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- PDB-3klz: Pentameric formate channel with formate bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3klz
タイトルPentameric formate channel with formate bound
要素Putative formate transporter 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / channel / formate / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS
機能・相同性
機能・相同性情報


formate transport / formate transmembrane transporter activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Formate transporter FocA, putative / Formate and nitrite transporters signature 1. / Formate and nitrite transporters signature 2. / Formate/nitrite transporter / Formate/nitrite transporter, conserved site / Formate/nitrite transporter / Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Formate transporter 1, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Waight, A.B. / Wang, D.N. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / : 2010
タイトル: Structure and mechanism of a pentameric formate channel
著者: Waight, A.B. / Love, J. / Wang, D.N.
履歴
登録2009年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative formate transporter 1
B: Putative formate transporter 1
C: Putative formate transporter 1
D: Putative formate transporter 1
E: Putative formate transporter 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,77458
ポリマ-152,8865
非ポリマー5,88853
4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30840 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area44750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.779, 100.456, 192.955
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Putative formate transporter 1


分子量: 30577.186 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: VC_1695 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9KRE7
#2: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / : C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物...
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / : CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02M MOPS, PH 6.8, 29% (W/V) PEG 550MME, 120MM SODIUM FORMATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 62189 / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 14.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→48.24 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 19.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 1921 3 %
Rwork0.173 --
obs0.175 62180 94.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.19 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3689 Å20 Å2-0 Å2
2--4.1167 Å2-0 Å2
3----2.7478 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9822 0 397 227 10446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810416
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02614043
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5933715
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731683
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041643
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.56250.22621310.17274140X-RAY DIFFRACTION89
2.5625-2.63180.22311260.15524186X-RAY DIFFRACTION90
2.6318-2.70920.22481350.1464285X-RAY DIFFRACTION93
2.7092-2.79670.22131340.14414302X-RAY DIFFRACTION93
2.7967-2.89660.19521410.14564416X-RAY DIFFRACTION95
2.8966-3.01260.21531360.14014460X-RAY DIFFRACTION96
3.0126-3.14970.21461380.1514517X-RAY DIFFRACTION97
3.1497-3.31570.22461440.14784535X-RAY DIFFRACTION98
3.3157-3.52340.18531430.15994588X-RAY DIFFRACTION98
3.5234-3.79530.23541110.16953676X-RAY DIFFRACTION78
3.7953-4.1770.21191410.16194682X-RAY DIFFRACTION99
4.177-4.7810.18881450.15484708X-RAY DIFFRACTION99
4.781-6.02170.21861440.18264744X-RAY DIFFRACTION99
6.0217-48.24770.26951520.22724942X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.08640.0316-0.11890.1852-0.04730.17210.3140.09870.0037-0.46370.978-0.2384-0.1989-0.1107-0.00090.8166-0.01340.23321.00340.22530.416974.327493.310285.1424
20.0324-0.0680.12830.1233-0.24650.44890.03620.0337-0.03950.097-0.07910.1831-0.1478-0.1446-00.252-0.01470.00890.26330.04750.228656.776977.180498.3519
