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- PDB-3kl3: Crystal structure of Ligand bound XynC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kl3
タイトルCrystal structure of Ligand bound XynC
要素Glucuronoxylanase xynC
キーワードHYDROLASE / alpha-beta barrel / (beta/alpha)8 barrel / (beta/alpha)8 + beta motif / Glucuronate coordination by XynC / Glycosidase / Polysaccharide degradation / glycosyl hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronoarabinoxylan endo-1,4-beta-xylanase / glucuronoarabinoxylan endo-1,4-beta-xylanase activity / glucosylceramidase activity / sphingolipid metabolic process / xylan catabolic process / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich ...Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranuronic acid / D-HISTIDINE / alpha-D-glucopyranuronic acid / Glucuronoxylanase XynC
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者St John, F.J. / Hurlbert, J.C. / Pozharski, E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Ligand bound structures of a glycosyl hydrolase family 30 glucuronoxylan xylanohydrolase.
著者: St John, F.J. / Hurlbert, J.C. / Rice, J.D. / Preston, J.F. / Pozharski, E.
履歴
登録2009年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucuronoxylanase xynC
B: Glucuronoxylanase xynC
C: Glucuronoxylanase xynC
D: Glucuronoxylanase xynC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,00911
ポリマ－181,7264
非ポリマー1,2837
水8,233457
1
A: Glucuronoxylanase xynC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7823
ポリマ－45,4311
非ポリマー3502
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glucuronoxylanase xynC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1705
ポリマ－45,4311
非ポリマー7394
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Glucuronoxylanase xynC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6262
ポリマ－45,4311
非ポリマー1941
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Glucuronoxylanase xynC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4311
ポリマ－45,4311
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.869, 192.733, 65.554
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Glucuronoxylanase xynC / Glucuronoxylan xylanohydrolase / Endoxylanase xynC


分子量: 45431.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: subtilis str. 168 / 遺伝子: BSU18150, xynC, ynfF / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q45070, glucuronoarabinoxylan endo-1,4-beta-xylanase

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糖 , 2種, 3分子

#2: 糖 ChemComp-GCU / alpha-D-glucopyranuronic acid / alpha-D-glucuronic acid / D-glucuronic acid / glucuronic acid / α-D-グルコピラヌロン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H10O7
識別子タイププログラム
DGlcpAaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranuronic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpAIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcASNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-BDP / beta-D-glucopyranuronic acid / beta-D-glucuronic acid / D-glucuronic acid / glucuronic acid / β-D-グルコピラヌロン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H10O7
識別子タイププログラム
DGlcpAbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranuronic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpAIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcASNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 461分子

#3: 化合物 ChemComp-DHI / D-HISTIDINE


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化温度: 294.6 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM sodium tartrate, 200 mM sodium malonate, pH 7.0, 19% PEG3350 Soaked in mother liquor/cryoprotectant/glucuronic acid solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.6K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-325 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 75511 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Χ2: 1.079 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2% possible allRmerge(I) obs
2.33-2.417.274321.243100
2.41-2.517.474761.1291000.973
2.51-2.627.574491.031000.717
2.62-2.767.574651.0511000.547
2.76-2.947.574861.0851000.383
2.94-3.167.574811.1021000.262
3.16-3.487.475501.1361000.155
3.48-3.987.375661.0541000.103
3.98-5.027.176580.9991000.071
5.02-506.879480.96699.80.051

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
Web-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KL0

3kl0


解像度: 2.33→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 7.106 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.368 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 3791 5 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.198 75370 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.7 Å2 / Biso mean: 42.939 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2--1.73 Å20 Å2
3----1.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12250 0 84 457 12791
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02212711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2091.91217314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1551540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.66124.511654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.382151941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8911564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21820
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02110008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5971.57680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.133212389
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.57335031
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5944.54921
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.391 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 274 -
Rwork0.259 5097 -
all-5371 -
obs--97.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.3059-1.3757-0.58360.81150.00822.3477-0.2116-0.2523-0.2723-0.13280.6318-0.273-0.06341.4149-0.42020.2559-0.02590.13041.0269-0.2620.3168-20.739-4.129-26.553
23.5191.7332-1.75422.50210.89888.37720.455-0.70640.63260.08230.329-0.2599-0.95921.992-0.7840.1606-0.32740.15740.774-0.32080.2722-12.2414.139-22.867
3-2.97710.1251-0.15527.8079-2.1594-0.13570.41050.02490.56920.7129-0.33520.1428-0.30360.5276-0.07540.6311-0.23440.59250.98220.01020.6257-20.47113.026-38.872
45.56810.6964-3.49322.1619-0.76278.0422-0.21560.1652-0.1445-0.04750.19490.03470.34790.13810.02070.16360.00320.07840.1905-0.09090.0954-29.5860.101-26.212
55.00811.2253-2.65043.88980.72194.8202-0.5570.6272-0.7231-0.08490.080.11020.9898-0.17470.4770.4801-0.05940.21520.2816-0.24250.2681-30.683-15.091-36.94
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D4 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2D51 - 172
3X-RAY DIFFRACTION3D178 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4D220 - 288
5X-RAY DIFFRACTION5D289 - 389

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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