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- PDB-3ko2: I-MsoI re-designed for altered DNA cleavage specificity (-7C) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ko2
タイトルI-MsoI re-designed for altered DNA cleavage specificity (-7C)
要素
  • 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*G)-3'
  • Site-specific DNA endonuclease I-MsoI
キーワードHYDROLASE/DNA / redesign / protein-DNA complex / Chloroplast / Endonuclease / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast / endonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Site-specific DNA endonuclease I-MsoI
類似検索 - 構成要素
生物種Monomastix sp. (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Taylor, G.K. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Computational reprogramming of homing endonuclease specificity at multiple adjacent base pairs.
著者: Ashworth, J. / Taylor, G.K. / Havranek, J.J. / Quadri, S.A. / Stoddard, B.L. / Baker, D.
履歴
登録2009年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Site-specific DNA endonuclease I-MsoI
B: Site-specific DNA endonuclease I-MsoI
C: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
F: Site-specific DNA endonuclease I-MsoI
G: Site-specific DNA endonuclease I-MsoI
H: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*G)-3'
I: 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,13214
ポリマ－107,8918
非ポリマー2406
水1086
1
A: Site-specific DNA endonuclease I-MsoI
B: Site-specific DNA endonuclease I-MsoI
C: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0667
ポリマ－53,9464
非ポリマー1203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9910 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area20250 Å2
手法PISA
2
F: Site-specific DNA endonuclease I-MsoI
G: Site-specific DNA endonuclease I-MsoI
H: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*G)-3'
I: 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0667
ポリマ－53,9464
非ポリマー1203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10210 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area19840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.031, 70.006, 72.258
Angle α, β, γ (deg.)81.660, 70.000, 89.480
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological unit is a protein-dimer bound to DNA. There are two copies of this complex in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
Site-specific DNA endonuclease I-MsoI


分子量: 19601.520 Da / 分子数: 4 / 変異: L28R, S43E, N70T, I85Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Monomastix sp. (植物) / 株: OKE-1 / 遺伝子: I-MsoI, orf170 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: C0JWR6
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*G)-3'


分子量: 7395.767 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3'


分子量: 7346.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 22% PEG 400, 100mM Tris-HCl, 5mM CaCl2, 5mM NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2Tris-HCl11
3CaCl211
4NaCl11
5PEG 40012
6Tris-HCl12
7CaCl212
8NaCl12

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月30日
放射モノクロメーター: Confocal Varimax Optics Systems / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→33.56 Å / Num. all: 19742 / Num. obs: 19127 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 10.6 / Scaling rejects: 535
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.9-33.580.3293.2661418331.1994
3-3.123.640.2623.8701119081.1296.2
3.12-3.273.660.1984.8703419091.0896.2
3.27-3.443.690.1336.6708719071.0196.4
3.44-3.653.690.1128.2699818780.9796.9
3.65-3.933.720.09510.2717619150.9497.1
3.93-4.333.740.06812.9733519490.8797.3
4.33-4.953.750.05217730619420.8498
4.95-6.243.770.06115.2737419480.8798.3
6.24-33.563.750.03722.6735419380.8898.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 40.46
最高解像度最低解像度
Rotation2.9 Å33.56 Å
Translation2.9 Å33.56 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.7 W8RSSIデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1M5X

1m5x


解像度: 2.9→33.56 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.744 / SU ML: 0.47 / σ(F): 0.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 1894 10 %selected by Phenix following molecular replacement
Rwork0.248 ---
obs0.252 18940 95.93 %-
all-19127 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 190.08 Å2 / Biso mean: 60.667 Å2 / Biso min: 10.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.499 Å2-6.929 Å22.054 Å2
2--9.278 Å2-5.147 Å2
3----21.442 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→33.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5264 1956 6 6 7232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067560
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93610624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041024
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.0172988
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-2.9730.3691250.3441128125390
2.973-3.0530.4111340.3371196133094
3.053-3.1430.3761320.3311193132594
3.143-3.2440.3181340.3021204133895
3.244-3.360.3041330.2711196132995
3.36-3.4940.2981380.2431231136996
3.494-3.6530.2821310.2511198132996
3.653-3.8460.311390.2411253139297
3.846-4.0860.2631380.2381240137897
4.086-4.4010.2491370.2141228136597
4.401-4.8430.2451390.1941250138998
4.843-5.5410.2551380.2261258139698
5.541-6.970.2931380.2351238137698
6.97-33.560.2361380.2181233137197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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