[日本語] English
万見
- PDB-3kfc: Complex Structure of LXR with an agonist -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kfc
タイトルComplex Structure of LXR with an agonist
要素Oxysterols receptor LXR-beta
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear Receptor / LXR / Liver X receptor / LXR agonist / LXR ligand / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Receptor / Transcription regulation / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of secretion of lysosomal enzymes / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / regulation of lipid storage / positive regulation of lipoprotein lipase activity / apolipoprotein A-I receptor binding / positive regulation of triglyceride biosynthetic process ...positive regulation of secretion of lysosomal enzymes / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / regulation of lipid storage / positive regulation of lipoprotein lipase activity / apolipoprotein A-I receptor binding / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of lipid storage / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / negative regulation of lipid transport / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cold-induced thermogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / positive regulation of protein metabolic process / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of cholesterol efflux / nuclear retinoid X receptor binding / intracellular receptor signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / negative regulation of proteolysis / hormone-mediated signaling pathway / VLDLR internalisation and degradation / cholesterol homeostasis / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / PPARA activates gene expression / Nuclear Receptor transcription pathway / chromatin DNA binding / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Liver X receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Liver X receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-61X / Oxysterols receptor LXR-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Olland, A. / Bernotas, R.C. / Unwalla, R.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: 4-(3-Aryloxyaryl)quinoline sulfones are potent liver X receptor agonists.
著者: Bernotas, R.C. / Singhaus, R.R. / Kaufman, D.H. / Travins, J.M. / Ullrich, J.W. / Unwalla, R. / Quinet, E. / Evans, M. / Nambi, P. / Olland, A. / Kauppi, B. / Wilhelmsson, A. / Goos-Nilsson, A. / Wrobel, J.
履歴
登録2009年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Oxysterols receptor LXR-beta
B: Oxysterols receptor LXR-beta
C: Oxysterols receptor LXR-beta
D: Oxysterols receptor LXR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,5597
ポリマ－116,2294
非ポリマー1,3303
水25214
1
A: Oxysterols receptor LXR-beta
B: Oxysterols receptor LXR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0014
ポリマ－58,1152
非ポリマー8872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area22420 Å2
手法PISA
2
C: Oxysterols receptor LXR-beta
D: Oxysterols receptor LXR-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5583
ポリマ－58,1152
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.993, 99.286, 174.962
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Oxysterols receptor LXR-beta / Liver X receptor beta / Nuclear orphan receptor LXR-beta / Nuclear receptor subfamily 1 group H ...Liver X receptor beta / Nuclear orphan receptor LXR-beta / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 2 / Ubiquitously-expressed nuclear receptor / Nuclear receptor NER


分子量: 29057.283 Da / 分子数: 4 / 断片: Ligand binding Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1H2, LXRB, NER, UNR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55055
#2: 化合物 ChemComp-61X / 4-{3-[3-(methylsulfonyl)phenoxy]phenyl}-8-(trifluoromethyl)quinoline


分子量: 443.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H16F3NO3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1 M Hepes, 15% PEG4K, 5.33% iso-propanol, 6.4% glycerol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→87.37 Å / Num. all: 39025 / Num. obs: 36586 / % possible obs: 93.75 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 3023 / Rsym value: 0.488 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 23.631 / SU ML: 0.252 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.59 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28384 1930 5 %RANDOM
Rwork0.23751 ---
obs0.23986 36586 93.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.212 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7197 0 93 14 7304
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227433
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1441.98710059
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6445875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.05923.75368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.496151343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0741568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21123
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025601
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.23261
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.25078
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4521.54588
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.76927178
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.08733238
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7744.52881
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 130 -
Rwork0.268 2566 -
obs--89.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2814-0.375-0.54973.8441-0.18981.64380.2640.1686-0.0984-0.4593-0.2186-0.1397-0.2027-0.0236-0.0455-0.2580.06780.0088-0.11180.0015-0.14814.69444.98930.583
22.79540.68710.6442.87780.57512.01430.1124-0.0682-0.00790.1223-0.00080.03170.03580.1196-0.1116-0.36690.05720.0234-0.17940.026-0.069938.76629.28638.696
32.79980.3148-0.35823.88231.22513.7932-0.06460.35390.3315-0.91420.101-0.1129-0.01620.4648-0.0364-0.03490.132-0.0402-0.08910.043-0.247549.304107.12910.499
44.1351-1.83320.73145.5241-1.00343.40350.28150.3513-0.5145-1.163-0.38250.42230.49360.16890.1010.03420.1756-0.1168-0.2095-0.2009-0.263545.44779.00513.431
50.08960.10150.1371.23560.03880.22150.11450.0760.1303-0.1221-0.17240.4320.0090.06240.05790.09970.0376-0.08920.3816-0.01640.461922.35549.43932.638
60.6501-1.19680.97292.2832-0.98719.54470.06140.1292-0.0163-0.6831-0.1596-0.4527-0.5131-0.30230.09820.29220.17340.04720.38010.04260.305515.87653.13629.099
74.91022.5555-1.50944.8035-6.986811.5354-0.08-0.39450.24710.3271-0.67420.601-0.06440.91580.75420.24630.0674-0.00580.51360.05440.379644.75434.12243.925
80.3613-1.4014-0.275111.9502-6.39798.76340.74481.3331-2.3896-0.5679-0.8663-0.71210.29660.28930.12150.54290.28720.11310.3631-0.09780.450151.3173.9718.311
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A220 - 458
2X-RAY DIFFRACTION2B220 - 458
3X-RAY DIFFRACTION3C220 - 439
4X-RAY DIFFRACTION4D220 - 458
5X-RAY DIFFRACTION5A2 - 19
6X-RAY DIFFRACTION5C1 - 14
7X-RAY DIFFRACTION5B3 - 8
8X-RAY DIFFRACTION6A1
9X-RAY DIFFRACTION7B1
10X-RAY DIFFRACTION8D1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る