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- PDB-3ku7: Crystal structure of Helicobacter pylori MinE, a cell division to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ku7
タイトルCrystal structure of Helicobacter pylori MinE, a cell division topological specificity factor
要素Cell division topological specificity factor
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / Helicobacter pylori (ヘリコバクター・ピロリ) / MinE / Cell division (細胞分裂)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of division septum assembly / 細胞周期 / 細胞分裂
類似検索 - 分子機能
Cell division topological specificity factor MinE / Cell Cycle; Chain A / Cell division topological specificity factor MinE superfamily / Septum formation topological specificity factor MinE / Cell division topological specificity factor MinE / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division topological specificity factor
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kang, G.B. / Song, H.E. / Kim, M.K. / Eom, S.H.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of Helicobacter pylori MinE, a cell division topological specificity factor
著者: Kang, G.B. / Song, H.E. / Kim, M.K. / Youn, H.S. / Lee, J.G. / An, J.Y. / Chun, J.S. / Jeon, H. / Eom, S.H.
履歴
登録2009年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division topological specificity factor
B: Cell division topological specificity factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4312
ポリマ－18,4312
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area7280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.840, 70.840, 65.509
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 Cell division topological specificity factor / MinE


分子量: 9215.669 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: minE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25099

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM MES-NaOH (pH 6.5), 26% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 4A11
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A20.97964, 0.97912, 0.98325, 0.96440
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年10月17日
ADSC QUANTUM 3152CCD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATORSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979641
30.979121
40.983251
50.96441
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 4582 / Num. obs: 4582 / % possible obs: 99.7 %
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→44.78 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 510 10.9 %random
Rwork0.268 ---
all0.282 4680 --
obs0.268 4582 --
溶媒の処理Bsol: 45.058 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 64.661 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.751 Å2-19.819 Å20 Å2
2---6.751 Å20 Å2
3---13.502 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→44.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数972 0 0 0 972
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.354 -
Rwork0.352 -
obs-682

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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