30.8699-0.24120.71470.67040.52791.44150.150.45870.2070.20060.01420.13610.0154-0.3567-0.00010.16750.0199-0.00090.2344-0.02830.246656.802574.8467107.1288
40.0277-0.0396-0.00080.11320.09520.16261.0033-0.41870.1954-0.97581.1684-1.115-0.43521.36330.01020.7099-0.4635-0.03950.8643-0.27191.109771.031793.5744105.3286
50.0237-0.04930.01890.1228-0.05830.03430.13810.13970.7862-0.67450.95860.44530.0160.51730.00811.4825-0.71220.59871.208-0.41761.792875.552100.7641102.5024
60.0450.0121-0.10190.1457-0.08480.456-0.0209-0.0688-0.0024-1.0108-0.26690.0621-1.32152.53260.01150.7237-0.41370.17551.00010.03850.880168.791797.949996.8131
71.3249-0.74910.25930.5298-0.17181.80880.01090.17120.0568-0.0472-0.11410.0751-0.1591-0.0687-00.1684-0.0117-0.02420.24920.07340.193650.535282.5766101.4371
83.9625-5.2478-3.29718.54744.72753.6711-0.1319-1.05351.1984-0.46961.188-1.7002-0.58341.37740.22340.2727-0.07620.0830.44130.02820.429975.527178.5129110.3209
91.7451-0.86510.0061.1145-0.41331.61530.09380.30660.1422-0.0047-0.01260.0583-0.161-0.1997-00.1699-0.01220.00080.2170.07070.187148.770982.3435102.2403
102.46180.14692.00290.8441-0.52753.13251.45271.0992-0.60710.3765-1.426-1.31360.07422.17570.0050.6367-0.2942-0.14710.71060.15480.646573.957794.1324115.7877
112.19090.47010.3693.7932-5.20037.6146-0.1659-0.4990.25880.37120.70150.0596-1.23090.21150.19080.4961-0.4421-0.34651.0028-0.02251.092281.638597.417128.5593
120.8167-0.991-0.01441.23510.23821.01290.0564-0.39270.1122-0.0593-0.2459-0.1632-0.0771-0.011900.183-0.0241-0.02460.13280.01320.189361.127382.1531124.3157
131.1758-1.1765-0.61263.2651-0.41732.41430.0877-0.06940.42270.1476-0.0070.4789-0.04740.01070.00410.13740.002-0.00640.10930.00840.085759.749672.4266124.3377
140.0881-0.15480.00930.3204-0.20580.73880.4678-1.3184-0.44691.0391-0.15720.27271.32990.7133-0.03230.68420.1951-0.17290.75930.1991.036874.271280.5489134.2738
150.4190.08210.03430.17250.08370.03940.65750.1507-0.6239-1.76750.5787-1.4655-0.5942-0.6801-0.02051.2594-0.1498-0.41431.5007-0.4911.510985.567386.6378139.8587
160.30840.22290.06910.21990.11270.0837-1.0951-0.4290.37250.5476-0.9424-0.3931-0.52910.46830.01410.9901-0.0905-0.19941.26-0.06460.45676.680288.7368138.5214
171.2006-0.7144-0.72030.6419-0.10511.5441-0.0892-0.11490.12930.19240.1030.0557-0.2919-0.04820.00040.21250.0011-0.04690.0788-0.05430.201956.602581.4912131.8091
180.2937-0.1929-0.4560.9807-0.05841.2963-0.115-0.253-0.7817-0.0083-0.2784-1.4838-0.10961.5911-0.09010.1937-0.0581-0.05220.48510.04960.50579.79569.0824124.8353
190.7847-0.2527-0.46780.40220.36581.4065-0.0428-0.08370.11170.1433-0.06190.1445-0.137-0.1087-0.02050.1679-0.0302-0.01560.0919-0.0540.173455.090480.5827132.4257
200.9117-0.5591-0.27920.50.470.66970.5125-0.12481.5715-0.3265-0.5294-1.2653-1.69380.37340.03460.46010.0069-0.09590.85880.18860.569383.667969.3706141.14
211.27510.123-0.25440.0785-0.09230.11950.3546-0.4425-0.2569-0.1350.82210.23820.11760.58750.00341.02110.09550.21361.4289-0.26371.900494.508258.4225147.4215
220.692-0.2759-0.79180.62060.66282.3973-0.0003-0.3709-0.27940.1920.02710.04870.10650.08690.0210.10910.0350.01250.04670.08920.101366.524457.5133132.7958
235.4429-4.0636-0.37353.05720.49292.03320.33140.1339-1.3304-1.8856-0.31450.16361.03870.22770.07141.13420.20740.40121.4307-0.11860.406678.886148.0648134.3767
240.13580.18870.03250.5221-0.10360.1056-0.78680.1068-0.59090.023-0.55690.00990.70730.03170.01060.71320.176-0.38312.07470.3011.472490.043542.6067134.6276
250.06890.0219-0.0270.008-0.00860.00940.11810.3360.04760.5197-0.3720.5345-0.7518-0.77090.00821.03760.0445-1.03991.65060.44612.640291.304342.7859142.7624
260.2761-0.06940.06570.0185-0.0180.02060.0623-0.9173-0.8851-1.05660.2955-0.09130.39470.73840.00130.710.005-0.12250.75540.38220.980383.917746.0362143.1434
271.53891.1673-0.58010.8545-0.43352.038-0.0443-0.1545-0.1960.2341-0.0668-0.02990.16550.0896-0.00030.2670.0451-0.00310.17710.04820.17162.556352.092139.4345
