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万見
- PDB-3kf2: The HCV NS3/NS4A protease apo structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kf2
タイトルThe HCV NS3/NS4A protease apo structure
要素
  • 19-mer peptide from Genome polyprotein
  • Polyprotein
キーワードHYDROLASE / HCV / NS3 / Protease / Apo
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / channel activity ...host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / channel activity / viral nucleocapsid / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily ...Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lindberg, J.D. / Nystrom, S. / Cummings, M.D.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2010
タイトル: Induced-Fit Binding of the Macrocyclic Noncovalent Inhibitor TMC435 to its HCV NS3/NS4A Protease Target
著者: Cummings, M.D. / Lindberg, J.D. / Lin, T.-I. / de Kock, H. / Lenz, O. / Lilja, E. / Fellander, S. / Baraznenok, V. / Nystrom, S. / Nilsson, M. / Vrang, L. / Edlund, M. / Rosenquist, A. / ...著者: Cummings, M.D. / Lindberg, J.D. / Lin, T.-I. / de Kock, H. / Lenz, O. / Lilja, E. / Fellander, S. / Baraznenok, V. / Nystrom, S. / Nilsson, M. / Vrang, L. / Edlund, M. / Rosenquist, A. / Samuelsson, B. / Raboisson, P. / Simmen, K.
履歴
登録2009年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyprotein
C: 19-mer peptide from Genome polyprotein
B: Polyprotein
D: 19-mer peptide from Genome polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3856
ポリマ－47,2554
非ポリマー1312
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6690 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area16130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)224.924, 224.924, 75.545
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Polyprotein


分子量: 21233.225 Da / 分子数: 2 / 断片: NS3 protease domain, UNP residues 149-329 / 変異: G176E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1PBR5, UniProt: B2Y2M9*PLUS, hepacivirin
#2: タンパク質・ペプチド 19-mer peptide from Genome polyprotein


分子量: 2394.039 Da / 分子数: 2 / 断片: NS4a peptide, UNP residues 1682-1700 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis / 由来: (合成) Hepatitis C virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q6GYR8
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.39 % / Mosaicity: 0.323 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 1.2M NaCl, 50mM MES, 50mM Na/K Phosphate, 10mM BME, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月30日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→112.509 Å / Num. obs: 25152 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 124042
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. measured all: 18310 / Num. unique all: 3664 / Rsym value: 0.627 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å112.46 Å
Translation2.5 Å112.46 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
DNAデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A4G

2a4g


解像度: 2.5→112.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / WRfactor Rfree: 0.227 / WRfactor Rwork: 0.199 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.858 / SU B: 6.2 / SU ML: 0.138 / SU R Cruickshank DPI: 0.245 / SU Rfree: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1285 5.1 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.217 25286 --
obs0.207 25152 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.55 Å2 / Biso mean: 33.813 Å2 / Biso min: 8.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0.06 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→112.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2740 0 2 40 2782
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222793
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5651.9753805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8155368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.74621.7293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.18815443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6551526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022072
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.21127
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.21901
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8241.51879
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48522989
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.06431014
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.574.5816
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 90 -
Rwork0.324 1737 -
all-1827 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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