PDB-4ily: Abundantly secreted chitosanase from Streptomyces sp. SirexAA-E

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ily

タイトル

Abundantly secreted chitosanase from Streptomyces sp. SirexAA-E

要素

Chitosanase

キーワード

HYDROLASE / Chitosanase / chitosan / biomass degradation

機能・相同性

機能・相同性情報

chitosanase / chitosanase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. SirexAA-E (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.835 Å

データ登録者

Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Bergeman, L.F. / Fox, B.G.

履歴

登録	2013年1月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ily.cif.gz	205.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ily.ent.gz	165.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ily.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/4ily ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/4ily	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ilt 4ilv 4im1 PDB 未公開エントリ 4im4
類似構造データ	1chk-2 1chk-1 2peh-d 4l7s-2 4ec4-3 6cad-1 5e4h-2 4kpt-1 4pqn-d 3mpo-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitosanase

B: Chitosanase

54.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Chitosanase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chitosanase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.067, 115.351, 57.339
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.080, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Chitosanase 分子量: 27158.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. SirexAA-E (バクテリア) 遺伝子: SACTE_5457 / プラスミド: PVP67K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G2NRC4, chitosanase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Protein Solution (20 mg/ml protein, 0.05 M NaCl, 0.010 M MOPS pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution. Cryoprotected with 15% ethylene glycol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月15日 / 詳細: mirrors and beryllium lenses

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.835→50 Å / Num. obs: 42074 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.106 / Χ²: 1.032 / Net I/σ(I): 9.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.835-1.87	2.6	0.449	1933	0.9	1	90.8
1.87-1.91	3	0.418	2019	0.929	1	97.4
1.91-1.94	3.2	0.365	2109	0.993	1	98.9
1.94-1.98	3.5	0.323	2110	0.973	1	99.8
1.98-2.03	3.7	0.304	2085	1.08	1	99.7
2.03-2.07	3.7	0.265	2122	1.161	1	99.9
2.07-2.12	3.8	0.226	2121	1.204	1	100
2.12-2.18	3.8	0.201	2129	1.192	1	100
2.18-2.25	3.8	0.18	2070	1.184	1	100
2.25-2.32	3.9	0.178	2152	1.214	1	100
2.32-2.4	4	0.166	2086	1.208	1	100
2.4-2.5	4	0.165	2144	1.25	1	100
2.5-2.61	4	0.162	2127	1.237	1	100
2.61-2.75	4.2	0.158	2095	1.158	1	100
2.75-2.92	4.2	0.137	2091	1.116	1	100
2.92-3.15	4.3	0.112	2134	1.046	1	100
3.15-3.46	4.3	0.093	2123	0.863	1	100
3.46-3.96	4.3	0.076	2136	0.8	1	100
3.96-4.99	4.3	0.058	2139	0.684	1	100
4.99-50	4.2	0.059	2149	0.496	1	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.5 Å	34.54 Å
Translation	6.5 Å	34.54 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.835→34.542 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1951	2006	4.99 %
R_work	0.1566	-	-
obs	0.1585	40204	94.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.53 Å² / B_iso mean: 20.5534 Å² / B_iso min: 5.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.835→34.542 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3732	0	0	518	4250

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3864
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.035	5257
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	539
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	726
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.738	1401

