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- PDB-3ktp: Structural basis of GW182 recognition by poly(A)-binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ktp
タイトルStructural basis of GW182 recognition by poly(A)-binding protein
要素
  • Polyadenylate-binding protein 1
  • Trinucleotide repeat-containing gene 6C protein
キーワードPROTEIN BINDING / protein-protein complex / Methylation / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleus / Phosphoprotein / RNA-binding / Spliceosome / RNA-mediated gene silencing / Translation regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / translation activator activity / CRD-mediated mRNA stabilization ...mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / translation activator activity / CRD-mediated mRNA stabilization / Transcriptional Regulation by MECP2 / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / Deadenylation of mRNA / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / poly(A) binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / positive regulation of cytoplasmic translation / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / TGFBR3 expression / mRNA stabilization / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / poly(U) RNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Translation initiation complex formation / cell leading edge / Transcriptional Regulation by VENTX / Regulation of MECP2 expression and activity / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / positive regulation of viral genome replication / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / catalytic step 2 spliceosome / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / mRNA 3'-UTR binding / TP53 Regulates Metabolic Genes / MAPK6/MAPK4 signaling / Oncogene Induced Senescence / P-body / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / mRNA splicing, via spliceosome / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / lamellipodium / Ca2+ pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / ribonucleoprotein complex / focal adhesion / mRNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TNRC6C, RNA recognition motif / Trinucleotide repeat-containing gene 6C protein, UBA domain / GW182, middle domain / M domain of GW182 / TNRC6, PABC binding domain / TNRC6-PABC binding domain / Argonaute hook domain / : / Argonaute hook / c-terminal domain of poly(a) binding protein ...TNRC6C, RNA recognition motif / Trinucleotide repeat-containing gene 6C protein, UBA domain / GW182, middle domain / M domain of GW182 / TNRC6, PABC binding domain / TNRC6-PABC binding domain / Argonaute hook domain / : / Argonaute hook / c-terminal domain of poly(a) binding protein / c-terminal domain of poly(a) binding protein / : / PABP, RNA recognition motif 2 / Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / PABC (PABP) domain / MLLE domain / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyadenylate-binding protein 1 / Trinucleotide repeat-containing gene 6C protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kozlov, G. / Gehring, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural basis of binding of P-body-associated proteins GW182 and ataxin-2 by the Mlle domain of poly(A)-binding protein.
著者: Kozlov, G. / Safaee, N. / Rosenauer, A. / Gehring, K.
履歴
登録2009年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyadenylate-binding protein 1
B: Trinucleotide repeat-containing gene 6C protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8852
ポリマ－11,8852
非ポリマー00
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area5730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.461, 38.461, 136.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-25-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Polyadenylate-binding protein 1 / Poly(A)-binding protein 1 / PABP 1


分子量: 9421.909 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PABPC1, PAB1, PABP1, PABPC2 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P11940
#2: タンパク質・ペプチド Trinucleotide repeat-containing gene 6C protein


分子量: 2462.758 Da / 分子数: 1 / 断片: PABPC1-binding fragment / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCJ0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.1 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 16463 / Num. obs: 16216 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 34.1
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1041 / % possible all: 82.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1I2T

1i2t


解像度: 1.5→37.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.832 / SU ML: 0.053 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23067 855 5 %RANDOM
Rwork0.22075 ---
all0.221 16463 --
obs0.221 16216 98.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.746 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→37.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数726 0 0 73 799
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.022748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0051.9891016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.446594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.58225.86229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.32815132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.53152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02552
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0580.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1170.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5361.5490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.752766
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2553289
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9984.5249
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 58 -
Rwork0.252 1041 -
obs--86.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
130.239614.0274.966713.52852.81345.08681.0222-1.81870.391.4866-0.9958-0.04380.23030.0016-0.02640.2257-0.0817-0.04130.0596-0.0002-0.0877-6.225-25.1755.511
20.36781.01920.36515.69080.1033.49430.04060.0279-0.03530.1963-0.08910.04920.13410.12670.04850.06150.00160.01910.0513-0.00330.0085-10.782-19.386-2.737
30.3035-0.12660.02064.6688-1.24114.73510.01450.088-0.021-0.113-0.0375-0.1423-0.02390.33720.0230.0381-0.00780.0190.08280.00120.0053-6.396-16.138-10.343
43.9644-0.69227.05162.6697-2.673423.71760.1032-0.08290.0324-0.1433-0.1854-0.35760.00361.42950.0821-0.0322-0.04370.01070.18150.0187-0.0291-0.424-14.347-13.515
56.7977-0.8049-6.424631.4749-6.521917.94620.04350.4052-0.2379-1.41420.30941.04481.0778-1.3399-0.35280.144-0.0894-0.09070.05830.0456-0.0388-12.58-14.385-27.996
621.2444-1.8555-22.41974.06812.009849.527-0.1650.7248-0.0497-0.1826-0.09610.1897-0.1833-1.29750.26110.06610.0046-0.00940.0164-0.0119-0.0583-15.406-17.244-17.606
77.51610.5371-3.87913.22273.337612.75540.13330.14860.18-0.0834-0.23440.3153-0.1435-0.40670.10110.01840.0085-0.00810.0722-0.0196-0.0109-18.209-14.921-6.006
812.16396.9969-4.55227.14469.952718.0712-0.15620.2081-0.361-0.2635-0.23770.66020.0527-0.4650.39380.0468-0.021-0.02380.0406-0.0154-0.007-18.175-23.208-10.718
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A541 - 554
2X-RAY DIFFRACTION2A555 - 569
3X-RAY DIFFRACTION3A570 - 595
4X-RAY DIFFRACTION4A596 - 616
5X-RAY DIFFRACTION5A617 - 621
6X-RAY DIFFRACTION6B1384 - 1388
7X-RAY DIFFRACTION7B1389 - 1394
8X-RAY DIFFRACTION8B1395 - 1399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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