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万見
- PDB-3krv: The Structure Of Potential Metal-Dependent Hydrolase With Cyclase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3krv
タイトルThe Structure Of Potential Metal-Dependent Hydrolase With Cyclase Activity
要素Hydrolase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


arylformamidase activity / tryptophan catabolic process to kynurenine / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Putative cyclase / Kynurenine formamidase/cyclase-like / Kynurenine formamidase superfamily / Putative cyclase / Glucose Oxidase; domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Rakonjac, N. / Rezacova, P. / Borek, D. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Otwinowski, Z. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure Of Potential Metal-Dependent Hydrolase With Cyclase Activity
著者: Rezacova, P. / Rakonjac, N. / Maderova, J. / Borek, D. / Tomchick, D. / Joachimiak, A. / Collart, F. / Otwinowski, Z.
履歴
登録2009年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrolase
B: Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,53322
ポリマ－46,1692
非ポリマー1,36420
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7530 Å2
ΔGint-210 kcal/mol
Surface area16900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.096, 119.096, 124.413
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hydrolase / Predicted Metal-Dependent Hydrolase


分子量: 23084.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
プラスミド: Pmcsg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84132

-
非ポリマー , 6種, 144分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M LiSulfate, 0.1M TrisH8.5, 1.26M AmmSulfate freezing cond: 20% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月9日
放射モノクロメーター: double crystal Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 29938 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 39.3
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.688 / Mean I/σ(I) obs: 2.772 / Num. unique all: 2935 / Rsym value: 0.688 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.3.0037精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R61

1r61


解像度: 2.55→34.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 12.079 / SU ML: 0.138 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24435 961 3.2 %RANDOM
Rwork0.19273 ---
obs0.19434 28852 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.582 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→34.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3174 0 65 124 3363
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6671.9794504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2985404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.84523.831154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.10915560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5581522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21413
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.22235
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0960.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9171.52082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.51523282
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.50531373
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9384.51222
LS精密化 シェル解像度: 2.546→2.612 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.422 66 -
Rwork0.358 2083 -
obs--99.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.26820.2731-0.40232.875-0.39512.46380.0428-0.12570.01390.0485-0.0735-0.1026-0.04620.0110.03060.15620.037-0.02180.2344-0.010.1568-4.312650.2126-8.6524
20.4065-1.3227-1.34045.0474.76524.63890.16760.3397-0.0948-0.5997-0.0673-0.2945-0.16150.1202-0.10020.3455-0.0024-0.00280.35170.01120.350312.582844.5295-22.7925
30.7024-0.0846-0.52280.6748-0.14160.45210.0350.02460.0838-0.01250.0035-0.0865-0.21790.1589-0.03840.2078-0.0027-0.00360.2087-0.00140.21944.573350.5883-0.9495
40.9914-0.5915-0.09671.9814-0.16171.6405-0.037-0.17590.07870.07210.0596-0.0099-0.00260.0156-0.02260.2201-0.0264-0.00660.1776-0.01050.1689-9.472346.33799.432
50.49810.1967-0.15150.632-0.15260.7195-0.01730.0180.0577-0.01340.00490.0345-0.1214-0.0570.01250.18370.00790.00280.1877-0.00270.2036-12.865155.95914.2245
60.992-0.40230.63221.59-0.36252.07180.0054-0.067-0.0220.05840.01750.01280.0057-0.0122-0.02290.1709-0.00460.00920.2072-0.00660.2065-8.070952.38938.0577
71.18980.17440.56981.33330.62781.96-0.0172-0.00080.0632-0.0825-0.030.1863-0.0225-0.1090.04710.16140.01210.01920.18870.01180.1772-7.662947.90246.0739
83.2422-0.90260.40841.25310.43952.84370.1104-0.1634-0.12460.1484-0.1080.0250.1214-0.105-0.00240.19590.04030.00030.15380.00790.13410.317840.82180.1409
92.75090.27010.48184.03850.19782.34290.0733-0.08070.01180.055-0.07-0.0241-0.07430.0787-0.00340.18630.0468-0.03820.1916-0.030.157412.2135.21210.5954
103.6099-3.0308-1.55065.20261.74542.23580.0578-0.13050.2361-0.01820.041-0.0887-0.1938-0.0563-0.09880.3091-0.0271-0.01620.33610.02390.31518.60348.5784-8.3162
111.8924-0.17760.17511.7797-0.83790.3989-0.0080.2303-0.1401-0.26640.0435-0.01840.0280.0363-0.03540.2067-0.00180.00870.2260.01460.214910.415641.3868-13.5316
120.4521-0.44690.35491.8511-1.20961.2484-0.02550.23160.2151-0.1990.030.0141-0.121-0.0747-0.00460.2739-0.0103-0.00690.2763-0.01780.27511.584330.1854-13.8345
130.4992-0.6537-0.28620.98380.15570.79820.01470.2714-0.3157-0.17940.01320.13130.2202-0.1323-0.02790.2449-0.00250.00220.23630.00710.231113.718417.7512-11.0165
142.05850.2427-0.36441.9570.51411.8224-0.02620.3207-0.2799-0.16090.0954-0.06060.09310.0329-0.06920.27590.02320.0060.23070.03380.243514.518523.5435-15.3849
150.7936-0.3730.03670.65460.25620.57170.00730.1966-0.0544-0.2249-0.0088-0.10810.10550.05130.00140.2075-0.011-0.00360.2048-0.00090.21769.022729.9877-11.7321
166.61354.6944-2.70343.3322-1.91891.1050.031-0.755-1.01630.42780.11210.91250.7047-0.8199-0.14310.3160.0077-0.0010.3023-0.01510.2931-3.144524.59963.9083
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2A26 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3A39 - 55
4X-RAY DIFFRACTION4A56 - 106
5X-RAY DIFFRACTION5A107 - 132
6X-RAY DIFFRACTION6A133 - 149
7X-RAY DIFFRACTION7A150 - 182
8X-RAY DIFFRACTION8A183 - 203
9X-RAY DIFFRACTION9B0 - 16
10X-RAY DIFFRACTION10B17 - 37
11X-RAY DIFFRACTION11B38 - 56
12X-RAY DIFFRACTION12B57 - 79
13X-RAY DIFFRACTION13B80 - 111
14X-RAY DIFFRACTION14B112 - 140
15X-RAY DIFFRACTION15B141 - 200
16X-RAY DIFFRACTION16B201 - 205

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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