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- PDB-3kuc: Complex of Rap1A(E30D/K31E)GDP with RafRBD(A85K/N71R) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kuc
タイトルComplex of Rap1A(E30D/K31E)GDP with RafRBD(A85K/N71R)
要素
  • RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
  • Ras-related protein Rap-1A
キーワードGTP binding protein/Transferase / Ras-effector complex / GTP-binding / Nucleotide-binding / Proto-oncogene / Transferase / GTP binding protein-Transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / Rap protein signal transduction / death-inducing signaling complex assembly / regulation of cell junction assembly / response to antineoplastic agent / intermediate filament cytoskeleton organization / nerve growth factor signaling pathway / negative regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of vasculogenesis / guanyl-nucleotide exchange factor complex ...positive regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / Rap protein signal transduction / death-inducing signaling complex assembly / regulation of cell junction assembly / response to antineoplastic agent / intermediate filament cytoskeleton organization / nerve growth factor signaling pathway / negative regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of vasculogenesis / guanyl-nucleotide exchange factor complex / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / regulation of Rho protein signal transduction / type B pancreatic cell proliferation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / response to carbohydrate / Rap1 signalling / establishment of endothelial barrier / MET activates RAP1 and RAC1 / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / anchoring junction / Negative feedback regulation of MAPK pathway / IFNG signaling activates MAPKs / GP1b-IX-V activation signalling / Frs2-mediated activation / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / pseudopodium / face development / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / regulation of cell differentiation / positive regulation of protein kinase activity / thyroid gland development / synaptic vesicle exocytosis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / MAP kinase kinase kinase activity / type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / Schwann cell development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / specific granule membrane / phagocytic vesicle / sperm midpiece / response to muscle stretch / Integrin signaling / myelination / liver regeneration / CD209 (DC-SIGN) signaling / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of phagocytosis / guanyl-nucleotide exchange factor activity / adenylate cyclase activator activity / thymus development / cellular response to cAMP / small monomeric GTPase / protein localization to plasma membrane / positive regulation of D-glucose import / Stimuli-sensing channels / wound healing / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / positive regulation of neuron projection development / cellular response to nerve growth factor stimulus / small GTPase binding / Negative regulation of MAPK pathway / cellular response to xenobiotic stimulus / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cell junction / late endosome / insulin receptor signaling pathway / nervous system development / MAPK cascade / presynapse / G protein activity / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / early endosome / neuron projection / endosome membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / GTPase activity
類似検索 - 分子機能
Ras-related protein Rap1 / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...Ras-related protein Rap1 / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Ubiquitin-like (UB roll) / Small GTP-binding protein domain / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / Ras-related protein Rap-1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Filchtinski, D. / Sharabi, O. / Rueppel, A. / Vetter, I.R. / Herrmann, C. / Shifman, J.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: What makes Ras an efficient molecular switch: a computational, biophysical, and structural study of Ras-GDP interactions with mutants of Raf.
著者: Filchtinski, D. / Sharabi, O. / Ruppel, A. / Vetter, I.R. / Herrmann, C. / Shifman, J.M.
履歴
登録2009年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rap-1A
B: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8545
ポリマ－28,3472
非ポリマー5083
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.120, 68.540, 101.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ras-related protein Rap-1A / GTP-binding protein smg-p21A / Ras-related protein Krev-1 / C21KG / G-22K


分子量: 19041.549 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-167 / 変異: E30D, K31E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAP1A, KREV1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62834
#2: タンパク質 RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / C-RAF / cRaf / Raf-1


分子量: 9304.958 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 51-131 / 変異: A85K, N71R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAF1, RAF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P04049, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 4種, 184分子

#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20-25% PEG 8000, 100 mM Tris or HEPES pH 7.2-7.6, 10-200 mM Ca Acetate or 100 mM Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00472 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月1日
放射モノクロメーター: FOCUSED SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00472 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→40.84 Å / Num. all: 23787 / Num. obs: 23432 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.71 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 27.27
反射 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / 冗長度: 7.66 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 7.52 / Rsym value: 0.384 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1gua

1gua


解像度: 1.92→36.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 6.148 / SU ML: 0.082 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20893 1184 5 %RANDOM
Rwork0.17385 ---
obs0.17559 22491 100 %-
all-22528 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.733 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2--1.2 Å20 Å2
3----1.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→36.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1946 0 30 181 2157
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0222051
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1711.9832779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6645257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.88224.762105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.9515391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5651517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1720.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021541
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4071.51228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.34521990
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6723823
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5854.5781
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 87 -
Rwork0.185 1654 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.92250.19710.33142.17072.79315.6321-0.0684-0.04080.04380.3817-0.3020.25120.4332-0.40070.37030.0864-0.04180.04530.068-0.05240.0813-8.8037-14.735726.0052
21.94880.3503-1.47992.0047-0.55343.29620.0080.0833-0.0423-0.0656-0.0623-0.03270.11410.0080.05430.01030.01710.00630.06360.01310.06923.7496-22.52693.3028
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 167
2X-RAY DIFFRACTION2B56 - 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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