PDB-3kfe: Crystal structures of a group II chaperonin from Methanococcus ma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kfe

タイトル

Crystal structures of a group II chaperonin from Methanococcus maripaludis

要素

Chaperonin

キーワード

CHAPERONE / double homo-octameric rings / ATP-binding / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

chaperonin-containing T-complex / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanococcus maripaludis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N. / Meyer, D. / Knee, K.M. / Goulet, D.R. / King, J.A. / Frydman, J. / Adams, P.D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of a group II chaperonin reveal the open and closed states associated with the protein folding cycle.
著者: Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N.R. / Meyer, D. / Knee, K.M. / Goulet, D.R. / King, J.A. / Frydman, J. / Adams, P.D.

履歴

登録	2009年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kfe.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kfe.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kfe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/3kfe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/3kfe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kfbC 3kfkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3iyg-d 1a6d-2 1a6e-2 1q3q-3 1q2v-3 1q3r-2 3kfb-d 1q3q-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

E: Chaperonin

F: Chaperonin

G: Chaperonin

H: Chaperonin

ヘテロ分子

449 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	261.450, 161.920, 147.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 124.12, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	11 - 546
2	1	1	chain B	B	11 - 546
3	1	1	chain C	C	11 - 546
4	1	1	chain D	D	11 - 546
5	1	1	chain E	E	11 - 546
6	1	1	chain F	F	11 - 546
7	1	1	chain G	G	11 - 546
8	1	1	chain H	H	11 - 511

#1: タンパク質	Chaperonin / Chaperonin GroEL (Thermosome / HSP60 family) 分子量: 55614.137 Da / 分子数: 8 / 変異: Q264T,E265A,E266S,K267E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (古細菌) 遺伝子: hsp60, MMP1515 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q877G8
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.62 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Li2SO4 and 20 % PEG 3,350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月10日
放射	モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→54.49 Å / Num. all: 49417 / Num. obs: 49417 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 3.5→3.69 Å / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.5→54.49 Å / SU ML: 2.42 / σ(F): 0.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2686	2503	5.07 %	RANDOM
R_work	0.2315	-	-	-
obs	0.2334	49417	77.14 %	-
all	-	49417	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.424 Å² / k_sol: 0.294 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→54.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29032	0	264	0	29296

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	29408
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.273	39624
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.051	11152
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	4848
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	5080

