PDB-3krb: Structure of Aldose Reductase from Giardia Lamblia at 1.75A Resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3krb

タイトル

Structure of Aldose Reductase from Giardia Lamblia at 1.75A Resolution

要素

Aldose reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / SBRI / EMERALD BIOSTRUCTURES / UNIVERSITY OF WASHINGTON / NIH / NIAID / ALDOSE REDUCTASE / GIARDIA LAMBLIA / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

aldose reductase (NADPH) activity / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Giardia lamblia (ランブル鞭毛虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structure of aldose reductase from Giardia lamblia.
著者: Ferrell, M. / Abendroth, J. / Zhang, Y. / Sankaran, B. / Edwards, T.E. / Staker, B.L. / Van Voorhis, W.C. / Stewart, L.J. / Myler, P.J.

履歴

登録	2009年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2011年9月21日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3krb.cif.gz	152.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3krb.ent.gz	118.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3krb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/3krb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/3krb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zuaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6l96-d 4f9j-2 4flm-d 4f9d-1 4f9j-1 3q67-d 4hnc-d 4k6j-2 2aeq-d 4rwf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GilaA.01452.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Aldose reductase

B: Aldose reductase

ヘテロ分子

77.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Aldose reductase

ヘテロ分子

B: Aldose reductase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
77.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	196.770, 66.090, 56.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.26, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Aldose reductase 分子量: 37799.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Giardia lamblia (ランブル鞭毛虫) 株: ATCC 50803 / 遺伝子: GL50803_7260 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8BGX6, aldose reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 661 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MD PACT SCREEN H6: 20% PEG 3350, 200MM NA FORMATE, 100MM BISTRISPROPANE, GILAA.01452.A AT 25 MG/ML, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9744 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9744 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 72824 / Num. obs: 72824 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 22.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 16.97
反射シェル	解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 5374 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0104	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZUA

1zua

解像度: 1.75→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.813 / SU ML: 0.055 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.173	3672	5 %	RANDOM
R_work	0.144	-	-	-
all	0.145	72820	-	-
obs	0.145	72820	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	-0 Å²	-0.81 Å²
2-	-	0.04 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4852	0	106	661	5619

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	5157
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3413
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.559	1.969	7055
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.953	3	8346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.568	5	628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.125	24.41	229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.718	15	828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.111	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	777
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	5661
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.816	1.5	3101
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.245	1.5	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.417	2	5026
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.282	3	2056
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.629	4.5	2020
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228	272	-
R_work	0.2	5098	-
obs	-	-	99.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4292	-0.1495	0.1209	0.6401	0.0441	0.7415	-0.0031	0.0172	0.0128	0.0223	-0.0256	0.0017	-0.019	0.0065	0.0287	0.0109	-0.0019	0.0034	0.0371	-0.0023	0.0031	16.431	38.61	11.432
2	0.7151	0.1597	-0.0644	1.709	0.2068	0.4868	0.0077	0.0464	-0.1062	0.0613	0.0451	-0.2456	-0.0181	0.005	-0.0528	0.0103	0.0024	-0.0162	0.0149	-0.0135	0.0598	32.962	70.764	17.37

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 313
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	400 - 402
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	314 - 695
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 313
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	400 - 402
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	314 - 668

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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