PDB-3ko0: Structure of the tfp-ca2+-bound activated form of the s100a4 Meta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ko0

タイトル

Structure of the tfp-ca2+-bound activated form of the s100a4 Metastasis factor

要素

Protein S100-A4

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / mts1 / s100a4 / tfp / ca2+ / oligomerization / Acetylation / Calcium

機能・相同性

機能・相同性情報

RAGE receptor binding / chemoattractant activity / transition metal ion binding / epithelial to mesenchymal transition / calcium-dependent protein binding / actin binding / : / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Dulyaninova, N.G. / Knight, D. / Almo, S.C. / Bresnick, A.R.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Phenothiazines inhibit S100A4 function by inducing protein oligomerization.
著者: Malashkevich, V.N. / Dulyaninova, N.G. / Ramagopal, U.A. / Liriano, M.A. / Varney, K.M. / Knight, D. / Brenowitz, M. / Weber, D.J. / Almo, S.C. / Bresnick, A.R.

履歴

登録	2009年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3ko0.ent.gz	358.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3ko0_full_validation.pdf.gz	10.8 MB	表示
XML形式データ	3ko0_validation.xml.gz	95.2 KB	表示
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関連構造データ

類似構造データ	3bxs-d 4k8n-6 4fch-1 6pjb-d 1swx-d 4pe4-d 5qo1-2 5dkq-1 6pu8-d 2j4x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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登録構造単位

A: Protein S100-A4

B: Protein S100-A4

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G: Protein S100-A4

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S: Protein S100-A4

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単位格子

Length a, b, c (Å)	108.794, 102.492, 116.629
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.590, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein S100-A4 / S100 calcium-binding protein A4 / Metastasin / Protein Mts1 / Placental calcium-binding protein / Calvasculin 分子量: 11745.538 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAPL, MTS1, S100A4 / プラスミド: PET23A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: P26447
#2: 化合物	... ChemComp-TFP / 10-[3-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYL]-2-TRIFLUOROMETHYL-10H-PHENOTHIAZINE / トリフルオペラジン分子量: 407.496 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄F₃N₃S / コメント: 抗精神病薬*YM
#3: 化合物	... ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 910 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES, 30% v/v Jeffamine ED-2001, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 110852 / % possible obs: 96.8 % / R_merge(I) obs: 0.077 / R_sym value: 0.077
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / R_merge(I) obs: 0.315 / Num. unique all: 5083 / % possible all: 89.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	48.01 Å
Translation	2.5 Å	48.01 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	1.3.1	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→19.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / WR_factor R_free: 0.271 / WR_factor R_work: 0.198 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.736 / SU B: 14.886 / SU ML: 0.162 / SU R Cruickshank DPI: 0.322 / SU R_free: 0.272 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.336 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	5579	5 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
obs	0.208	110852	97.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.19 Å² / B_iso mean: 28.439 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	0 Å²	0.06 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14735	0	1160	910	16805

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	16299
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.745	2.06	21977
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.862	5	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.678	25.393	751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.737	15	2821
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.377	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.168	0.2	2313
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	12033
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.217	3.5	9212
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.134	50	14723
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	11.121	50	7087
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.246	4.5	7243

