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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k9e | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative Ribokinase II (Apo Form) from E.coli | ||||||
![]() | PUTATIVE RIBOKINASE II | ||||||
![]() | TRANSFERASE / KINASE / SAD / RIBOSE / D-RIBOSE METABOLIC PROCESS / RIBOKINASE / PFKB FAMILY / 11206G / PSI-II / NYSGXRC / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() transferase activity, transferring phosphorus-containing groups / : / phosphorylation / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Satyanarayana, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a putative Ribokinase II (Apo Form) from E.coli 著者: Satyanarayana, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 133.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 104.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 459.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3iq0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36552.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Top10 (Invitrogen) / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8FD38, UniProt: A0A0H2VDX9*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.76 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 5.5 詳細: 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 15% PEG 3,350, 8% pentaerythritol ethoxylate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月12日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 39525 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.582 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Rsym value: 0.582 / % possible all: 95.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3IQ0 解像度: 2.05→47.33 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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原子変位パラメータ | Biso mean: 42.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→47.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.023
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Xplor file |
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