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万見
- PDB-3kcp: Crystal structure of interacting Clostridium thermocellum multimo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kcp
タイトルCrystal structure of interacting Clostridium thermocellum multimodular components
要素
  • Cellulosomal-scaffolding protein A
  • Cellulosome anchoring protein, cohesin region
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Cohesin / Dockerin / X-module / Cellulosome / Carbohydrate metabolism / Cell wall biogenesis/degradation / Cellulose degradation / Glycoprotein / Polysaccharide degradation / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


S-layer / cellulose binding / cellulose catabolic process / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cell wall organization / carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase-like, regulatory domain / Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Immunoglobulin-like - #680 / S-layer homology domain / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily ...Carboxypeptidase-like, regulatory domain / Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Immunoglobulin-like - #680 / S-layer homology domain / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Cellulose binding domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellulosome anchoring protein cohesin region / Cellulosomal-scaffolding protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum ATCC 27405 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Adams, J.J. / Currie, M.A. / Bayer, E.A. / Jia, Z. / Smith, S.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Insights into Higher-Order Organization of the Cellulosome Revealed by a Dissect-and-Build Approach: Crystal Structure of Interacting Clostridium thermocellum Multimodular Components
著者: Adams, J.J. / Currie, M.A. / Ali, S. / Bayer, E.A. / Jia, Z. / Smith, S.P.
履歴
登録2009年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulosomal-scaffolding protein A
B: Cellulosome anchoring protein, cohesin region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3425
ポリマ－55,2262
非ポリマー1163
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-13.2 kcal/mol
Surface area21790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.977, 58.019, 56.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Cellulosomal-scaffolding protein A / Cellulosomal glycoprotein S1/SL / Cellulose-integrating protein A / Cohesin


分子量: 34659.938 Da / 分子数: 1
断片: Cohesin 9 and Dockerin 1-2 domains: UNP residues 1542-1853
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum ATCC 27405 (バクテリア)
株: ATCC 27405 / DSM 1237 / 遺伝子: cipA, Cthe_3077 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06851
#2: タンパク質 Cellulosome anchoring protein, cohesin region


分子量: 20566.199 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-200 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum ATCC 27405 (バクテリア)
株: ATCC 27405 / DSM 1237 / 遺伝子: Cthe_1307, SdbA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DF10
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES, 200 mM Ammonium sulfate, 30% w/v PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月26日
放射モノクロメーター: Horizontal bent Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→42.49 Å / Num. all: 41456 / Num. obs: 41456 / % possible obs: 98.67 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 1.94→2.05 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 4056 / Rsym value: 0.424 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→42.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.656 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.142
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23109 2087 5 %RANDOM
Rwork0.20567 ---
all0.20697 41456 --
obs0.20567 39350 98.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.771 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→42.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3542 0 3 244 3789
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0223609
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6791.9674907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3335464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.21325.724152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.67415592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6251510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2571
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022719
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.21630
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.22512
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2263
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1230.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1451.52366
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79223742
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.86331405
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2074.51165
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 149 -
Rwork0.253 2513 -
obs--88.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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