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万見
- PDB-3kjn: Caspase 8 bound to a covalent inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kjn
タイトルCaspase 8 bound to a covalent inhibitor
要素(Caspase-8) x 2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / caspase 8 / kinetics / Peptidomimetic Inhibitor / urazole / Thiol protease / Zymogen / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-8 / death effector domain binding / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / FasL/ CD95L signaling / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / ripoptosome / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / Apoptotic execution phase ...caspase-8 / death effector domain binding / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / FasL/ CD95L signaling / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / ripoptosome / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / Apoptotic execution phase / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / TRIF-mediated programmed cell death / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / positive regulation of macrophage differentiation / self proteolysis / response to cobalt ion / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / death-inducing signaling complex / CLEC7A/inflammasome pathway / natural killer cell activation / negative regulation of necroptotic process / activation of cysteine-type endopeptidase activity / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / tumor necrosis factor receptor binding / death receptor binding / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / execution phase of apoptosis / RIPK1-mediated regulated necrosis / B cell activation / regulation of innate immune response / Apoptotic cleavage of cellular proteins / pyroptotic inflammatory response / positive regulation of proteolysis / macrophage differentiation / protein maturation / cellular response to organic cyclic compound / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / response to tumor necrosis factor / extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cysteine-type peptidase activity / regulation of cytokine production / T cell activation / positive regulation of interleukin-1 beta production / proteolysis involved in protein catabolic process / Regulation of NF-kappa B signaling / apoptotic signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / Regulation of necroptotic cell death / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of neuron apoptotic process / lamellipodium / response to estradiol / peptidase activity / heart development / cell body / scaffold protein binding / angiogenesis / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / cytoskeleton / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / protein-containing complex binding / protein-containing complex / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Caspase-8 / : / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Caspase-like / Rossmann fold - #1460 / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. ...Caspase-8 / : / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Caspase-like / Rossmann fold - #1460 / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B93 / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Caspase-8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kamtekar, S. / Watt, W. / Finzel, B.C. / Harris, M.S. / Blinn, J. / Wang, Z. / Tomasselli, A.G.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2010
タイトル: Kinetic and structural characterization of caspase-3 and caspase-8 inhibition by a novel class of irreversible inhibitors.
著者: Wang, Z. / Watt, W. / Brooks, N.A. / Harris, M.S. / Urban, J. / Boatman, D. / McMillan, M. / Kahn, M. / Heinrikson, R.L. / Finzel, B.C. / Wittwer, A.J. / Blinn, J. / Kamtekar, S. / Tomasselli, A.G.
履歴
登録2009年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-8
B: Caspase-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2894
ポリマ－29,5412
非ポリマー7482
水4,378243
1
A: Caspase-8
B: Caspase-8
ヘテロ分子

A: Caspase-8
B: Caspase-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5798
ポリマ－59,0834
非ポリマー1,4964
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area13740 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.598, 62.598, 129.389
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-608-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Caspase-8 / CASP-8 / ICE-like apoptotic protease 5 / MORT1-associated CED-3 homolog / MACH / FADD-homologous ...CASP-8 / ICE-like apoptotic protease 5 / MORT1-associated CED-3 homolog / MACH / FADD-homologous ICE/CED-3-like protease / FADD-like ICE / FLICE / Apoptotic cysteine protease / Apoptotic protease Mch-5 / CAP4 / Caspase-8 subunit p18 / Caspase-8 subunit p10


分子量: 18640.119 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 211-374 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP8, MCH5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14790, caspase-8
#2: タンパク質 Caspase-8 / CASP-8 / ICE-like apoptotic protease 5 / MORT1-associated ced-3 homolog / MACH / FADD-homologous ...CASP-8 / ICE-like apoptotic protease 5 / MORT1-associated ced-3 homolog / MACH / FADD-homologous ICE/ced-3-like protease / FADD-like ICE / FLICE / Apoptotic cysteine protease / Apoptotic protease Mch-5 / CAP4 / Caspase-8 subunit p18 / Caspase-8 subunit p10


分子量: 10901.364 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 385-479 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP8, MCH5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14790, caspase-8
#3: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 化合物 ChemComp-B93 / (3S)-3-({[(5S)-2-{2-[(1H-benzimidazol-5-ylcarbonyl)amino]ethyl}-7-(cyclohexylmethyl)-1,3-dioxo-2,3,5,8-tetrahydro-1H-[1,2,4]triazolo[1,2-a]pyridazin-5-yl]carbonyl}amino)-4-oxopentanoic acid


分子量: 593.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H35N7O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 2 microliters of 100 mM inhibitor stock in DMSO was added to 100 microliters of 8.4 mg/mL protein in 20 mM Tris, 100 mM DTT, pH 8.0. Protein solution was mixed with an equal volume of well ...詳細: 2 microliters of 100 mM inhibitor stock in DMSO was added to 100 microliters of 8.4 mg/mL protein in 20 mM Tris, 100 mM DTT, pH 8.0. Protein solution was mixed with an equal volume of well solution (1.0-1.1 M Citrate, 50 mM HEPES or PIPES pH 6.5, 25 mM DTT), VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 27933 / Num. obs: 26732 / % possible obs: 95.7 %
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.925 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20224 2714 10.2 %RANDOM
Rwork0.16674 ---
all0.17025 ---
obs0.17025 24018 95.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å2-0.12 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1906 0 51 243 2200
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222022
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2021.9942742
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.853.0013309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7255248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.33424.94489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.10815348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.978158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02376
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.21433
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.2989
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.2993
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1190.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1980.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0720.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4281.51250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0891.5489
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6821979
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3183864
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0644.5759
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 163 -
Rwork0.21 1483 -
obs--81.73 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.247 Å / Origin y: 29.5916 Å / Origin z: 27.0817 Å
111213212223313233
T-0.1395 Å2-0.006 Å2-0.0101 Å2--0.1136 Å20.0113 Å2---0.1061 Å2
L0.8606 °20.1432 °2-0.0881 °2-0.8435 °20.2637 °2--1.552 °2
S-0.0036 Å °-0.0152 Å °0.0405 Å °0.0236 Å °0.0103 Å °-0.0307 Å °-0.0168 Å °0.019 Å °-0.0068 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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