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- PDB-3kns: Bacillus cereus metallo-beta-lactamase Cys221Asp mutant, 20 mM Zn(II) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kns
タイトルBacillus cereus metallo-beta-lactamase Cys221Asp mutant, 20 mM Zn(II)
要素Beta-lactamase 2
キーワードHYDROLASE / Metallo-beta-lactamase / Zn-dependent hydrolase / Antibiotic resistance / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase ...: / Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Medrano Martin, F.J. / Gonzalez, J.M. / Vila, A.J.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Metallo-beta-lactamases withstand low Zn(II) conditions by tuning metal-ligand interactions.
著者: Gonzalez, J.M. / Meini, M.R. / Tomatis, P.E. / Medrano Martin, F.J. / Cricco, J.A. / Vila, A.J.
履歴
登録2009年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年6月20日Group: Database references
改定 1.32012年9月5日Group: Database references
改定 1.42013年6月19日Group: Database references
改定 1.52017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.62021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase 2
B: Beta-lactamase 2
C: Beta-lactamase 2
D: Beta-lactamase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,76227
ポリマ－100,0304
非ポリマー1,73223
水23,7441318
1
A: Beta-lactamase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,85511
ポリマ－25,0071
非ポリマー84710
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3546
ポリマ－25,0071
非ポリマー3475
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-lactamase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1984
ポリマ－25,0071
非ポリマー1913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-lactamase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3546
ポリマ－25,0071
非ポリマー3475
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.784, 94.341, 79.776
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Beta-lactamase 2 / Beta-lactamase II / Penicillinase / Cephalosporinase


分子量: 25007.479 Da / 分子数: 4 / 変異: C168D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: 569/H/9 / 遺伝子: blm / プラスミド: pLys S' pET-term / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04190, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 1341分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細RESIDUE ASP168 IN THIS ENTRY IS NAMED ASP221 ACCORDING TO THE STANDARD NUMBERING SCHEME. SEE: ...RESIDUE ASP168 IN THIS ENTRY IS NAMED ASP221 ACCORDING TO THE STANDARD NUMBERING SCHEME. SEE: GALLENI ET AL., (2001) "STANDARD NUMBERING SCHEME FOR CLASS B BETA-LACTAMASES", ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY, VOL. 45, 660-663.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: 0.1 M Sodium Acetate, 2.8 M Ammonium Sulfate, 20 mM Zinc Sulfate, pH 4.9, Vapor diffusion, hanging drop., temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.421 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.421 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→69.34 Å / Num. obs: 132288 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.58-1.643.60.299188.9
1.64-1.73.90.207191.7
1.7-1.783.90.139192.4
1.78-1.873.90.099193.3
1.87-1.993.90.074194.2
1.99-2.143.90.059194.8
2.14-2.363.90.049195.8
2.36-2.73.90.043196.8
2.7-3.43.90.033197.9
3.4-503.80.024198.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→23.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.15 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19364 6660 5 %RANDOM
Rwork0.16144 ---
obs0.16305 125621 94.47 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 13.475 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å2-0.43 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→23.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6457 0 80 1318 7855
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0226712
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6641.9689098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.006310824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5495847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.06425.884277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.263151214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5681518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21067
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021183
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0821.54183
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3061.51735
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.87826756
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.83232529
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5544.52338
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.581→1.622 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 437 -
Rwork0.281 8569 -
obs--87.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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