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- PDB-3kfv: Crystal structure of the SH3-kinase fragment of tight junction pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kfv
タイトルCrystal structure of the SH3-kinase fragment of tight junction protein 3 (TJP3) in apo-form
要素Tight junction protein ZO-3
キーワードCELL ADHESION / Structural genomics consortium / SGC / Cell junction / Cell membrane / Membrane / SH3 domain / Tight junction
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of blood-brain barrier / bicellular tight junction / cell junction / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tight junction protein ZO-3 / Tight junction protein ZO / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Variant SH3 domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / SH3 Domains / PDZ domain ...Tight junction protein ZO-3 / Tight junction protein ZO / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Variant SH3 domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / SH3 Domains / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tight junction protein ZO-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tong, Y. / Nedyalkova, L. / Tempel, W. / Zhong, N. / Guan, X. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. ...Tong, Y. / Nedyalkova, L. / Tempel, W. / Zhong, N. / Guan, X. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the SH3-kinase fragment of tight junction protein 3 (TJP3) in apo-form
著者: Tong, Y. / Nedyalkova, L. / Tempel, W. / Zhong, N. / Guan, X. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2009年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tight junction protein ZO-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,18111
ポリマ－35,1811
非ポリマー010
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.654, 88.654, 92.311
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number89
Space group name H-MP422

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要素

#1: タンパク質 Tight junction protein ZO-3 / Zonula occludens protein 3 / Zona occludens protein 3 / Tight junction protein 3


分子量: 35181.371 Da / 分子数: 1
断片: SH3 and Guanylate kinase-like domain residues 489-789
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TJP3, ZO3
Plasmid details: pET28a-LIC-CHis (NCBI GI:145307000) Digested with NcoI and BseRI
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: O95049
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 10 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5% MPD, 1.4M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, 0.01M ADP, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 9570 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Χ2: 1.236 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.8-3.028.40.83417740.96295.3
3.02-3.3213.70.46919090.989100
3.32-3.814.50.21318841.099100
3.8-4.7914.30.11119351.38100
4.79-5013.40.07120681.6100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→44.327 Å / FOM work R set: 0.781 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The programs ARP/WARP (map improvement mode), BUCCANEER, COOT, MOLPROBITY were also used during refinement.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 449 4.71 %
Rwork0.222 --
obs0.225 9536 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.639 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 93.72 Å2 / Biso mean: 45.35 Å2 / Biso min: 24.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.574 Å20 Å2-0 Å2
2--4.574 Å20 Å2
3----9.147 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→44.327 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1879 0 10 0 1889
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051921
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7942616
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.255691
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-3.2050.331470.2712929307699
3.205-4.0380.261540.19129823136100
4.038-44.3330.2961480.2231763324100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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