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- PDB-3kkb: The crystal structure of a two-component sensor domain from Pseud... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kkb
タイトルThe crystal structure of a two-component sensor domain from Pseudomonas aeruginosa PA01
要素Sensor protein
キーワードTRANSFERASE / APC37838.3 / two-component sensor / Pseudomonas aeruginosa PA01 / structural genomics / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / ATP-binding / Kinase / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


alginic acid biosynthetic process / histidine kinase / phosphatase activity / phosphorelay sensor kinase activity / membrane => GO:0016020 / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Histidine kinase (KinB), sensor domain / Alginate biosynthesis sensor protein KinB, sensor domain / KinB, N-terminal domain superfamily / Sensor domain of alginate biosynthesis sensor protein KinB / PAS fold-4 / PAS fold / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain ...Histidine kinase (KinB), sensor domain / Alginate biosynthesis sensor protein KinB, sensor domain / KinB, N-terminal domain superfamily / Sensor domain of alginate biosynthesis sensor protein KinB / PAS fold-4 / PAS fold / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / PAS domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Alginate biosynthesis sensor protein KinB / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.881 Å
データ登録者Tan, K. / Chhor, G. / Buck, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a two-component sensor domain from Pseudomonas aeruginosa PA01
著者: Tan, K. / Chhor, G. / Buck, K. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein
B: Sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3054
ポリマ－29,1152
非ポリマー1902
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area12520 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)75.361, 75.361, 75.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細Experimentally unknown. The chains A and B are predicted to form a dimer.

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein / a two-component sensor domain


分子量: 14557.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PA01 / 遺伝子: PA5484, Pseudomonas aeruginosa / プラスミド: pMCSG9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q9HT87, UniProt: O34206*PLUS, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.77 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1M Phosphate-citrate, 1.6M NaH2PO4 /0.4M K2HPO4, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月16日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→38 Å / Num. all: 20202 / Num. obs: 20202 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 854 / % possible all: 86.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARPモデル構築
WARPモデル構築
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.881→37.68 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2201 982 5.03 %RANDOM
Rwork0.1634 ---
all0.1662 19520 --
obs0.1662 19520 95.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.992 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.881→37.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2006 0 10 181 2197
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062040
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8762766
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.157776
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056309
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003383
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8813-1.98050.24721170.19062240X-RAY DIFFRACTION82
1.9805-2.10450.21461420.16252573X-RAY DIFFRACTION95
2.1045-2.2670.21181400.14482655X-RAY DIFFRACTION96
2.267-2.49510.21841570.15572669X-RAY DIFFRACTION98
2.4951-2.8560.2261490.16112718X-RAY DIFFRACTION99
2.856-3.59790.24681210.15722793X-RAY DIFFRACTION99
3.5979-37.6880.19981560.17052890X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined1.1855-0.2714-0.36630.7991-0.34080.7307-0.00640.0348-0.16170.0203-0.0181-0.01240.145-0.04250.02180.1002-0.0226-0.00570.0835-0.00420.124-5.00338.247121.8802
20.54780.0769-0.35420.85130.0430.8103-0.03830.07430.0331-0.03490.05660.03230.0027-0.1336-0.01490.0684-0.0219-0.00560.09240.00740.0803
精密化 TLSグループSelection details: chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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