PDB-3kjj: Crystal structure of NMB1025, a member of YjgF protein family, fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kjj

タイトル

Crystal structure of NMB1025, a member of YjgF protein family, from Neisseria meningitidis (hexagonal crystal form)

要素

NMB1025 protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / NMB1025 / YjgF protein family / Neisseria meningitidis / OPPF / Structural Genomics / Oxford Protein Production Facility

機能・相同性

機能・相同性情報

RutC family, YoaB-like / RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Ren, J. / Sainsbury, S. / Owens, R.J. / Oxford Protein Production Facility (OPPF)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of NMB1025, a member of YjgF protein family, from Neisseria meningitidis
著者: Ren, J. / Sainsbury, S. / Owens, R.J.

履歴

登録	2009年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kjj.cif.gz	290.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kjj.ent.gz	248.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kjj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kjj_validation.pdf.gz	529.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kjj_full_validation.pdf.gz	542.4 KB	表示
XML形式データ	3kjj_validation.xml.gz	57.1 KB	表示
CIF形式データ	3kjj_validation.cif.gz	81.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/3kjj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/3kjj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kjkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kjk-2 3kjk-1 3kjk-4 3k1u-d 3kjk-3 3zp7-1 5ag3-3 1xho-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: OPTIC7114

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NMB1025 protein

B: NMB1025 protein

C: NMB1025 protein

D: NMB1025 protein

E: NMB1025 protein

F: NMB1025 protein

G: NMB1025 protein

H: NMB1025 protein

I: NMB1025 protein

J: NMB1025 protein

K: NMB1025 protein

L: NMB1025 protein

ヘテロ分子

173 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NMB1025 protein

B: NMB1025 protein

C: NMB1025 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.5 kDa, 3 ポリマー
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2

D: NMB1025 protein

E: NMB1025 protein

F: NMB1025 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.3 kDa, 3 ポリマー
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3

G: NMB1025 protein

H: NMB1025 protein

I: NMB1025 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.3 kDa, 3 ポリマー
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4

J: NMB1025 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.3 kDa, 3 ポリマー
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5

K: NMB1025 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.3 kDa, 3 ポリマー
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6

L: NMB1025 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.3 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	155.613, 155.613, 116.189
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	K-696- HOH
2	1	L-695- HOH
3	1	L-751- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L

#1: タンパク質	NMB1025 protein 分子量: 14426.478 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌) 株: MC58 / 遺伝子: NMB1025 / プラスミド: OPPF1359 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9JZJ4
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 801 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.57 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K, pH 7.0 Temp details: di-Potassium Hydrogen Phosphate 1.2 M, Sodium di-Hydrogen Phosphate 0.6 M

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.422
1	1	h+k,-k,-l	2	0.578

反射

解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 126653 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 27.4 % / B_iso Wilson estimate: 19.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 31.2

反射シェル

解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 15.5 % / R_merge(I) obs: 0.758 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 12608 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 4.839 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20629	6478	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16574	-	-	-
obs	0.1678	120095	99.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.636 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-14.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-14.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	28.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10893	0	12	801	11706

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	11227
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.077	1.936	15271
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.6	5	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.857	22.825	538
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.644	15	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.133	15	124
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	8696
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.769	4	7008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.751	8	11170
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.018	8	4219
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.257	12	4086
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 819 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	loose positional	0.46	30
B	loose positional	0.45	30
C	loose positional	0.52	30
D	loose positional	0.56	30
E	loose positional	0.43	30
F	loose positional	0.4	30
G	loose positional	0.47	30
H	loose positional	0.34	30
I	loose positional	0.5	30
J	loose positional	0.4	30
K	loose positional	0.31	30
L	loose positional	0.64	30
A	loose thermal	4.11	10
B	loose thermal	4.38	10
C	loose thermal	3.19	10
D	loose thermal	4.96	10
E	loose thermal	5.37	10
F	loose thermal	3.01	10
G	loose thermal	5.11	10
H	loose thermal	4.33	10
I	loose thermal	3.28	10
J	loose thermal	4.76	10
K	loose thermal	3.29	10
L	loose thermal	11.1	10

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.938 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.414	449	-
R_work	0.399	7793	-
obs	-	-	87.55 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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