PDB-3kjk: Crystal structure of NMB1025, a member of YjgF protein family, fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kjk

タイトル

Crystal structure of NMB1025, a member of YjgF protein family, from Neisseria meningitidis (monoclinic crystal form)

要素

NMB1025 protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / NMB1025 / YjgF protein family / Neisseria meningitidis / OPPF / Structural Genomics / Oxford Protein Production Facility

機能・相同性

機能・相同性情報

RutC family, YoaB-like / RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RutC-like / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Ren, J. / Sainsbury, S. / Owens, R.J. / Oxford Protein Production Facility (OPPF)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of NMB1025, a member of YjgF protein family, from Neisseria meningitidis
著者: Ren, J. / Sainsbury, S. / Owens, R.J.

履歴

登録	2009年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kjk.cif.gz	287.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kjk.ent.gz	235.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kjk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/3kjk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/3kjk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kjjSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kjj-3 3kjj-6 3kjj-5 3kjj-2 3kjj-4 3kjj-1 6do4-1 3k1u-d 3i7t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: OPTIC7114

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NMB1025 protein

B: NMB1025 protein

C: NMB1025 protein

D: NMB1025 protein

E: NMB1025 protein

F: NMB1025 protein

G: NMB1025 protein

H: NMB1025 protein

I: NMB1025 protein

J: NMB1025 protein

K: NMB1025 protein

L: NMB1025 protein

173 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NMB1025 protein

B: NMB1025 protein

C: NMB1025 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: NMB1025 protein

E: NMB1025 protein

F: NMB1025 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

G: NMB1025 protein

H: NMB1025 protein

I: NMB1025 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

J: NMB1025 protein

K: NMB1025 protein

L: NMB1025 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.032, 78.275, 181.871
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.62, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L

#1: タンパク質	NMB1025 protein 分子量: 14426.478 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌) 株: MC58 / 遺伝子: NMB1025 / プラスミド: OPPF1359 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9JZJ4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: di-Potassium Hydrogen Phosphate 1.2 M, Sodium di-Hydrogen Phosphate 0.6 M, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→30 Å / Num. obs: 69756 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 2.29→2.37 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.996 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 6500 / % possible all: 90.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KJJ

3kjj

解像度: 2.29→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.907 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.871 / SU B: 16.451 / SU ML: 0.177 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.387 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25907	3518	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22062	-	-	-
obs	0.2226	66128	96.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.29 Å²	0 Å²	1.89 Å²
2-	-	-2.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10810	0	0	575	11385

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	11026
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.966	1.937	14978
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.521	5	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.621	22.955	528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.898	15	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.352	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	1634
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	8528
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.359	4	6898
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.814	8	10982
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.604	8	4128
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.115	16	3996
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	464	medium positional	0.14	20
B	464	medium positional	0.13	20
C	464	medium positional	0.11	20
D	464	medium positional	0.11	20
E	464	medium positional	0.13	20
F	464	medium positional	0.11	20
G	464	medium positional	0.15	20
H	464	medium positional	0.26	20
I	464	medium positional	0.16	20
J	464	medium positional	0.18	20
K	464	medium positional	0.15	20
L	464	medium positional	0.14	20
A	436	loose positional	0.37	30
B	436	loose positional	0.39	30
C	436	loose positional	0.4	30
D	436	loose positional	0.41	30
E	436	loose positional	0.5	30
F	436	loose positional	0.49	30
G	436	loose positional	0.78	30
H	436	loose positional	0.67	30
I	436	loose positional	0.4	30
J	436	loose positional	0.66	30
K	436	loose positional	0.32	30
L	436	loose positional	0.49	30
A	464	medium thermal	0.54	2
B	464	medium thermal	0.51	2
C	464	medium thermal	0.55	2
D	464	medium thermal	0.62	2
E	464	medium thermal	0.59	2
F	464	medium thermal	0.61	2
G	464	medium thermal	0.5	2
H	464	medium thermal	0.47	2
I	464	medium thermal	0.49	2
J	464	medium thermal	0.42	2
K	464	medium thermal	0.48	2
L	464	medium thermal	0.42	2
A	436	loose thermal	0.64	10
B	436	loose thermal	0.57	10
C	436	loose thermal	0.56	10
D	436	loose thermal	0.66	10
E	436	loose thermal	0.59	10
F	436	loose thermal	0.61	10
G	436	loose thermal	0.49	10
H	436	loose thermal	0.51	10
I	436	loose thermal	0.51	10
J	436	loose thermal	0.48	10
K	436	loose thermal	0.5	10
L	436	loose thermal	0.54	10

