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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ksm | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of ABC-type sugar transport system, periplasmic component from Hahella chejuensis | |||||||||
要素 | ABC-type sugar transport system, periplasmic component | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / ABC-type sugar transport system / periplasmic component / PSI-II / 11023l / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Hahella chejuensis (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Bagaria, A. / Kumaran, D. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | |||||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of ABC-type sugar transport system, periplasmic component from Hahella chejuensis 著者: Bagaria, A. / Kumaran, D. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ksm.cif.gz | 118.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ksm.ent.gz | 97.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ksm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ksm_validation.pdf.gz | 444.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ksm_full_validation.pdf.gz | 448.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3ksm_validation.xml.gz | 24.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ksm_validation.cif.gz | 36.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/3ksm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/3ksm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30113.457 Da / 分子数: 2 / 断片: ABC-type sugar transport / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hahella chejuensis (バクテリア) / 株: KCTC 2396 / 遺伝子: HCH_06819 / プラスミド: pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2S7D2 #2: 糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月22日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111)channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 40397 / Num. obs: 38369 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 16.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.96 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Mean I/σ(I) obs: 7.68 / Num. unique all: 3204 / % possible all: 90.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 2.737 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.248 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.902→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
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