PDB-3kng: Crystal structure of SnoaB, a cofactor-independent oxygenase from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kng

タイトル

Crystal structure of SnoaB, a cofactor-independent oxygenase from Streptomyces nogalater, determined to 1.9 resolution

要素

SnoaB

キーワード

OXIDOREDUCTASE / polyketide / anthracycline / oxygenase / cofactor-independent

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxynogalonate monooxygenase / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of one atom of oxygen (internal monooxygenases or internal mixed function oxidases) / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces nogalater (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Koskiniemi, H. / Grocholski, T. / Lindqvist, Y. / Mantsala, P. / Niemi, J. / Schneider, G.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the cofactor-independent monooxygenase SnoaB from Streptomyces nogalater: implications for the reaction mechanism
著者: Grocholski, T. / Koskiniemi, H. / Lindqvist, Y. / Mantsala, P. / Niemi, J. / Schneider, G.

履歴

登録	2009年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kng.cif.gz	104.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kng.ent.gz	81 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kng.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kng_validation.pdf.gz	457.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kng_full_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示
XML形式データ	3kng_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	3kng_validation.cif.gz	16.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/3kng ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/3kng	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kg0C 3kg1C 1lq9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3kg1-2 3q7s-d 3kg0-2 6mlg-d 2qgg-d 6mla-d 5qkw-1 3kg1-3 3kg1-1 3s0p-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SnoaB

B: SnoaB

ヘテロ分子

28.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.681, 82.681, 83.417
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-125- SO4
2	1	B-125- SO4
3	1	A-207- HOH
4	1	B-142- HOH
5	1	B-187- HOH
6	1	B-205- HOH

#1: タンパク質	SnoaB 分子量: 13972.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces nogalater (バクテリア) 遺伝子: SnoaB / プラスミド: modified from pBAD HisB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: O54259
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT G25A IS IN FACT THE NATIVE SEQUENCE. THEY CONFIRMED THEIR NATIVE SEQUENCE BY DNA- ...AUTHORS STATE THAT G25A IS IN FACT THE NATIVE SEQUENCE. THEY CONFIRMED THEIR NATIVE SEQUENCE BY DNA-SEQUENCING THREE TIMES. THIS HAS BEEN NOTED IN THE SECONDARY REFERENCE, KOSKINIEMI ET AL. 2009

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: (NH4)2SO4, NaCl, Na-cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→58.7 Å / Num. all: 23455 / Num. obs: 23455 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.8 % / B_iso Wilson estimate: 22.1 Å² / R_sym value: 0.095 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 15.2 % / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 3344 / R_sym value: 0.441 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
MxCuBE		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1lq9

1lq9

解像度: 1.9→19.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY. RESIDUAL DENSITY FOR A LIGAND IN THE ACTIVE SITE WAS NOT MODELLED, BECAUSE THE CHEMICAL NATURE OF THIS COMPOUND IS UNKNOWN.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.227	1168	5 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
all	0.188	23371	-	-
obs	0.188	23371	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.56 Å² / B_iso mean: 27.608 Å² / B_iso min: 13.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1643	0	34	163	1840

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.021	1716
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.003	1.922	2354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.745	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.145	21.63	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.607	15	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.176	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1363
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.393	1.5	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.321	2	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.553	3	694
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.259	4.5	678

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.223	79	-
R_work	0.2	1612	-
all	-	1691	-
obs	-	3344	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8116	-4.3506	-2.7451	11.2475	3.3145	1.7082	0.0194	0.0802	-0.2679	0.0474	-0.0988	-0.1644	-0.0381	-0.1068	0.0794	0.0763	-0.0014	0.0207	0.1178	-0.0067	0.1223	26.4	12.569	-11.816
2	1.1813	-0.3792	0.2846	1.6462	0.4929	0.4319	-0.1562	0.0739	-0.0088	-0.0788	0.113	-0.0672	-0.0818	0.0401	0.0431	0.0939	-0.0345	0.0233	0.1148	-0.0215	0.0878	29.829	25.798	-14.115
3	4.889	-0.291	2.2149	3.8602	2.2514	2.5631	-0.4667	0.0007	0.4478	-0.1825	0.1168	0.2559	-0.2572	-0.0121	0.3499	0.1685	-0.0644	-0.0623	0.1305	0.0482	0.1261	15.288	27.214	-16.516
4	1.3405	0.2343	0.4869	1.3068	0.6639	0.4485	-0.0907	0.0334	-0.1385	0.0109	0.1386	-0.0761	-0.0315	0.0579	-0.0479	0.0779	0.0024	0.0197	0.1151	-0.0069	0.1093	31.261	20.57	-9.104
5	1.2135	-0.0251	-0.4847	2.5966	-0.2324	1.3997	0.035	0.0926	-0.3564	-0.1644	0.0006	-0.4643	0.0416	0.0404	-0.0355	0.0703	0.028	0.0289	0.1154	-0.0242	0.2381	21.08	6.304	-15.185
6	0.1807	0.4328	0.8527	4.2681	-2.7531	11.614	-0.1115	0.01	0.0149	-0.1114	-0.1205	-0.1244	-0.207	0.2084	0.2319	0.1647	-0.0184	-0.0252	0.125	0.0335	0.083	12.816	18.009	-18.292
7	0.8938	0.21	0.1023	0.4454	-0.5405	2.0795	-0.0397	0.0905	-0.1186	-0.0886	0.035	-0.0057	0.0792	0.0662	0.0047	0.1118	-0.0132	0.0015	0.0884	-0.0142	0.0875	9.469	4.684	-16.534
8	6.0764	-0.0658	-0.1669	1.4935	-0.8166	6.0097	-0.0662	-0.3765	-0.4641	-0.057	-0.0211	-0.3453	-0.0116	0.2986	0.0872	0.0545	0.0147	-0.0056	0.1065	0.0495	0.1499	21.092	5.514	-7.37
9	0.7602	0.3675	0.2299	0.4715	-0.2016	0.5329	-0.0688	0.0789	-0.0022	-0.0718	0.0142	0.0359	-0.0025	0.0277	0.0546	0.1067	-0.0091	-0.016	0.1035	-0.0026	0.0768	5.854	11.009	-16.68
10	2.5401	1.6242	-0.1253	1.4299	-0.3274	1.1991	-0.1994	0.1915	0.0998	-0.2127	0.2399	0.0848	0.0867	0.0458	-0.0404	0.1481	-0.019	-0.0042	0.1192	0.0083	0.0536	19.202	22.161	-19.049

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	20 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	50 - 58
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	59 - 96
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	97 - 108
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 19
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	20 - 49
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	50 - 58
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	59 - 95
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	96 - 108

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関連情報:EMDBヘッダ

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