PDB-3khc: Crystal Structure of Escherichia coli AlkB in complex with ssDNA ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3khc

タイトル

Crystal Structure of Escherichia coli AlkB in complex with ssDNA containing a 1-methylguanine lesion

要素

Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB
DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*T)-3')
DNA (5'-D(P*TP*AP*(MG1)P*TP*GP*CP*CP*T)-3')

キーワード

oxidoreductase/DNA / oxidoreductase / 1-methylguanine / AlkB / 2-oxoglutarate / Dioxygenase / DNA damage / DNA repair / Iron / Metal-binding / oxidoreductase-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to methyl methanesulfonate / DNA oxidative demethylase / : / oxidative RNA demethylation / : / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Hollis, T. / Holland, P.J.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Structural and mutational analysis of Escherichia coli AlkB provides insight into substrate specificity and DNA damage searching.
著者: Holland, P.J. / Hollis, T.

履歴

登録	2009年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3khc.cif.gz	115.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3khc.ent.gz	87 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3khc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3khc_validation.pdf.gz	476.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3khc_full_validation.pdf.gz	485.9 KB	表示
XML形式データ	3khc_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	3khc_validation.cif.gz	30.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/3khc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/3khc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3khbC 2fd8S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4dof-2 3c5n-d 6mo2-d 6yyq-2 6mo1-d 4lzb-5 4lzb-1 5w4d-1 6x8z-d 5uus-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB

B: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB

C: DNA (5'-D(P*TP*AP*(MG1)P*TP*GP*CP*CP*T)-3')

D: DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*T)-3')

ヘテロ分子

52.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.809, 41.441, 85.622
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 120.98, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-335- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB / Alkylated DNA repair protein alkB 分子量: 24351.805 Da / 分子数: 2 / 変異: D135A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: aidD, alkB, b2212, JW2200 / プラスミド: pET-19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) 参照: UniProt: P05050, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: P05050, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB / Alkylated DNA repair protein alkB

分子量: 24351.805 Da / 分子数: 2 / 変異: D135A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: aidD, alkB, b2212, JW2200 / プラスミド: pET-19b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3)
参照: UniProt: P05050, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖	DNA (5'-D(PTPAP(MG1)PTPGPCPCPT)-3') 分子量: 2431.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(PGPCPAPT)-3') 分子量: 1190.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 3種, 273分子

#4: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.75 %

結晶化

温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10-20% PEG 8000, 0.1M MES, 0.1M sodium chloride, 0.1M magnesium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	PEG 8000	1	1
2	MES	1	1
3	sodium chloride	1	1
4	magnesium chloride	1	1
5	PEG 8000	1	2
6	MES	1	2
7	sodium chloride	1	2
8	magnesium chloride	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月12日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→42.69 Å / Num. all: 22909 / Num. obs: 21726 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.94 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.23 Å / 冗長度: 6.27 % / R_merge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 9.4 / Num. unique all: 1661 / % possible all: 99.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0063	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FD8

2fd8

解像度: 2.2→23.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 15.38 / SU ML: 0.191 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.372 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27326	1156	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21126	-	-	-
obs	0.21434	21726	99.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.165 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	0 Å²	0.15 Å²
2-	-	-0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→23.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3243	246	22	269	3780

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	3712
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.619	2.048	5112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.632	5	431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.975	22.956	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.879	15	535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.682	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2834
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.396	1.5	2099
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.734	2	3385
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.191	3	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.998	4.5	1717

