
9X-RAY DIFFRACTION9A815 - 839
10X-RAY DIFFRACTION10A840 - 872
11X-RAY DIFFRACTION11A873 - 884
12X-RAY DIFFRACTION12A885 - 900
13X-RAY DIFFRACTION13B627 - 638
14X-RAY DIFFRACTION14B639 - 653
15X-RAY DIFFRACTION15B654 - 672
16X-RAY DIFFRACTION16B673 - 696
17X-RAY DIFFRACTION17B697 - 703
18X-RAY DIFFRACTION18B704 - 735
19X-RAY DIFFRACTION19B736 - 781
20X-RAY DIFFRACTION20B782 - 801
21X-RAY DIFFRACTION21B802 - 834
22X-RAY DIFFRACTION22B835 - 841
23X-RAY DIFFRACTION23B842 - 864
24X-RAY DIFFRACTION24B865 - 899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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