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万見
- PDB-3k9m: Cathepsin B in complex with stefin A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k9m
タイトルCathepsin B in complex with stefin A
要素
  • Cathepsin B
  • Cystatin-A
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Disulfide bond / Glycoprotein / Lysosome / Protease / Thiol protease / Zymogen / Thiol protease inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cathepsin B / negative regulation of peptidase activity / peptidase inhibitor complex / Formation of the cornified envelope / peptide cross-linking / cornified envelope / thyroid hormone generation / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR ...cathepsin B / negative regulation of peptidase activity / peptidase inhibitor complex / Formation of the cornified envelope / peptide cross-linking / cornified envelope / thyroid hormone generation / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / Collagen degradation / decidualization / collagen catabolic process / cysteine-type peptidase activity / keratinocyte differentiation / epithelial cell differentiation / collagen binding / MHC class II antigen presentation / proteolysis involved in protein catabolic process / negative regulation of proteolysis / cell-cell adhesion / melanosome / peptidase activity / regulation of apoptotic process / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / ficolin-1-rich granule lumen / lysosome / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I25A, stefin / Peptidase C1A, propeptide / Peptidase family C1 propeptide / Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily ...Proteinase inhibitor I25A, stefin / Peptidase C1A, propeptide / Peptidase family C1 propeptide / Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / : / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cystatin-A / Cathepsin B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Renko, M. / Turk, D.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2010
タイトル: Stefin A displaces the occluding loop of cathepsin B only by as much as required to bind to the active site cleft
著者: Renko, M. / Pozgan, U. / Majera, D. / Turk, D.
履歴
登録2009年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月5日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.42023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin B
C: Cystatin-A
B: Cathepsin B
D: Cystatin-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7274
ポリマ－77,7274
非ポリマー00
水2,288127
1
A: Cathepsin B
C: Cystatin-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8632
ポリマ－38,8632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15060 Å2
手法PISA
2
B: Cathepsin B
D: Cystatin-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8632
ポリマ－38,8632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.122, 31.078, 70.937
Angle α, β, γ (deg.)89.950, 104.450, 89.900
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Cathepsin B / Cathepsin B1 / APP secretase / APPS / Cathepsin B light chain / Cathepsin B heavy chain


分子量: 27842.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSB, CPSB / プラスミド: PET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P07858, cathepsin B
#2: タンパク質 Cystatin-A / Cystatin-AS / Stefin-A


分子量: 11020.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSTA, STF1, STFA / プラスミド: PET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P01040
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.9 % / Mosaicity: 1.294 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium suphate, 24% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.99988 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月31日 / 詳細: Double Crystal Si111
放射モノクロメーター: Double Crystal Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 15513 / Num. obs: 14361 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 0.858 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Num. unique all: 564 / Χ2: 0.491 / % possible all: 71.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NB3 and 1SP4

1nb3

1sp4


解像度: 2.61→40.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / WRfactor Rfree: 0.185 / WRfactor Rwork: 0.191 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.885 / SU Rfree: 0.343 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.343 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The structure was refined also with MAIN
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 713 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.201 14360 92.1 %-
all-15513 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.22 Å2 / Biso mean: 42.42 Å2 / Biso min: 3.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.46 Å2-1.31 Å2-4.29 Å2
2--4.54 Å2-1.65 Å2
3----3.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→40.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5454 0 0 127 5581
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0225506
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7091.9437484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1975689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.57224.72250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.51315851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.3311520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2773
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.791.53437
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47825514
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.58632069
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7234.51970
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.61→2.68 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 45 -
Rwork0.277 711 -
all-756 -
obs--66.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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