[日本語] English
万見
- PDB-3kb5: PRY-SPRY domain of human TRIM72 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kb5
タイトルPRY-SPRY domain of human TRIM72
要素Tripartite motif-containing protein 72
キーワードMEMBRANE PROTEIN / B30.2 / GUSTAVUS / SPRY / TRIM21 / tripartite motif / TRIM72 / PRY / high resolution / MG53
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle system process / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of myotube differentiation / plasma membrane repair / ubiquitin conjugating enzyme binding / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / muscle organ development / phosphatidylserine binding / exocytosis / Smooth Muscle Contraction ...muscle system process / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of myotube differentiation / plasma membrane repair / ubiquitin conjugating enzyme binding / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / muscle organ development / phosphatidylserine binding / exocytosis / Smooth Muscle Contraction / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle membrane / sarcolemma / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein homooligomerization / ubiquitin protein ligase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / innate immune response / zinc ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
zinc finger of C3HC4-type, RING / SPRY domain / : / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger ...zinc finger of C3HC4-type, RING / SPRY domain / : / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tripartite motif-containing protein 72
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Park, E.Y. / Kwon, O.-B. / Jeong, B.-C. / Song, H.K.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of PRY-SPRY domain of human TRIM72
著者: Park, E.Y. / Kwon, O.-B. / Jeong, B.-C. / Yi, J.-S. / Lee, C.S. / Ko, Y.-G. / Song, H.K.
履歴
登録2009年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tripartite motif-containing protein 72


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6021
ポリマ－21,6021
非ポリマー00
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Tripartite motif-containing protein 72

A: Tripartite motif-containing protein 72


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2032
ポリマ－43,2032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area960 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.747, 35.937, 33.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.87, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Tripartite motif-containing protein 72 / Mitsugumin-53 / Mg53


分子量: 21601.641 Da / 分子数: 1 / 断片: PRY-SPRY domain, UNP residues 278-470 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRY-SPRY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6ZMU5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.19 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2M potassium nitrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 4A10.97951, 0.97967, 0.9600
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A21
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 2101CCD
ADSC QUANTUM 210r2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-IDモノクロメーター
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2Si 111 CHANNEL
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979511
20.979671
30.961
411
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 26011 / Num. obs: 26011
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→29.28 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 1269 4.4 %
Rwork0.219 --
obs-26011 89.9 %
溶媒の処理Bsol: 58.366 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 30.819 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.701 Å20 Å20.414 Å2
2--2.291 Å20 Å2
3----5.992 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1526 0 0 160 1686
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.313
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.7651.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.3642
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.5932.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る