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.378	381	-
R_work	0.333	7168	-
all	-	7549	-
obs	-	-	91.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0709	0.2965	-0.9179	0.9463	-0.2967	2.231	-0.0222	0.1197	-0.1064	-0.0307	0.0459	0.1644	0.1221	-0.2143	-0.0238	0.043	0.0135	-0.0075	0.0474	0.0151	0.0617	33.4025	1.0685	45.2393
2	1.694	-0.8733	-0.4307	2.3168	0.5716	1.2461	0.0161	-0.0455	0.0864	0.0568	-0.0391	-0.238	0.0256	0.1588	0.023	0.0263	0.0047	0.0008	0.0362	0.0296	0.0502	53.6791	3.143	44.9892
3	2.1324	0.9696	-0.7574	2.0193	-0.4564	1.6016	0.02	0.0579	0.1254	-0.0023	0.0158	0.2349	0.0252	-0.1483	-0.0358	0.001	-0.0029	0.0008	0.0384	-0.0235	0.0507	1.011	-48.0659	-44.9675
4	1.7963	-0.3032	-0.7583	0.9389	-0.0034	2.2022	-0.0021	-0.0725	-0.0093	-0.0427	0.0542	-0.1242	0.0966	0.242	-0.0521	0.0242	-0.0163	0.01	0.0753	-0.0421	0.0528	21.253	-50.6935	-45.3869
5	1.6445	0.0367	-1.3459	1.3288	0.4445	2.9903	-0.0053	0.0271	-0.1258	-0.0419	0.0438	-0.1287	0.1013	0.1915	-0.0384	0.0407	-0.0202	-0.0246	0.1127	-0.0316	0.0669	44.5672	0.2347	14.0693
6	2.4207	0.8548	-1.029	2.1729	-0.6209	1.7605	0.0072	0.2878	0.1316	-0.0946	0.0058	0.3293	0.0895	-0.4172	-0.013	0.0322	-0.0272	-0.0259	0.1311	-0.0097	0.0677	24.1396	4.6599	14.3049
7	1.8613	-0.591	-0.6168	1.5781	0.3915	1.0884	0.0609	-0.0655	-0.0966	0.053	-0.1048	0.1123	0.0245	-0.0527	0.0439	0.0597	-0.0381	0.0094	0.0393	-0.0277	0.0589	37.7823	30.0687	57.6003
8	2.3311	-0.1004	0.0357	2.6899	-0.1967	1.885	0.096	0.0258	-0.0212	0.0305	-0.0789	-0.3451	-0.118	0.2124	-0.0171	0.0493	-0.035	0.006	0.0385	-0.001	0.0555	56.6985	35.459	50.2825
9	1.1659	0.7417	-0.4335	2.3897	-0.2521	1.5435	-0.0233	0.0486	-0.1467	-0.1597	-0.0675	-0.1785	0.0631	0.0277	0.0909	0.0336	0.0281	-0.0028	0.0614	0.039	0.1176	16.8369	-21.2385	-57.1038
10	3.0634	1.075	0.3227	3.0298	0.0123	2.3097	0.1764	-0.0024	0.2268	0.0167	-0.1157	0.5075	-0.1707	-0.4349	-0.0607	0.0345	0.0472	0.0082	0.1338	0.0305	0.1352	-1.6619	-15.7435	-49.874
11	2.1354	0.9594	-0.5327	2.0456	-1.0068	2.1734	0.0366	0.1935	-0.2186	-0.296	0.0087	-0.2123	0.0012	0.0408	-0.0453	0.1029	0.0461	0.0165	0.1302	0.0313	0.1097	42.3243	29.4627	0.629
12	2.7331	1.0184	1.0071	2.3574	1.0224	1.2736	-0.0084	-0.1617	0.1521	-0.3432	-0.1726	0.3728	-0.1824	-0.2213	0.181	0.12	0.0738	-0.053	0.1645	0.0456	0.1172	24.5822	36.2397	6.7985
13	3.3593	-0.6349	-0.2176	1.2402	0.6038	2.2468	0.0958	-0.0789	-0.0049	0.0194	0.0438	-0.3071	-0.0092	0.3628	-0.1396	0.0386	0.0317	-0.0376	0.1298	-0.0356	0.1061	29.5633	-48.8348	-14.4577
14	1.8436	-0.1407	-1.3665	1.7645	-0.347	3.6012	0.005	-0.0066	-0.2118	0.0507	-0.0079	0.1452	0.0733	-0.1459	0.0029	0.0487	0.0377	-0.0322	0.1074	0.0162	0.0899	9.1706	-52.2609	-14.3065
15	2.3885	-0.5892	0.6439	1.7349	-0.247	1.6085	0.1213	0.2346	-0.0011	0.1888	-0.2071	-0.2338	-0.1601	0.2819	0.0858	0.1078	-0.0932	-0.0261	0.1536	-0.0081	0.0731	31.1906	-17.2247	-7.2275
16	2.9119	-1.4438	-0.907	2.6491	1.0885	1.4807	-0.0223	-0.1047	-0.2467	0.2654	-0.0439	0.1877	-0.0296	-0.0175	0.0662	0.1204	-0.0648	-0.004	0.1177	-0.0519	0.1074	12.6696	-23.516	-0.0041
17	3.0749	-0.6175	1.0838	1.5908	-0.3886	2.6053	0.1252	-0.3835	0.2253	0.273	-0.0358	0.3445	-0.3483	-0.3573	-0.0894	0.1273	-0.0004	0.1056	0.0974	-0.0438	0.1292	6.9567	-0.8795	-22.6037
18	3.6368	0.4411	1.8709	1.7483	-0.0712	1.8478	0.0998	0.1952	0.3671	-0.0266	-0.1477	-0.0755	-0.2073	0.1912	0.0479	0.1051	-0.0064	0.0426	0.033	0.0152	0.1056	23.2348	-0.4198	-33.5877
19	3.4478	0.8965	1.466	1.634	0.3331	2.69	0.1033	0.3494	0.0412	-0.0026	0.0382	-0.0881	-0.3505	0.1477	-0.1415	0.1267	0.0484	0.0372	0.0667	0.0181	0.0673	49.4339	51.3887	23.7466
20	3.5144	-0.1637	2.0526	2.0761	-0.1567	3.2234	0.0427	-0.3382	0.3081	0.2424	-0.0213	0.3375	-0.4898	-0.6724	-0.0214	0.1806	0.1391	0.1044	0.1787	0.0227	0.1115	32.5563	51.9995	34.7477

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-10 - 9999
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-10 - 9999
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	-10 - 9999
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	-10 - 9999
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	-10 - 9999
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	-10 - 9999
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	-10 - 9999
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	-10 - 9999
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	-10 - 9999
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	-10 - 9999
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	-10 - 9999
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	-10 - 9999
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	-10 - 9999
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	-10 - 9999
17	X-RAY DIFFRACTION	17	Q	-10 - 9999
18	X-RAY DIFFRACTION	18	R	-10 - 9999
19	X-RAY DIFFRACTION	19	S	-10 - 9999
20	X-RAY DIFFRACTION	20	T	-10 - 9999

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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