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- PDB-3k9r: X-ray structure of the Rhodanese-like domain of the Alr3790 prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k9r
タイトルX-ray structure of the Rhodanese-like domain of the Alr3790 protein from Anabaena sp. Northeast Structural Genomics Consortium Target NsR437c.
要素Alr3790 protein
キーワードstructural genomics / unknown function / ALR3790 / RHODANESE-LIKE / NSR437C / NESG / STRUCTURAL GENOMICS. / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. ...Vorobiev, S. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray structure of the Rhodanese-like domain of the Alr3790 protein from Anabaena sp.
著者: Vorobiev, S. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2009年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alr3790 protein
B: Alr3790 protein
C: Alr3790 protein
D: Alr3790 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7314
ポリマ－51,7314
非ポリマー00
水5,206289
1
A: Alr3790 protein
B: Alr3790 protein

C: Alr3790 protein
D: Alr3790 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7314
ポリマ－51,7314
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y+1/2,-z+11
Buried area9250 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area16750 Å2
手法PISA
2
A: Alr3790 protein
B: Alr3790 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8662
ポリマ－25,8662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10270 Å2
手法PISA
3
A: Alr3790 protein

C: Alr3790 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8662
ポリマ－25,8662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y+1/2,-z+11
Buried area1840 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11520 Å2
手法PISA
4
B: Alr3790 protein

D: Alr3790 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8662
ポリマ－25,8662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y+1/2,-z+11
Buried area1430 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11200 Å2
手法PISA
5
C: Alr3790 protein
D: Alr3790 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8662
ポリマ－25,8662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area10670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.286, 78.894, 64.767
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細monomer according to aggregation screening; however likely dimer under crystallization conditions.

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要素

#1: タンパク質
Alr3790 protein


分子量: 12932.752 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 遺伝子: alr3790 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) +MAGIC / 参照: UniProt: Q8YQN0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under parafin oil / pH: 4.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M sodium acetate, pH 4.5, MICROBATCH UNDER PARAFIN OIL, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月9日 / 詳細: Si(111)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. all: 52885 / Num. obs: 49871 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 12.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.96→2.03 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.283 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 5315 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
BALBES位相決定
CNS1.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ILM

3ilm


解像度: 1.96→36.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 382449.59 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 2145 4.8 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.203 44270 85.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.1714 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.89 Å20 Å20.47 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3----7.09 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→36.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3053 0 0 289 3342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 312 4.8 %
Rwork0.211 6180 -
obs--75.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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