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万見
- PDB-3kdt: Crystal structure of peroxisome proliferator-activatedeceptor alp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kdt
タイトルCrystal structure of peroxisome proliferator-activatedeceptor alpha (PPARalpha) complex with N-3-((2-(4-Chlorophenyl)-5-methyl-1,3-oxazol-4-yl)methoxy)benzyl)-N-(methoxycarbonyl)glycine
要素Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
キーワードHORMONE RECEPTOR / Nuclear Hormone Receptor / transcription regulation / Activator / DNA-binding / Lipid-binding / Receptor / Transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of fatty acid oxidation / regulation of fatty acid metabolic process / cellular response to fructose stimulus / regulation of ketone metabolic process / behavioral response to nicotine / negative regulation of appetite ...positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of fatty acid oxidation / regulation of fatty acid metabolic process / cellular response to fructose stimulus / regulation of ketone metabolic process / behavioral response to nicotine / negative regulation of appetite / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / lipoprotein metabolic process / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / ubiquitin conjugating enzyme binding / negative regulation of glycolytic process / negative regulation of sequestering of triglyceride / nuclear steroid receptor activity / DNA-binding transcription activator activity / nitric oxide metabolic process / positive regulation of fatty acid metabolic process / positive regulation of ATP biosynthetic process / NFAT protein binding / negative regulation of cholesterol storage / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / epidermis development / phosphatase binding / positive regulation of lipid biosynthetic process / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of signaling receptor activity / MDM2/MDM4 family protein binding / positive regulation of gluconeogenesis / RORA activates gene expression / negative regulation of blood pressure / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / cellular response to starvation / response to nutrient / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / negative regulation of miRNA transcription / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / gluconeogenesis / fatty acid metabolic process / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression / SUMOylation of intracellular receptors / wound healing / response to insulin / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / regulation of circadian rhythm / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator binding / negative regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / Circadian Clock / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / response to ethanol / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / lipid binding / protein-containing complex binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7HA / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Muckelbauer, J.K.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Discovery of an oxybenzylglycine based peroxisome proliferator activated receptor alpha selective agonist 2-((3-((2-(4-chlorophenyl)-5-methyloxazol-4-yl)methoxy)benzyl)(methoxycarbonyl) ...タイトル: Discovery of an oxybenzylglycine based peroxisome proliferator activated receptor alpha selective agonist 2-((3-((2-(4-chlorophenyl)-5-methyloxazol-4-yl)methoxy)benzyl)(methoxycarbonyl)amino)acetic acid (BMS-687453).
著者: Li, J. / Kennedy, L.J. / Shi, Y. / Tao, S. / Ye, X.Y. / Chen, S.Y. / Wang, Y. / Hernandez, A.S. / Wang, W. / Devasthale, P.V. / Chen, S. / Lai, Z. / Zhang, H. / Wu, S. / Smirk, R.A. / Bolton, ...著者: Li, J. / Kennedy, L.J. / Shi, Y. / Tao, S. / Ye, X.Y. / Chen, S.Y. / Wang, Y. / Hernandez, A.S. / Wang, W. / Devasthale, P.V. / Chen, S. / Lai, Z. / Zhang, H. / Wu, S. / Smirk, R.A. / Bolton, S.A. / Ryono, D.E. / Zhang, H. / Lim, N.K. / Chen, B.C. / Locke, K.T. / O'Malley, K.M. / Zhang, L. / Srivastava, R.A. / Miao, B. / Meyers, D.S. / Monshizadegan, H. / Search, D. / Grimm, D. / Zhang, R. / Harrity, T. / Kunselman, L.K. / Cap, M. / Kadiyala, P. / Hosagrahara, V. / Zhang, L. / Xu, C. / Li, Y.X. / Muckelbauer, J.K. / Chang, C. / An, Y. / Krystek, S.R. / Blanar, M.A. / Zahler, R. / Mukherjee, R. / Cheng, P.T. / Tino, J.A.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Synthesis and Structure-Activity Relationships of 2-Aryl-4-oxazolylmethoxy Benzylglycines and 2-Aryl-4-thiazolylmethoxy Benzylglycines as Novel, Potent PPARalpha Selective Activators- ...タイトル: Synthesis and Structure-Activity Relationships of 2-Aryl-4-oxazolylmethoxy Benzylglycines and 2-Aryl-4-thiazolylmethoxy Benzylglycines as Novel, Potent PPARalpha Selective Activators-PPARalpha and PPARgamma Selective Modulation
著者: Ye, X.-Y. / Chen, S. / Zhang, H. / Locke, K.T. / O'Malley, K. / Zhang, L. / Srivastava, R. / Miao, B. / Meyers, D. / Monshizadegan, H. / Search, D. / Grimm, D. / Zhang, R. / Lippy, J. / ...著者: Ye, X.-Y. / Chen, S. / Zhang, H. / Locke, K.T. / O'Malley, K. / Zhang, L. / Srivastava, R. / Miao, B. / Meyers, D. / Monshizadegan, H. / Search, D. / Grimm, D. / Zhang, R. / Lippy, J. / Twamley, C. / Muckelbauer, J.K. / Chang, C. / An, Y. / Hosagrahara, V. / Zhang, L. / Yang, T.-J. / Mukherjee, R. / Cheng, P.T.W. / Tino, J.A.
履歴
登録2009年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
B: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5234
ポリマ－62,6332
非ポリマー8902
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7612
ポリマ－31,3161
非ポリマー4451
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7612
ポリマ－31,3161
非ポリマー4451
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.754, 64.754, 123.664
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / PPAR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 1


分子量: 31316.445 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand-binding domain: UNP residues 196-468 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARA, NR1C1, PPAR / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07869
#2: 化合物 ChemComp-7HA / N-(3-{[2-(4-chlorophenyl)-5-methyl-1,3-oxazol-4-yl]methoxy}benzyl)-N-(methoxycarbonyl)glycine


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 444.865 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21ClN2O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: PEG 4000, Ammonium and magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
PH範囲: 6.5-7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 13931 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.429 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.2.0019位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 19.985 / SU ML: 0.402 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.493 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.316 691 5 %RANDOM
Rwork0.253 ---
obs0.256 13908 99.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 112.9 Å2 / Biso mean: 57.948 Å2 / Biso min: 25.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.49 Å20 Å20 Å2
2--2.49 Å20 Å2
3----4.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4181 0 62 2 4245
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224319
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1691.9885828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.895530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.13125.081185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.85615778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.3351516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023196
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.22095
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.23003
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2340.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0590.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5621.52742
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9924296
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.94431744
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5414.51532
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.49 49 -
Rwork0.333 941 -
all-990 -
obs--99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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