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3655	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
1	2	B	3655	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
1	3	C	3655	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
1	4	D	3655	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	5	E	3655	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
1	6	F	3655	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	7	G	3655	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
1	8	H	3655	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5-3.5673	0.3725	112	0.3513	2077	X-RAY DIFFRACTION	62
3.5673-3.6401	0.3713	114	0.3307	2051	X-RAY DIFFRACTION	61
3.6401-3.7193	0.3152	98	0.2916	2162	X-RAY DIFFRACTION	64
3.7193-3.8058	0.3544	115	0.2792	2232	X-RAY DIFFRACTION	66
3.8058-3.9009	0.2632	105	0.2523	2208	X-RAY DIFFRACTION	66
3.9009-4.0064	0.2692	135	0.2318	2375	X-RAY DIFFRACTION	70
4.0064-4.1242	0.2651	123	0.2174	2447	X-RAY DIFFRACTION	72
4.1242-4.2573	0.2616	150	0.2054	2549	X-RAY DIFFRACTION	76
4.2573-4.4094	0.225	128	0.2075	2623	X-RAY DIFFRACTION	78
4.4094-4.5858	0.2242	156	0.1956	2635	X-RAY DIFFRACTION	79
4.5858-4.7944	0.2413	155	0.1968	2818	X-RAY DIFFRACTION	83
4.7944-5.047	0.256	148	0.1841	2781	X-RAY DIFFRACTION	83
5.047-5.363	0.2606	131	0.1948	2796	X-RAY DIFFRACTION	82
5.363-5.7766	0.285	155	0.2138	2800	X-RAY DIFFRACTION	82
5.7766-6.3572	0.2825	171	0.2174	2990	X-RAY DIFFRACTION	89
6.3572-7.2752	0.239	156	0.1982	3103	X-RAY DIFFRACTION	91
7.2752-9.159	0.1833	171	0.1669	3131	X-RAY DIFFRACTION	92
9.159-54.5004	0.2626	180	0.2513	3136	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4496	-1.0647	0.6163	2.1188	-0.4944	1.8123	-0.1554	-0.0579	-0.03	-0.1109	0.029	0.2271	-0.1597	0.0381	0	0.4817	-0.1114	0.1263	0.3421	-0.1098	0.3202	-1.4914	100.4955	79.9817
2	0.7638	1.4817	-0.9048	-0.0532	-0.5974	0.3646	-0.134	0.4639	-0.3793	-0.0471	0.223	-0.5847	0.0541	0.0355	-0	0.6659	-0.0952	0.0929	0.4637	-0.1669	0.4769	19.0265	84.9903	72.6566
3	0.5996	-1.8568	-0.318	1.1867	0.4738	0.6213	0.0544	0.917	-0.2835	-1.3566	0.4144	-0.9977	0.4069	0.081	-0	1.8505	-0.3221	0.5106	0.956	-0.3157	1.3098	26.9808	70.9544	48.4278
4	0.833	0.3981	0.1515	2.378	1.1231	1.7523	0.0027	-0.1644	-0.3196	0.0692	0.0762	0.0447	-0.2737	0.3973	0	0.417	-0.1591	0.041	0.424	-0.0301	0.4021	7.0915	60.524	88.2474
5	1.1127	0.2695	-0.1296	-0.4025	-0.8434	0.638	0.1292	0.2348	-0.3071	-0.1345	-0.0388	-0.1008	0.1058	0.3902	0	0.4723	0.0733	0.1314	0.5635	-0.0947	0.7347	17.7492	43.1066	70.988
6	0.6642	1.0749	-0.3615	0.5152	0.7938	0.7692	0.5827	0.2888	-0.0621	-0.8588	-0.2139	-0.1032	-0.1292	0.0992	-0	1.4329	0.1093	0.2957	0.9457	0.0322	0.9534	20.3969	41.3514	42.0526
7	0.7347	1.0594	0.4046	1.3748	0.2384	2.3221	-0.1054	0.0093	-0.0802	0.1025	-0.0683	0.1204	0.148	-0.2452	0	0.3267	0.0119	-0.0044	0.3184	0.1372	0.4788	-6.4576	23.3457	74.4478