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.835-1.8804	0.3	121	0.2387	2217	2338	78
1.8804-1.9313	0.245	129	0.2046	2519	2648	88
1.9313-1.9881	0.2372	125	0.192	2643	2768	91
1.9881-2.0523	0.2361	139	0.1704	2681	2820	93
2.0523-2.1256	0.2182	145	0.1612	2689	2834	95
2.1256-2.2107	0.1992	151	0.1544	2724	2875	95
2.2107-2.3113	0.2267	141	0.1562	2803	2944	97
2.3113-2.4331	0.2329	147	0.1532	2787	2934	97
2.4331-2.5855	0.2166	155	0.1647	2795	2950	98
2.5855-2.7851	0.1988	151	0.1676	2831	2982	99
2.7851-3.0652	0.2275	150	0.1613	2846	2996	99
3.0652-3.5083	0.1672	155	0.1572	2862	3017	99
3.5083-4.4187	0.1419	145	0.1236	2905	3050	100
4.4187-34.5483	0.1716	152	0.1488	2896	3048	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2815	0.3685	-0.4604	3.6174	0.4869	0.3009	0.0612	-0.0523	-0.1488	0.1467	-0.0136	-0.3886	-0.0347	0.119	-0.0389	0.132	-0.0322	-0.0221	0.1418	-0.0343	0.1396	-14.8939	-21.6554	-2.7928
2	2.5753	-0.1672	1.0412	1.5684	0.4269	2.3347	-0.0333	0.0051	0.2928	-0.0823	-0.0081	-0.0041	-0.2122	-0.0885	0.031	0.1293	-0.0167	0.0052	0.0752	-0.0063	0.1035	-22.1966	-2.6687	0.8523
3	0.5942	0.117	0.0826	1.3229	0.2014	0.0377	0.2441	-0.2444	-0.0121	0.5165	-0.2278	0.0026	0.2171	-0.1338	-0.0042	0.2558	-0.0583	-0.018	0.1462	-0.0069	0.0899	-21.4786	-23.6282	5.4679
4	1.863	1.1736	-0.1673	0.8512	-0.6503	2.6687	0.0927	-0.1735	0.073	0.2806	-0.2386	0.3193	-0.0012	-0.2581	-0.3385	0.2144	-0.0771	0.1149	0.2734	-0.106	0.2155	-36.6449	-28.1603	2.7271
5	1.1292	0.3785	-0.5157	3.645	-1.5945	3.4158	0.1588	-0.272	-0.0589	0.4614	-0.2292	0.2899	0.2652	-0.3429	-0.2801	0.2378	-0.1051	0.0205	0.173	-0.027	0.1511	-32.6663	-36.4643	-0.3893
6	7.0476	2.1222	0.9169	4.2569	-0.4471	5.2248	-0.1436	0.5897	0.4402	-0.5259	-0.092	0.7757	-0.4964	-0.7909	-0.0413	0.1642	0.0356	-0.0531	0.229	0.0006	0.1567	-29.6045	-28.2433	-13.2885
7	3.0303	0.4943	-0.2731	2.6219	0.2063	0.6315	0.0859	0.178	-0.4189	-0.0178	0.0856	-0.5123	0.1269	0.1098	-0.0705	0.1463	0.017	-0.043	0.1047	-0.044	0.1819	-17.4704	-35.0293	-8.5098
8	0.1661	0.1704	-0.6001	0.5266	-0.9759	2.5365	-0.1064	-0.1185	-0.1266	0.3226	0.0052	-0.0666	-0.8428	-0.1756	-0.0215	0.2515	0.0211	-0.0286	0.289	0.0043	0.1735	-26.2991	11.3375	-0.6596
9	0.4823	0.1721	0.2867	1.6345	0.2367	0.72	0.0644	-0.0744	-0.0884	0.0676	0.0464	-0.0712	0.179	-0.035	-0.1084	0.1059	-0.0086	-0.0158	0.1046	0.0235	0.0914	-30.6034	-4.7354	-29.2348
10	1.4214	1.2128	0.7041	2.5193	-1.739	4.0373	0.1276	-0.0908	-0.3292	0.2245	0.0449	-0.4348	0.4419	0.1364	0.1326	0.2696	0.023	-0.1302	0.1249	0.0437	0.3183	-23.7049	-20.2519	-24.7134
11	2.9799	-0.1932	-0.5681	2.7887	0.6945	2.6658	-0.002	0.0558	-0.575	-0.0628	-0.0061	0.0335	0.5342	-0.1081	-0.0146	0.2281	0.0005	-0.0974	0.0996	0.0177	0.1744	-29.8935	-18.6998	-31.2729
12	0.6175	1.3434	-0.5396	5.7459	-1.8128	0.9514	0.1295	-0.1976	-0.0442	0.2587	-0.1598	-0.2335	0.0184	0.1402	0.029	0.0784	-0.0003	-0.0319	0.1179	0.002	0.0919	-24.0219	3.4918	-22.6762
13	1.0751	-0.015	-0.3172	1.1451	0.0747	1.2482	-0.0186	0.0559	-0.052	-0.0217	-0.0087	-0.207	-0.015	0.1932	0.0189	0.0487	-0.0181	-0.0113	0.1232	0.0049	0.0954	-21.1006	10.8279	-34.3187
14	1.5503	-0.2133	-0.3738	3.5762	1.2969	4.0911	-0.041	0.1421	0.1779	-0.0491	-0.0459	-0.1153	-0.268	0.2072	-0.0095	0.059	-0.0124	0.0048	0.1002	0.0373	0.1158	-21.593	19.4069	-36.555
15	2.2558	0.551	-0.0958	1.7326	-0.551	1.4999	-0.0186	0.032	0.0581	-0.077	-0.0554	0.1686	-0.0107	-0.1607	0.0177	0.0528	0.0128	0.0033	0.1045	-0.0024	0.0911	-36.3433	15.1675	-35.4233

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 54:89 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 90:159 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 160:202 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 203:221 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 222:249 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 250:261 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 262:289 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 41:59 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 60:120 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 121:136 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 137:159 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESID 160:188 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESID 189:221 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESID 222:249 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESID 250:289 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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