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	74	-
R_work	0.241	1587	-
obs	-	-	99.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.682	-1.1389	-4.8227	1.4566	-1.707	6.1669	0.0497	0.1327	-0.2301	0.0594	0.3328	0.4376	0.0273	-0.8567	-0.3824	0.3343	-0.0572	0.0358	0.3221	-0.0407	0.3072	-40.257	18.682	14.501
2	3.1324	0.5741	-0.9879	2.8026	-2.1552	4.1576	0.1604	-0.0062	-0.1649	-0.2505	0.2478	0.6028	0.3536	-0.7088	-0.4082	0.2489	-0.0504	-0.0349	0.3644	0.0052	0.1795	-36.577	14.346	17.603
3	9.5131	-1.4656	1.4239	5.3896	0.6178	1.123	0.1438	-0.5547	-0.926	0.2374	0.0214	0.2366	0.6101	-0.0999	-0.1652	0.4015	-0.0253	-0.0367	0.1481	0.0346	0.097	-22.642	4	28.728
4	2.8764	0.3122	-0.0137	8.6712	-1.1689	2.1413	0.0846	-0.1853	0.376	-0.354	-0.1445	-0.4078	-0.4144	0.4363	0.0599	0.2727	-0.0171	0.0406	0.198	-0.0121	0.0907	-9.776	19.556	25.165
5	3.5798	0.602	1.9448	7.2002	5.3672	5.953	-0.0992	0.0748	0.2062	-0.5531	0.1115	-0.3067	-0.3789	0.4461	-0.0123	0.215	0.0025	0.0394	0.1991	0.0274	0.0472	-14.023	16.259	23.289
6	5.1959	2.7775	2.4359	1.8389	2.1293	3.1154	0.0573	-0.0831	0.2331	0.073	-0.0073	0.014	0.1071	-0.0183	-0.0501	0.3151	0.1052	0.0111	0.1911	-0.0424	0.263	-11.621	13.885	17.311
7	9.3907	-1.2717	-2.9674	7.3961	-0.7585	4.6726	0.4795	0.3324	0.9532	0.2552	-0.2939	-0.6966	-0.3814	0.5595	-0.1856	0.2345	0.0014	0.0953	0.2568	-0.0057	0.2145	-6.492	18.091	16.412
8	4.3903	-0.2546	-1.3594	0.8837	0.1719	11.2251	-0.0173	-0.0324	-0.1502	-0.0481	-0.0252	-0.1171	-0.1785	-0.041	0.0425	0.1633	0.0342	0.009	0.124	-0.0102	0.1495	-6.575	7.391	21.287
9	7.99	2.3264	-2.4046	0.7587	-0.4739	2.8538	0.2824	0.1116	-0.5208	0.2521	0.0083	-0.148	0.6363	0.0576	-0.2907	0.4311	0.0369	-0.0907	0.1344	-0.0574	0.3289	-12.29	2.757	21.159
10	5.871	-0.2204	1.9144	0.1321	-1.0762	8.8489	-0.0427	0.2429	-0.7246	-0.1073	0.0886	0.0003	0.8103	-0.6372	-0.0459	0.3381	-0.0671	-0.0181	0.1412	-0.092	0.191	-28.732	2.674	17.007
11	7.7775	0.2122	-0.9929	1.085	-2.3705	5.2155	0.1195	0.3979	-0.4226	-0.2331	0.1167	0.1186	0.4962	-0.2839	-0.2361	0.2711	-0.0218	-0.0547	0.3203	-0.1114	0.0775	-31.598	8.686	7.697
12	2.2923	-0.5546	0.9951	0.3705	-0.287	2.4348	-0.0166	-0.0306	-0.1184	0.1431	0.1285	-0.0457	0.3292	0.1557	-0.1119	0.2687	0.0375	0.0136	0.2003	-0.0336	0.1024	-20.819	14.987	22.878
13	0.5606	-0.4035	0.6433	1.4784	0.2742	2.2196	0.0166	0.1035	0.0444	-0.1092	-0.0304	-0.0787	-0.0952	-0.026	0.0138	0.1744	0.0114	0.0195	0.2066	-0.0107	0.0233	-23.498	18.65	14.926
14	5.8882	-2.0073	-5.5272	3.3059	0.0403	8.2188	0.0646	-0.0045	0.1556	-0.3806	-0.2283	0.1202	-0.3226	-0.0283	0.1637	0.3278	0.0395	-0.0791	0.2285	-0.0599	0.169	-26.11	28.688	10.653
15	0.4457	-1.8935	1.0675	8.1849	-4.8246	8.7013	0.0278	-0.0634	0.0578	0.0592	0.3468	-0.0299	-0.9416	-0.6864	-0.3746	0.4186	0.1095	0.1065	0.2663	0.0015	0.4078	-29.015	30.993	15.096
16	2.4338	1.8397	-2.4635	2.5095	-1.1735	8.0274	0.0848	0.2379	-0.2981	-0.0931	-0.0995	0.0245	-0.1853	-0.4334	0.0147	0.2264	0.0374	-0.0108	0.2426	-0.057	0.1441	-31.64	17.375	16.329
17	2.6654	-2.086	-1.1621	1.6632	0.8347	0.6909	0.1842	0.2831	-0.0461	-0.1236	-0.2848	0.006	-0.1169	0.0484	0.1006	0.2452	0.0086	0.0227	0.2991	0.0367	0.0859	-24.058	23.819	11.248
18	8.648	3.6303	-1.83	6.3937	-0.3659	1.7562	0.2431	-0.215	0.0939	0.2213	-0.1668	0.5528	-0.0458	-0.2313	-0.0763	0.2279	0.0066	0.0003	0.2148	-0.0159	0.0674	-29.853	19.429	33.292
19	2.3266	0.0297	-0.5814	2.1695	0.8575	6.1351	0.0508	0.0078	-0.0915	-0.1425	0.0587	-0.1059	-0.1388	0.5563	-0.1095	0.1731	-0.0122	0.0256	0.1594	0.0314	0.0692	-24.487	14.057	25.324
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	16 - 28
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	29 - 45
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	46 - 54
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	55 - 66
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	67 - 71
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	72 - 78
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	79 - 85
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	86 - 93
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	94 - 102
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	103 - 112
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	113 - 127
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	128 - 154
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	155 - 160
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	161 - 169
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	170 - 181
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	182 - 189
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	190 - 200
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	201 - 210
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	211 - 216
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	9 - 18
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	19 - 23
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24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	37 - 45
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27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	69 - 74
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	75 - 84
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	85 - 93
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	94 - 102
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	103 - 119
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38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	182 - 193
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	194 - 205
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	206 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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