8	1.0919	-0.6368	-0.6322	0.9188	-0.3094	-0.3074	0.5198	0.4405	0.1866	-0.4126	-0.26	0.15	0.6719	-0.3491	-0	0.5931	0.044	0.0304	0.6404	0.0101	0.6063	-4.0209	13.8278	49.5801
9	0.2503	-0.5793	0.3539	-0.4693	-0.9898	0.2265	0.9085	2.3844	1.525	-0.7675	-0.5493	-0.6881	0.2926	0.8427	-0	1.2414	0.0423	0.1359	2.9788	0.5294	1.4428	0.7547	25.2442	23.2342
10	1.1124	-0.1409	1.119	0.858	0.0631	2.9984	-0.0169	0.3419	-0.0699	-0.0336	0.0809	-0.1953	0.2734	-0.0247	-0	0.3896	0.0128	0.0037	0.4529	-0.0967	0.6628	-35.285	10.5233	46.9385
11	1.1492	0.196	-0.2869	0.5437	-0.0238	0.4608	0.4536	0.3488	0.01	-0.4758	-0.1502	0.1038	0.3508	0.3271	-0	0.8076	0.1751	-0.0098	1.1162	-0.2663	0.635	-34.637	14.7568	20.543
12	-0.3242	-0.0691	-0.1891	0.4581	-0.2485	0.2132	-0.4685	-0.4343	0.3481	-1.5493	-0.0253	-0.0645	-0.896	0.1498	-0	1.8359	-0.0119	-0.0075	1.966	0.2487	1.4551	-20.6548	32.9723	2.6564
13	1.8855	0.1778	0.7307	1.0693	-0.5681	1.7902	0.0781	0.2257	-0.1528	-0.1377	-0.0064	0.0698	0.0438	-0.009	0	0.4143	0.0782	0.0107	0.4277	-0.2062	0.4114	-61.7763	30.7106	21.5469
14	1.0811	-1.1772	-0.1884	0.093	1.1062	0.4746	-0.0033	0.4233	0.0825	-0.4221	0.1816	0.1961	-0.2302	0.3478	0	0.763	0.0323	0.0547	0.9143	-0.0756	0.4541	-55.0482	46.0001	0.6615
15	-0.0304	0.6435	0.6459	0.2718	-0.5813	0.1608	-0.7123	0.1684	-0.4187	-0.2912	0.7102	-0.9381	-0.2335	1.2561	0	1.4287	-0.1415	0.2908	1.775	-0.2372	1.8412	-31.0393	59.8885	-8.1714
16	2.4262	0.0012	-0.3969	3.1766	-0.1906	1.1971	-0.0815	0.3759	0.0875	0.2484	0.0454	-0.1132	-0.3081	0.1286	-0	0.4513	0.037	0.0139	0.5821	-0.0653	0.3367	-70.0653	70.9843	12.8756
17	0.9704	-0.6049	-0.5231	0.5292	-0.0191	0.9795	0.4045	-0.082	0.1804	0.3537	-0.3222	-0.0752	0.3566	0.3122	-0	0.6222	0.0028	-0.0509	0.9466	0.253	0.9229	-53.5337	88.6248	1.45
18	0.3499	0.6479	-0.1207	-0.0274	0.9165	0.1851	-0.6059	1.2671	-0.5312	-0.1991	0.6078	-0.2255	-0.066	0.8012	0	1.4278	-0.4252	-0.0242	1.9036	0.0796	1.8493	-24.7802	90.6934	-2.5913
19	2.7751	-0.7552	0.2881	3.0394	0.9825	1.5547	0.0635	-0.0255	0.3786	0.3959	0.031	-0.548	-0.0934	0.2463	0	0.5299	0.029	-0.041	0.4983	0.1312	0.4453	-56.1609	108.1864	26.5377
20	-0.2455	-0.2582	-0.1227	0.2592	0.4404	0.1936	0.0182	-0.1521	0.1949	0.2341	-0.0661	-0.4731	0.5157	0.8946	0	0.7029	-0.1259	-0.0376	1.4728	0.0876	1.2642	-31.704	118.362	22.9346
21	0.4001	0.3136	-0.3433	-0.012	-0.3396	0.0456	-0.0082	-0.0469	-0.5958	-0.2478	0.2781	-0.0929	0.5799	0.0353	0	1.2897	-0.0168	-0.1844	2.2758	-0.2104	1.7665	-5.4585	107.7449	16.1748
22	2.0879	-0.2671	1.5127	0.2339	0.6735	2.4581	-0.0874	0.3263	0.0549	-0.0259	0.3128	-0.1767	-0.1433	0.5179	0	0.8389	-0.0198	-0.1508	0.738	-0.045	0.7706	-27.5755	120.6338	54.3011
23	0.3818	-0.1523	0.0054	-0.0571	0.5794	0.6996	-0.4802	0.6413	0.0451	-0.1827	0.2287	0.1125	-0.0243	0.7347	-0	0.9019	-0.2939	0.0055	1.633	0.0649	1.0057	-1.2362	116.3861	52.5953
24	0.6614	-0.2652	-0.3847	0.1151	-0.1485	0.4067	0.4104	0.4212	-0.2088	0.2908	-0.4872	0.1351	0.352	-0.2149	-0	1.3712	0.2269	-0.0223	2.0091	-0.0482	1.0788	16.0809	98.3249	37.7184