280.0669-0.010.1210.34630.00080.2568-0.22160.2015-0.3516-0.3284-0.1074-1.03230.41890.6851-0.0030.23820.06420.02230.36120.02330.37977.851655.8934119.4446
291.9498-0.3914-0.36081.6188-1.31391.38050.1151-0.23140.00070.1108-0.0120.1173-0.0748-0.1130.00130.16350.00270.00290.11940.05950.160260.148349.8345141.1325
300.2371-0.068-0.01860.02230.01320.0594-0.0342-0.6752-0.9340.07770.7321-1.12940.13761.7608-0.00360.67330.119-0.08421.17570.05930.995387.234736.0638122.5936
310.3652-0.37070.03271.029-0.41011.2962-0.08250.2672-1.0755-0.3451-0.16370.32150.62940.1128-0.00080.36490.12640.15370.15240.01160.387669.659637.6604117.3813
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500.0732-0.0299-0.07960.08990.08150.2247-0.14850.8439-0.8122-1.47860.3297-0.3539-0.3372-0.0764-0.00290.86950.09020.05490.82640.25120.781172.993980.30183.818
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 22:31)A22 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 32:58)A32 - 58
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 59:90)A59 - 90
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 91:99)A91 - 99
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 100:106)A100 - 106
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 107:113)A107 - 113
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 114:178)A114 - 178
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 179:185)A179 - 185
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 186:263)A186 - 263
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 264:278)A264 - 278
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 24:31)B24 - 31
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 32:58)B32 - 58
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 59:88)B59 - 88
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 89:94)B89 - 94
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16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 109:113)B109 - 113
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 114:178)B114 - 178
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 179:185)B179 - 185
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 186:266)B186 - 266
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21X-RAY DIFFRACTION21(chain C and resid 20:27)C20 - 27
22X-RAY DIFFRACTION22(chain C and resid 28:88)C28 - 88
23X-RAY DIFFRACTION23(chain C and resid 89:94)C89 - 94
24X-RAY DIFFRACTION24(chain C and resid 95:100)C95 - 100
25X-RAY DIFFRACTION25(chain C and resid 101:108)C101 - 108
26X-RAY DIFFRACTION26(chain C and resid 109:113)C109 - 113
27X-RAY DIFFRACTION27(chain C and resid 114:178)C114 - 178
28X-RAY DIFFRACTION28(chain C and resid 179:194)C179 - 194
29X-RAY DIFFRACTION29(chain C and resid 195:270)C195 - 270
30X-RAY DIFFRACTION30(chain C and resid 271:279)C271 - 279
31X-RAY DIFFRACTION31(chain D and resid 27:58)D27 - 58
32X-RAY DIFFRACTION32(chain D and resid 59:72)D59 - 72
33X-RAY DIFFRACTION33(chain D and resid 73:90)D73 - 90
34X-RAY DIFFRACTION34(chain D and resid 91:96)D91 - 96
35X-RAY DIFFRACTION35(chain D and resid 97:106)D97 - 106
36X-RAY DIFFRACTION36(chain D and resid 107:113)D107 - 113
37X-RAY DIFFRACTION37(chain D and resid 114:178)D114 - 178
38X-RAY DIFFRACTION38(chain D and resid 179:185)D179 - 185
39X-RAY DIFFRACTION39(chain D and resid 186:271)D186 - 271
40X-RAY DIFFRACTION40(chain D and resid 272:278)D272 - 278
41X-RAY DIFFRACTION41(chain E and resid 23:28)E23 - 28
42X-RAY DIFFRACTION42(chain E and resid 29:34)E29 - 34
43X-RAY DIFFRACTION43(chain E and resid 35:58)E35 - 58
44X-RAY DIFFRACTION44(chain E and resid 59:88)E59 - 88
45X-RAY DIFFRACTION45(chain E and resid 89:105)E89 - 105
46X-RAY DIFFRACTION46(chain E and resid 106:113)E106 - 113
47X-RAY DIFFRACTION47(chain E and resid 114:222)E114 - 222
48X-RAY DIFFRACTION48(chain E and resid 223:228)E223 - 228
49X-RAY DIFFRACTION49(chain E and resid 229:270)E229 - 270
50X-RAY DIFFRACTION50(chain E and resid 271:279)E271 - 279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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