LS精密化シェル

解像度: 2.29→2.349 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	244	-
R_work	0.301	4647	-
obs	-	-	92.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6532	0.2013	-0.3477	0.7779	-0.0143	0.4277	-0.0158	-0.1096	0.0294	0.1186	-0.0223	0.0461	-0.0344	0.0284	0.0381	0.1715	-0.0082	-0.097	0.1912	-0.0008	0.1753	7.653	-27.401	25.071
2	0.2686	-0.1201	0.3587	0.8367	-0.4246	0.5847	-0.0534	0.0019	0.0264	0.1079	0.0748	0.0258	-0.0526	-0.0331	-0.0214	0.2222	-0.0035	-0.07	0.2461	0.0036	0.1324	2.05	-42.793	37.904
3	0.64	-0.1412	0.0909	0.473	0.0931	0.5061	-0.0371	0.0179	-0.0056	0.0439	0.0087	-0.0495	-0.003	-0.1116	0.0284	0.1638	0.0059	-0.0717	0.1774	-0.0094	0.1611	10.19	-47.112	19.178
4	0.3661	-0.3521	0.1387	0.3443	-0.1043	0.3559	0.078	0.0386	-0.0521	-0.0529	-0.025	0.0333	-0.0106	-0.0025	-0.053	0.1791	0.0028	-0.1058	0.181	-0.0081	0.1577	-29.752	-49.981	6.611
5	0.1534	0.1126	0.2348	0.6786	-0.085	0.4925	0.0352	-0.0266	-0.0137	0.067	0.0402	0.0765	0.0128	-0.013	-0.0754	0.1575	-0.0133	-0.065	0.1891	-0.0075	0.1588	-35.769	-38.47	22.867
6	0.9687	-0.2025	-0.0092	0.056	-0.017	0.0653	-0.0088	0.0776	-0.0172	0.0253	-0.0419	0.0213	-0.0634	0.0867	0.0507	0.1623	-0.0054	-0.0832	0.19	0.0207	0.1972	-28.889	-29.303	5.427
7	0.9378	-0.2207	-0.387	0.2123	0.0664	1.7077	-0.0174	-0.0376	-0.1463	0.1145	0.0136	-0.0221	-0.0009	-0.0126	0.0039	0.3376	0.0492	-0.0843	0.2332	0.0053	0.1546	27.293	-6.922	66.568
8	0.3931	-0.0706	0.0942	1.4266	0.0145	0.3317	-0.0225	-0.0764	-0.1427	-0.126	0.0178	0.057	0.0402	-0.2466	0.0047	0.4229	-0.0098	-0.0241	0.2378	0.0256	0.2089	7.926	-12.079	60.953
9	0.2183	-0.455	-0.3408	1.2942	0.2627	1.1163	-0.0218	0.0091	0.0167	0.0861	0.0847	-0.0034	-0.0334	-0.1244	-0.063	0.371	0.0103	-0.051	0.2045	0.0004	0.1396	20.235	-1.465	47.858
10	0.5937	0.4084	-0.6637	0.3146	-0.486	1.8948	0.0497	-0.1579	0.0318	0.1418	-0.0547	0.0176	-0.1699	0.3039	0.005	0.4785	0.071	-0.0867	0.2975	-0.0558	0.1538	14.658	31.226	78.336
11	0.64	0.2228	-0.2561	0.0992	0.0249	0.9308	0.056	-0.0457	0.0894	0.0591	0.0083	0.0244	-0.0114	-0.0086	-0.0643	0.3768	0.0546	-0.0518	0.2132	0.0239	0.1636	1.124	32.067	62.55
12	1.1006	-0.3582	0.346	0.5839	-0.41	1.4885	-0.0317	-0.1848	0.0811	0.1917	0.0709	0.0125	0.1964	-0.1605	-0.0392	0.4184	0.0719	-0.0331	0.2681	0.0117	0.15	-3.974	22.348	80.302

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	121 - 603
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 116
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	121 - 606
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 116
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	121 - 604
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 117
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	121 - 595
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 116
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	121 - 599
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 116
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	121 - 578
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 116
14	X-RAY DIFFRACTION	7	G	121 - 590
15	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 116
16	X-RAY DIFFRACTION	8	H	121 - 576
17	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 116
18	X-RAY DIFFRACTION	9	I	121 - 596
19	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 116
20	X-RAY DIFFRACTION	10	J	121 - 588
21	X-RAY DIFFRACTION	11	K	1 - 116
22	X-RAY DIFFRACTION	11	K	121 - 598
23	X-RAY DIFFRACTION	12	L	1 - 117
24	X-RAY DIFFRACTION	12	L	121 - 561

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)