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万見
- PDB-3kc6: Crystal structure of the large c-terminal domain of polymerase ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kc6
タイトルCrystal structure of the large c-terminal domain of polymerase basic protein 2 from influenza virus a/viet nam/1203/2004 (h5n1)
要素Polymerase PB2
キーワードVIRAL PROTEIN / Bird flu / structural genomics / NIAID / mRNA capping / mRNA processing / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription ...cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Polymerase Basic Protein 2, C-terminal domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / : / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain ...Polymerase Basic Protein 2, C-terminal domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / : / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase basic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2010
タイトル: Biological and structural characterization of a host-adapting amino acid in influenza virus.
著者: Yamada, S. / Hatta, M. / Staker, B.L. / Watanabe, S. / Imai, M. / Shinya, K. / Sakai-Tagawa, Y. / Ito, M. / Ozawa, M. / Watanabe, T. / Sakabe, S. / Li, C. / Kim, J.H. / Myler, P.J. / Phan, I. ...著者: Yamada, S. / Hatta, M. / Staker, B.L. / Watanabe, S. / Imai, M. / Shinya, K. / Sakai-Tagawa, Y. / Ito, M. / Ozawa, M. / Watanabe, T. / Sakabe, S. / Li, C. / Kim, J.H. / Myler, P.J. / Phan, I. / Raymond, A. / Smith, E. / Stacy, R. / Nidom, C.A. / Lank, S.M. / Wiseman, R.W. / Bimber, B.N. / O'Connor, D.H. / Neumann, G. / Stewart, L.J. / Kawaoka, Y.
履歴
登録2009年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32012年5月23日Group: Database references
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase PB2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9514
ポリマ－22,7651
非ポリマー1863
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.084, 65.696, 96.855
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Polymerase PB2 / Polymerase basic subunit 2 / Polymerase protein PB2


分子量: 22765.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Viet Nam/1203/2004(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/VIET NAM/1203/2004 (H5N1) / 遺伝子: PB2 / プラスミド: PET28-SMT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6DNN3
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 5% SBOG, 100MM CAPS PH 10.5, 1.2 M SODIUM PHOSPHATE, 0.2 M LITHIUM PHOSPHATE, 0.8 M POTASSIUM PHOSPHATE. PROTEIN CONCENTRATION 8.25 MG/ML, VAPOR DIFFUSIONI, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K, ...詳細: 5% SBOG, 100MM CAPS PH 10.5, 1.2 M SODIUM PHOSPHATE, 0.2 M LITHIUM PHOSPHATE, 0.8 M POTASSIUM PHOSPHATE. PROTEIN CONCENTRATION 8.25 MG/ML, VAPOR DIFFUSIONI, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月31日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 13728 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / % possible all: 88.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0104精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CW4

3cw4


解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 10.239 / SU ML: 0.127 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 684 5 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.204 13682 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20 Å2
2---1.01 Å20 Å2
3---0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1503 0 12 92 1607
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221540
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1871.9662084
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83432538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.775196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.8224.53164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.74615251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.226159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02302
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5821.5982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1061.5401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05421572
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4533558
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3964.5512
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 54 -
Rwork0.204 855 -
obs--91.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7838-0.07230.23553.366-0.46380.5261-0.03240.00080.0354-0.20040.0758-0.0197-0.00710.0594-0.04350.1225-0.0061-0.00170.1342-0.00420.1262.64.727-23.273
21.6428-1.8950.63555.61960.03321.28290.00510.1152-0.17020.1930.06070.52530.1483-0.0515-0.06590.0744-0.02060.0020.12550.02430.1917-5.573-2.836-19.035
30.53880.2776-0.53114.2070.69440.72210.0118-0.1009-0.15360.29940.0799-0.2602-0.04240.059-0.09170.13330.0359-0.03790.14250.00540.13343.938-2.83-14.215
44.55980.9129-2.26076.6891-1.46786.20270.0536-0.2953-0.13360.2848-0.03360.2017-0.2196-0.3007-0.02010.21120.09430.06240.17130.02620.0126-9.6773.47-0.253
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A540 - 626
2X-RAY DIFFRACTION2A627 - 663
3X-RAY DIFFRACTION3A664 - 696
4X-RAY DIFFRACTION4A697 - 739

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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