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- PDB-3kl0: Crystal structure of the glucuronoxylan xylanohydrolase XynC from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kl0
タイトルCrystal structure of the glucuronoxylan xylanohydrolase XynC from Bacillus subtilis
要素Glucuronoxylanase xynC
キーワードHYDROLASE / alpha beta barrel / (beta/alpha)8 barrel (beta/alpha)8 + beta dual motif family
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronoarabinoxylan endo-1,4-beta-xylanase / glucuronoarabinoxylan endo-1,4-beta-xylanase activity / glucosylceramidase activity / sphingolipid metabolic process / xylan catabolic process / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich ...Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HISTIDINE / MALONIC ACID / D(-)-TARTARIC ACID / Glucuronoxylanase XynC
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者St John, F.J. / Hurlbert, J.C. / Pozharski, E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Ligand bound structures of a glycosyl hydrolase family 30 glucuronoxylan xylanohydrolase.
著者: St John, F.J. / Hurlbert, J.C. / Rice, J.D. / Preston, J.F. / Pozharski, E.
履歴
登録2009年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucuronoxylanase xynC
B: Glucuronoxylanase xynC
C: Glucuronoxylanase xynC
D: Glucuronoxylanase xynC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,80116
ポリマ－181,7264
非ポリマー1,07512
水39,4172188
1
A: Glucuronoxylanase xynC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1257
ポリマ－45,4311
非ポリマー6946
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glucuronoxylanase xynC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5593
ポリマ－45,4311
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glucuronoxylanase xynC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5593
ポリマ－45,4311
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Glucuronoxylanase xynC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5593
ポリマ－45,4311
非ポリマー1272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.490, 195.796, 66.246
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Glucuronoxylanase xynC / Glucuronoxylan xylanohydrolase / Endoxylanase xynC


分子量: 45431.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: subspecies subtilis, strain 168 / 遺伝子: BSU18150, xynC, ynfF / プラスミド: pET41xyncC-ter Octa His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3)
参照: UniProt: Q45070, glucuronoarabinoxylan endo-1,4-beta-xylanase

-
非ポリマー , 5種, 2200分子

#2: 化合物
ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4 / 詳細: Coordinated His tag artifact
#3: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物 ChemComp-HIS / HISTIDINE / 3-アゾニアヒスチジン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細AUTHOR BELIEVES THAT FLOATING DIPEPTIDE, HIS 405 A AND HIS 406 A, BELONGS TO C-TERMINUS OF SYMMETRY ...AUTHOR BELIEVES THAT FLOATING DIPEPTIDE, HIS 405 A AND HIS 406 A, BELONGS TO C-TERMINUS OF SYMMETRY RELATED CHAIN D WITH REST OF THE HIS TAGS DISORDERED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.23 %
結晶化温度: 294.65 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM Na Tartrate 200 mM Na Malonate pH 7.0 19% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.65K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97607 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97607 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 220570 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 1.64→1.7 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
Web-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GTN

3gtn


解像度: 1.64→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 1.828 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20086 11045 5 %RANDOM
Rwork0.16686 ---
obs0.16858 208972 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.664 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å20 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12536 0 69 2188 14793
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02113311
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.381.90718211
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.351675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.6224.519697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.848152062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.271569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21905
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02110625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8011.58035
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.376213027
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.05735276
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2334.55140
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.681 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 769 -
Rwork0.36 14969 -
obs--97.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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