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 11:141 or resid 400:519)	A	11 - 141
2	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 11:141 or resid 400:519)	A	400 - 519
3	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 362:399 or resid 142:210)	A	362 - 399
4	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 362:399 or resid 142:210)	A	142 - 210
5	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 211:361	A	211 - 361
6	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and (resid 11:141 or resid 400:519)	B	11 - 141
7	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and (resid 11:141 or resid 400:519)	B	400 - 519
8	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and (resid 362:399 or resid 142:210)	B	362 - 399
9	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and (resid 362:399 or resid 142:210)	B	142 - 210
10	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resid 211:361	B	211 - 361
11	X-RAY DIFFRACTION	7	chain C and (resid 11:141 or resid 400:519)	C	11 - 141
12	X-RAY DIFFRACTION	7	chain C and (resid 11:141 or resid 400:519)	C	400 - 519
13	X-RAY DIFFRACTION	8	chain C and (resid 362:399 or resid 142:210)	C	362 - 399
14	X-RAY DIFFRACTION	8	chain C and (resid 362:399 or resid 142:210)	C	142 - 210
15	X-RAY DIFFRACTION	9	chain C and resid 211:361	C	211 - 361
16	X-RAY DIFFRACTION	10	chain D and (resid 11:141 or resid 400:519)	D	11 - 141
17	X-RAY DIFFRACTION	10	chain D and (resid 11:141 or resid 400:519)	D	400 - 519
18	X-RAY DIFFRACTION	11	chain D and (resid 362:399 or resid 142:210)	D	362 - 399
19	X-RAY DIFFRACTION	11	chain D and (resid 362:399 or resid 142:210)	D	142 - 210
20	X-RAY DIFFRACTION	12	chain D and resid 211:361	D	211 - 361
21	X-RAY DIFFRACTION	13	chain E and (resid 11:141 or resid 400:519)	E	11 - 141
22	X-RAY DIFFRACTION	13	chain E and (resid 11:141 or resid 400:519)	E	400 - 519
23	X-RAY DIFFRACTION	14	chain E and (resid 362:399 or resid 142:210)	E	362 - 399
24	X-RAY DIFFRACTION	14	chain E and (resid 362:399 or resid 142:210)	E	142 - 210
25	X-RAY DIFFRACTION	15	chain E and resid 211:361	E	211 - 361
26	X-RAY DIFFRACTION	16	chain F and (resid 11:141 or resid 400:519)	F	11 - 141
27	X-RAY DIFFRACTION	16	chain F and (resid 11:141 or resid 400:519)	F	400 - 519
28	X-RAY DIFFRACTION	17	chain F and (resid 362:399 or resid 142:210)	F	362 - 399
29	X-RAY DIFFRACTION	17	chain F and (resid 362:399 or resid 142:210)	F	142 - 210
30	X-RAY DIFFRACTION	18	chain F and resid 211:361	F	211 - 361
31	X-RAY DIFFRACTION	19	chain G and (resid 11:141 or resid 400:519)	G	11 - 141
32	X-RAY DIFFRACTION	19	chain G and (resid 11:141 or resid 400:519)	G	400 - 519
33	X-RAY DIFFRACTION	20	chain G and (resid 362:399 or resid 142:210)	G	362 - 399
34	X-RAY DIFFRACTION	20	chain G and (resid 362:399 or resid 142:210)	G	142 - 210
35	X-RAY DIFFRACTION	21	chain G and resid 211:361	G	211 - 361
36	X-RAY DIFFRACTION	22	chain H and (resid 11:141 or resid 400:519)	H	11 - 141
37	X-RAY DIFFRACTION	22	chain H and (resid 11:141 or resid 400:519)	H	400 - 519
38	X-RAY DIFFRACTION	23	chain H and (resid 362:399 or resid 142:210)	H	362 - 399
39	X-RAY DIFFRACTION	23	chain H and (resid 362:399 or resid 142:210)	H	142 - 210
40	X-RAY DIFFRACTION	24	chain H and resid 211:361	H	211 - 361

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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