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- PDB-3ksq: Discovery of C-Imidazole Azaheptapyridine FPT Inhibitors -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ksq
タイトルDiscovery of C-Imidazole Azaheptapyridine FPT Inhibitors
要素
  • Farnesyltransferase, CAAX box, alpha
  • Protein farnesyltransferase subunit beta
キーワードTRANSFERASE / PRENYLTRANSFERASE / Metal-binding / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / peptide pheromone maturation / protein farnesylation / protein geranylgeranyltransferase type I / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex ...skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / peptide pheromone maturation / protein farnesylation / protein geranylgeranyltransferase type I / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / Rab geranylgeranyltransferase activity / regulation of fibroblast proliferation / protein geranylgeranylation / regulation of microtubule-based movement / geranylgeranyl diphosphate synthase activity / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / acetyltransferase activator activity / microtubule associated complex / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of Rac protein signal transduction / alpha-tubulin binding / positive regulation of cell cycle / wound healing / receptor tyrosine kinase binding / lipid metabolic process / positive regulation of fibroblast proliferation / fibroblast proliferation / microtubule binding / molecular adaptor activity / cell population proliferation / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein farnesyltransferase subunit beta / Protein prenylyltransferase / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid ...Protein farnesyltransferase subunit beta / Protein prenylyltransferase / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FARNESYL DIPHOSPHATE / Chem-Z96 / Protein farnesyltransferase subunit beta / Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha / Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhu, H.Y. / Cooper, A.B. / Njoroge, G. / Kirschmeier, P. / Strickland, C. / Hruza, A. / Girijavallabhan, V.M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Discovery of C-imidazole azaheptapyridine FPT inhibitors.
著者: Zhu, H.Y. / Cooper, A.B. / Desai, J. / Njoroge, G. / Kirschmeier, P. / Bishop, W.R. / Strickland, C. / Hruza, A. / Doll, R.J. / Girijavallabhan, V.M.
履歴
登録2009年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Farnesyltransferase, CAAX box, alpha
B: Protein farnesyltransferase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8026
ポリマ－92,8082
非ポリマー9944
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6640 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area28480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.122, 171.122, 69.269
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Farnesyltransferase, CAAX box, alpha


分子量: 44086.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fnta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5RKJ4, UniProt: Q04631*PLUS, protein farnesyltransferase
#2: タンパク質 Protein farnesyltransferase subunit beta / FTase-beta / CAAX farnesyltransferase subunit beta / Ras proteins prenyltransferase subunit beta


分子量: 48722.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fntb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02293, protein farnesyltransferase

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非ポリマー , 5種, 303分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-FPP / FARNESYL DIPHOSPHATE / 二りん酸α-(3,7,11-トリメチル-2,6,10-ドデカトリエニル)


分子量: 382.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H28O7P2
#6: 化合物 ChemComp-Z96 / tert-butyl 4-{(11S)-8-chloro-6-[(R)-hydroxy(1-methyl-1H-imidazol-5-yl)methyl]-11H-benzo[5,6]cyclohepta[1,2-b]pyridin-11-yl}piperazine-1-carboxylate / 1,1-DIMETHYLETHYL 4-[8-CHLORO-6-[HYDROXY(1-METHYL-1H-IMIDAZOL-5-YL)METHYL]-11H-BENZO[5,6]CYCLOHEPTA[1,2-b]PYRIDIN-11(S)-YL]-1-PIPERAZINECARBOXYLATE


分子量: 522.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H32ClN5O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: PEG 4000, SODIUM ACETATE, KCL, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月21日 / 詳細: VARIMAX MULTI-LAYER OPTICS
放射モノクロメーター: VARIMAX MULTI-LAYER OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.64 Å / Num. all: 68055 / Num. obs: 67917 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 39.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3333 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
BUSTER2.9.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.9.2位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1O5M

1o5m


解像度: 2.1→29.64 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: STANDARD AMINO ACID DICTIONARY. BONDS AND ANGLES FROM ENGH AND HUBER EH99. OTHER VALUES BASED ON PREVIOUS TNT OR TAKEN FROM CCP4.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2188 3413 5.07 %RANDOM
Rwork0.1926 ---
obs-67377 --
原子変位パラメータBiso mean: 43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.1056 Å20 Å20 Å2
2---3.1056 Å20 Å2
3---6.2112 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.261 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5849 0 63 299 6211
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2801 256 5.19 %
Rwork0.2325 4676 -
obs-4932 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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