PDB-3kg9: Dehydratase domain from CurK module of Curacin polyketide synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kg9

タイトル

Dehydratase domain from CurK module of Curacin polyketide synthase

要素

CurK

キーワード

LYASE / polyketide synthase / double hotdog fold / dehydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Lyngbya majuscula (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Akey, D.L. / Smith, J.L.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of Dehydratase Domains from the Curacin Polyketide Biosynthetic Pathway.
著者: Akey, D.L. / Razelun, J.R. / Tehranisa, J. / Sherman, D.H. / Gerwick, W.H. / Smith, J.L.

履歴

登録	2009年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_starting_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kg9.cif.gz	133.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kg9.ent.gz	104.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kg9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kg9_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kg9_full_validation.pdf.gz	443.8 KB	表示
XML形式データ	3kg9_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	3kg9_validation.cif.gz	39.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/3kg9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/3kg9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kg6C 3kg7SC 3kg8C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3kg6-1 5tz5-d 1icq-d 1ia9-d 4wlb-1 6x3o-d 3kg6-2 6ddn-d 5tz7-d 2px5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (5) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (11) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (5)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (11)
#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (1)
#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CurK

B: CurK

65.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: CurK

ソフトウェアが定義した集合体
32.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: CurK

ソフトウェアが定義した集合体
32.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.122, 94.301, 150.989
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CurK 分子量: 32714.832 Da / 分子数: 2 / 断片: Dehydratase domain, residues 958-1250 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lyngbya majuscula (バクテリア) / 遺伝子: curK / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6DNE2, EC: 4.2.1.61
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.72 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 8.5 詳細: 1.3 M tri-sodium citrate, 30 mM (D)+sucrose, 100 mM tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月6日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 59477 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 24 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.656 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 85.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
RESOLVE		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KG7

3kg7

解像度: 1.7→30.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 4.186 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.217	3003	5.1 %	RANDOM
R_work	0.182	-	-	-
obs	0.184	59373	98 %	-
all	-	59373	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.41 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4381	0	0	502	4883

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	4519
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.121	1.957	6145
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.463	5	571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.688	26.117	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.081	15	800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.132	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	720
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3374
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	1927
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	3079
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	452
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.187	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.169	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.661	3.5	2910
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.449	5	4560
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.867	3.5	1817
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.846	5	1585
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.75 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	167	-
R_work	0.24	3451	-
obs	-	-	82.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4483	-0.4644	0.3061	1.057	0.1821	0.743	-0.0152	0.1142	0.1198	-0.0958	0.0016	-0.091	-0.0833	0.0675	0.0136	-0.0226	-0.0044	0.0034	-0.032	0.0118	-0.0204	40.116	27.367	96.684
2	0.9456	0.0518	-0.048	0.9031	-0.1135	1.055	-0.0113	-0.1413	-0.1015	0.1386	0.0378	0.0108	0.0278	-0.0131	-0.0265	-0.0323	0.0188	0.003	-0.0226	0.0113	-0.0212	32.381	13.391	112.562
3	1.8821	0.4627	-1.088	1.7072	-0.5542	2.2928	-0.0184	-0.1524	0.1373	0.2006	-0.0047	0.2456	-0.1821	-0.0839	0.0231	-0.0144	0.0438	0.0166	-0.0296	-0.0245	-0.0115	22.169	25.878	111.692
4	0.4346	1.2533	-0.8829	4.2079	-4.4185	7.7009	-0.0858	-0.5702	-0.6348	0.0316	-0.3929	-0.4721	0.9904	1.1677	0.4787	-0.0345	0.1605	-0.032	0.0427	0.0987	0.0799	37.046	0.84	114.811
5	0.8575	0.2374	-0.3773	1.8086	-0.9492	2.2094	0.0797	-0.074	-0.0253	0.4136	-0.2156	-0.1865	-0.1427	0.1359	0.1359	0.0624	-0.0463	-0.0717	-0.0328	0.0399	-0.0492	42.484	48.161	81.006
6	0.6817	0.3908	-0.0451	1.4156	-0.2013	1.4366	0.0101	0.0915	0.0127	0.1239	-0.0373	-0.0991	-0.1146	0.0316	0.0273	-0.0153	0.0199	-0.0289	-0.0447	0.0072	-0.0496	43.434	61.65	63.002
7	0.4808	0.2766	-0.2179	1.9279	-0.6888	1.5121	0.0134	0.1092	-0.0487	-0.0598	-0.0622	-0.0892	0.0522	-0.1018	0.0488	-0.0224	0.01	-0.0241	-0.026	-0.0158	-0.0345	38.824	47.03	58.135
8	1.859	0.8315	0.4925	5.7398	2.8364	10.4616	0.0496	0.0154	0.2876	0.1996	0.0063	-0.2167	-0.6852	0.4364	-0.0558	0.0181	-0.0223	-0.0368	-0.0748	0.0645	-0.0362	44.306	75.525	58.478

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	961 - 986
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1006 - 1037
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1046 - 1089
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1129 - 1247
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	987 - 1005
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1038 - 1045
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1113 - 1128
8	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1090 - 1112
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	961 - 986
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1006 - 1037
11	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1046 - 1089
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1129 - 1250
13	X-RAY DIFFRACTION	7	B	987 - 1005
14	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1038 - 1045
15	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1113 - 1128
16	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1095 - 1112

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関連情報:EMDBヘッダ

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