+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kns | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Bacillus cereus metallo-beta-lactamase Cys221Asp mutant, 20 mM Zn(II) | ||||||
要素 | Beta-lactamase 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Metallo-beta-lactamase / Zn-dependent hydrolase / Antibiotic resistance / Metal-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus cereus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å | ||||||
データ登録者 | Medrano Martin, F.J. / Gonzalez, J.M. / Vila, A.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2012 タイトル: Metallo-beta-lactamases withstand low Zn(II) conditions by tuning metal-ligand interactions. 著者: Gonzalez, J.M. / Meini, M.R. / Tomatis, P.E. / Medrano Martin, F.J. / Cricco, J.A. / Vila, A.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3kns.cif.gz | 209.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3kns.ent.gz | 163.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3kns.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/3kns ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/3kns | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 25007.479 Da / 分子数: 4 / 変異: C168D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: 569/H/9 / 遺伝子: blm / プラスミド: pLys S' pET-term / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04190, beta-lactamase |
---|
-非ポリマー , 5種, 1341分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-ACY / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
配列の詳細 | RESIDUE ASP168 IN THIS ENTRY IS NAMED ASP221 ACCORDING TO THE STANDARD NUMBERING SCHEME. SEE: ...RESIDUE ASP168 IN THIS ENTRY IS NAMED ASP221 ACCORDING TO THE STANDARD NUMBERING SCHEME. SEE: GALLENI ET AL., (2001) "STANDARD NUMBERING SCHEME FOR CLASS B BETA-LACTAMASES |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.67 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9 詳細: 0.1 M Sodium Acetate, 2.8 M Ammonium Sulfate, 20 mM Zinc Sulfate, pH 4.9, Vapor diffusion, hanging drop., temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.421 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月14日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.421 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.58→69.34 Å / Num. obs: 132288 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→23.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.15 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.475 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→23.3 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.581→1.622 Å / Total num. of bins used: 20
|